Als Morn scheinbar ums Leben gekommen ist, ist Bashir entsetzt als dieser von Morns Tod erfährt. Später besucht Bashir die Gedenkfeier von Morn. Da Bashir die [[Lurianer|lurianischen]] Bräuche kennt, bringt er zu Ehren von Morn ein [[Getränk]] mit, damit Morn dieses symbolisch mit ins Nachleben nehmen kann. Zu eheren von Morn hält kurz darauf Bashir den Platz von Morn warm. Später stellt sich heraus, dass Morn seinen Tod nur vorgetäuscht hat. ({{DS9|Wer trauert um Morn?}})

Kurz darauf untersucht die ''Defiant'' ein [[Subraumkompressionsanomalie|Subraum-Kompressions-Phänomen]]. Diese Forschung soll bei der Erschaffung von [[Transwarpkanal|Transwarpkanälen]] helfen. Durch diese Anomalie werden allerdings auch Objekte [[Schrumpfen|verkleinert]]. Mit einem Runabout erforschen Bashir, Dax und O'Brien die Anomalie. Doch durch den Effekt der Anomalie werden das Runabout und dessen Crew ebenfalls geschrumpft. Sisko und seine Crew überwachen auf der ''Defiant'' die Mission des Runabouts, als plötzlich die ''Defiant'' von den Jem'Hadar angegriffen und darauf übernommen wird. Dadurch bricht der Kontakt zwischen dem Runabout und der ''Defiant'' ab und das Runabout treibt in der Anomalie. Doch dem Runabout gelingt es einen Weg aus der Anomalie zu finden, doch es ist immer noch winzig klein. Das Runabout fliegt zwar aus der Anomalie, ist aber immer noch winzig klein. Da das Runabout keinen Kontakt zur Defiant herstellen kann, fliegt dieses durch den Impulsschacht in die ''Defiant'' hinein. Dort angekommen bemerken Bashir, Dax und O'Brien, dass die ''Defiant'' von den Jem'Hadar übernommen worden ist. Sisko und seine Crew versuchen währenddessen wieder heimlich die Kontrolle über die ''Defiant'' zu bekommen. Dax und O'Brien erkennen, dass Sisko es nicht allein schafft und Hilfe benötigt. Bashir und O'Brien werden ins Computersystem der ''Defiant'' gebeamt und versuchen dort die Computerkontrolle frei zu schalten. Mit viel Mühe schaffen es die beiden die Kontrolle frei zu schalten. Sisko gelingt es dadurch die Kontrolle über das Schiff wieder zu erlangen, doch dabei wird er von den Jem'Hadar entdeckt. Das Runabout greift darauf die Jem'Hadar an und es gelingt der Crew der ''Defiant'' wieder die Kontrolle über das Schiff vollständig zu erlangen. Nach der Rückeroberung der ''Defiant'' werden Bashir, Dax und O'Brien wieder auf ihre normale Größe gebracht. Allerdings bemerken Bashir und O'Brien, als sie neben [[M'Pella]] stehen, dass sie noch nicht ganz ihre normale Größe erreicht haben. Darauf begeben sich beide eiligst auf die Krankenstation. ({{DS9|Das winzige Raumschiff}})

Nachdem O'Brien nach Deep Space 9 zurück gekehrt ist, will O'Brien Quark beim [[Tongo]] schlagen und er bittet Bashir um Unterstützung. Während die beiden Tongo Üben, erkennt O'Brien das Potential von Bashir und schlägt diesem vor, dass er Quark beim Tongo heraus fordert. Quark ist ein sehr guter Spieler und hat zu dieser Zeit eine Glücksträhne, aber O'Brien glaubt, dass Bashir mit seinem genetisch Aufgewerteten Intellekt Quark schlagen kann. Bashir willigt ein und fordert Quark zu einem Tongospiel heraus. Anfangs führt Bashir bei dem Spiel, bis Quark plötzlich anfängt über Jadzia Dax und ihre Beziehung zu Worf zu erzählen. Da Bashir Dax noch immer liebt, ist er schließlich abgelenkt und wird in ein tiefes Gespräch mit Quark über Dax verwickelt. Durch diese Ablenkung macht Bashir einen Fehler und Quark gewinnt das Spiel. ({{DS9|Wandel des Herzens}})

