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Kurz darauf übernimmt die ''Defiant'' die [[Argolis-Mission]]. Zu der Zeit ist Sisko der [[Adjutant]] von Admiral Ross und arbeitet auf der Sternenbasis 375 und Dax wird der neue Kommandant der ''Defiant''. Die ''Defiant'' hat bei dieser Mission den Auftrag eine [[Sensorenphalanx]] des Dominions zu vernichten. Während der Mission übernimmt Bashir die [[Conn]] für den erkrankten [[Haj]]. Dax ist erstaunt, dass Bashir ein so guter Pilot ist. Die Mission ist erfolgreich und die Phalanx wird vernichtet. Nach dieser Mission feiern die Offiziere bei Sternenbasis 375 ihren Erfolg. ({{DS9|Hinter der Linie}})
Wenig später bereitet Captain Sisko auf der Sternenbasis 375 die [[Operation Rückkehr]] für die Rückeroberung von Deep Space 9 vor. Die Föderationsflotte bricht auf, um die Station zurück zu erobern. Es kommt zu schweren Gefechten mit den Cardassianern und den Dominion. Mit Hilfe der Klingonen gelingt es der Föderation Deep Space 9 zurück zu erobern. Als Bashir und O'Brien wieder zurück auf der Station sind, verabreden sich die beiden für die Holosuite, um ihre Schlachten wieder durch zu spielen. ({{DS9|Ein kühner Plan|Sieg oder Niederlage?}})
[[Datei:Bashir und O'Brien leiden.jpg|thumb|Bashir und O'Brien leiden während der Kal'Hyah.]]
Als Garak unerlaubt in Bashirs Geheimagentenprogramm eindringt und miterlebt, wie es Julian gelingt, alle Führungsoffiziere durch den Einsatz seiner [[Fantasie]] zu retten, merkt er, dass dieser sich von einem naiven jungen Abenteurer zu einem kreativen Offizier entwickelt hat. Er lernt aus dieser Erfahrung mit seinem Freund, wie das Schwelgen in der Fantasie den Geist kreativ macht. ({{DS9|Unser Mann Bashir}})
Während des Dominion-Krieges kühlt die Freundschaft zwischen Bashir und Garak ein wenig ab. Garak findet, dass seit bekannt ist das Bashir genetisch aufgewertet worden ist der Doktor arrogant geworden ist. ({{DS9|Zeit des Widerstands|Sieg oder Niederlage?}})
Die beiden versöhnen sich aber bald wieder. Ende 2375 bleibt Garak auf Cardassia, um dort mit zu helfen seine Welt wieder aufzubauen. Bashir bedauert, dass er einen guten Freund verliert und wünscht für Garaks Zukunft alles gute. Trotz der unruhigen Zeiten versprechen beide sich wieder zu sehen. ({{DS9|Das, was du zurückläßt, Teil II}})
==== Holosuite ====
Ein weiteres Hobby von Bashir ist der Besuch in der Holosuite. Zusammen mit O'Brien spielt Bashir historische Schlachten auf der Erde nach. So bekämpfen die beiden die [[Deutschland|deutschen]] [[Luftwaffe]] über den [[Ärmelkanal]] bei der ''[[Die Schlacht um England|Schlacht um England]]''. ({{DS9|Die Front|Sieg oder Niederlage?}})
Ein weiteres Programm, welches die beiden regelmäßig spielen, ist das [[Wikingerprogramm]]. Bei diesem Programm verteidigen Bashir und O'Brien [[Irland]] gegen eine [[Invasion]] der [[Wikinger]]. ({{DS9|Der Streik}})