Wenig später schlägt O'Brien Bashir vor, in der Holosuite die [[Schlacht von Alamo]] nach zu spielen. Anfangs ist Bashir wenig begeistert eine Schlacht zu spielen bei der sie verlieren werden, aber bald darauf wird dieses [[Alamoprogramm|Programm]] das Lieblingsprogramm der beiden. Zu der Zeit steht Major Kira unter ziemlichen Stress, wegen einer Botschaft von Dukat an sie. Auch Bashir bekommt dies mit, als Kira ihn anbrüllt. ({{DS9|Tiefes Unrecht}})

Kurz darauf wird Bashir auf eine medizinischen [[Konferenz]] auf [[Casperia Prime]] eingeladen und Bashir freut sich sehr auf diese Konferenz. Bevor er aufbricht behandelt er noch schnell die ausgerenkte Schulter von O'Brien. Bashir legt sich schlafen und er wird schnell wieder vom Computer geweckt. Obwohl Bashir um diese Uhrzeit aufstehen wollte, kommt ihm die Nacht trotzdem ziemlich kurz vor. Gerade als Bashir aufbrechen will, werden er und sämtliche Führungsoffiziere auf die OPS gerufen. Dort angekommen erfährt Bashir, dass er nicht nach Casperia Prime fliegt, sondern an einer Befragung von [[Vizedirektor]] [[Luther Sloan]] aus der [[Abteilung für Interne Angelegenheiten]] des [[Sternenflottengeheimdienst]]es teilnimmt. Wie die anderen Offiziere wird Bashir von Sloan befragt und Sloan erkundigt sich vor allem wegen der Gefangenschaft von Bashir beim Dominion, welche ein Jahr zuvor statt gefunden hat. Die Befragung verläuft freundlich und Bashir ist erleichtert, dass er es nun hinter sich hat. Später meldet sich O'Brien bei Bashir, er erwähnt, dass Solan Bashir Verdächtigt ein Spion des Dominions zu sein. Kurz darauf wird Bashir wieder von Sloan verhört, aber diesmal ist der Ton schärfer. Solan wirft Bashir nun vor für das Dominion zu arbeiten. Bashir wird darauf von Sloan verhaftet und in den Arrest gebracht. Sisko verspricht Bashir, ihn wieder da herauszuholen. Als Bashir sich in der Arrestzelle befindet, wird er plötzlich fort gebeamt und er wird von Weyoun empfangen. Weyoun freut sich seinen besten Spion wieder zu haben, aber Bashir streitet dies ab. Doch während Bashir mit Weyoun spricht, wird dieser von der der Crew der ''Defiant'' gerettet und zurück an Bord gebracht. Als sich Bashir wieder an Bord der ''Defiant'' befindet, halten ihn nun auch seine Freunde für einen Spion des Dominions und selbst Sisko glaubt ihn kein Wort mehr. Als Bashir aus Versehen O'Briens Schulter berührt, hat dieser keine Schmerzen und Bashir spricht O'Brien auf seine Schulter an. Schließlich merkt Bashir das etwas faul ist und er stellt O'Brien eine Fangfrage, auf die O'Brien herein fällt. Bashir will bei dem Spiel nicht mehr mitmachen und plötzlich beendet Sloan die Simulation und Bashir erkennt, dass er sich auf einem [[Holodeck]] befindet. Solan wollte mit diesem Programm die Loyalität von Bashir testen und ihn für Solan will Bashir für [[Sektion 31]], einem inoffiziellem [[Geheimdienst]] der Sternenflotte rekrutieren. Doch diese Organisation ist illegal und arbeitet im Verborgenen. Da Bashir von den Methoden von Sektion 31 nicht einverstanden ist, lehnt dieser das Angebot Sloan ab. Sloan lässt Bashir darauf betäuben und bringt diesen nach Deep Space 9 zurück. Bashir erstattet darauf dem

Führungsstab von Deep Space 9 sofort bericht. Sisko schlägt darauf vor wenn sich Sloan wieder bei Bashir meldet sein Angebot anzunehmen, um so mehr über Sektion 31 und deren Aktivitäten in Erfahrung zu brinegn. ({{DS9|Inquisition}})

Nachdem das Dominion [[Betazed]] erobert hat, versucht Sisko einen Weg zu finden die Romulaner mit in den Dominion-Krieg einzubeziehen. Sisko versucht mit einer gefälschten Botschaft den romulanischen [[Senator]] [[Vreenak]] zu täuschen. Der Verbrecher [[Grathon Tolar]] ist in Lage eine perfekte Fälschung zu erstellen und Sisko lädt ihn darauf auf die Station ein. Dort angekommen greift er Quark bei einem Streit an und er verletzt ihn mit einen Messer. Bashir behandelt darauf den verletzten Quark, doch dieser erstattet keine Anzeige gegen Tolar, da Sisko ihn besticht. Später benötigt Sisko für Tolar ein spezielles Datenstäbchen, doch der Schmuggler von dem Sisko das Stäbchen bekommt verlangt als Preis Biomimetisches Gel. Da Sisko das Stäbchen dringend benötigt, fordert er das Gel von Bashir ein. Aber Bashir weigert sich das Gel auszuliefern, da es illegal und gefährlich ist. Doch Sisko gibt Bashir den Befehl das Gel auszuliefern. Bashir liefert Sisko darauf das Gel, aber er vermerkt dies in seinem [[Logbuch]]. Als Vreenak überreicht ihn Sisko das Datenstäbchen mit der gefälschten Botschaft und Vreenak untersucht dieses. Allerdings erkennt Vreenak schnell das es sich um eine Fälschung handelt. Doch Garak sabotiert das Shuttle von Vreenak und dieses explodiert. Die Romulaner finden das beschädigte Datenstäbchen und sehen die Botschaft. Darauf erklären die Romulaner dem Dominion den Krieg. ({{DS9|In fahlem Mondlicht}})

Einige Zeit später bekommt Bashir von seinem Freund Felix das Programm [[Bashir 62]] mit [[Vic Fontaine's Lounge]] und der Holofigur [[Vic Fontaine]]. Bashir ist so begeistert von dem Programm, dass er es kurz darauf seinen Freunden präsentiert. Später hat Bashir, dank der Ratschläge von Fontaine eine Verabredung mit Fähnrich [[Walker (Sternenflotte)|Walker]]. ({{DS9|Auf seine Art}})

Während der [[Zeit der Abrechnung]] zwischen den Propheten und den Pah-Geistern, bemerkt Bashir die ersten Anzeichen als er sich mit seinen Freunden unterhält und die Station plötzlich erschüttert wird. Später findet der Kampf zwischen den Propheten und den Pah-Geist in den Körper von Kira und Jake Sisko auf dem Promenadendeck auf Deep Space 9 und Sisko lässt die Station evakuieren. Aber Kai Winn hält den Kampf auf, indem sie die Station mit [[Chronotonpartikel]]n überflutet. Bashir behandelt darauf die leicht verletzte Kira und Jake Sisko. ({{DS9|Zeit der Abrechnung}})

Wenige Wochen später behandelt Bashir die Überlebenden der [[USS Valiant (NCC-74210)|USS ''Valiant'']], darunter Jake Sisko, Nog und [[Dorian Collins]]. ({{DS9|Valiant}})

Bashir behandelt Quarks Mutter, nachdem sie durch einen Streit mit Quark einen Herzanfall bekommen hat. Da Quarks Mutter dadurch außer Gefecht gesetzt worden ist, muss Quark für die darauf folgende Verhandlungen ihre Rolle übernehmen. Um dies zu bewerkstelligen führt Bashir bei Quark eine [[Geschlechtsumwandlung]] durch, damit Quark eine Frau wird. Nachdem Quark als [[Lumba]] die Verhandlungen durchgeführt hat, macht Bashir die Geschlechtsumwandlung rückgängig. ({{DS9|Die Beraterin}})

Nachdem [[Molly O'Brien]] durch ein Zeitportal auf [[Golana]] in Vergangenheit versetzt worden ist, versucht die Crew der ''Defiant'' sie zu retten. Es gelingt ihr zwar, aber in der Zwischenzeit hat Molly zehn Jahre auf Golana verbracht und ist dort erwachsen geworden. Da sie dort allein ohne Gesellschaft aufgewachsen ist, reagiert sie auf Fremde panisch. Bashir untersucht Molly und erklärt sie für körperlich gesund, aber sie hat Schwierigkeiten sich der Gesellschaft anzupassen. Da sich Molly O'Brien nicht anpassen kann, bringen ihre Eltern sie zum ein Zeitportal auf Golana, damit sie in der Vergangenheit leben kann. Als Molly durchs Portal tritt, trifft sie auf ihr jüngeres Ich und schickt das Kind wieder zu ihren Eltern zurück. ({{DS9|Das Zeitportal}})

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[[Datei:Zu Ehren von Dax.jpg|thumb|left|Julian Bashir, Miles O'Brien und Quark ziehen für Jadzia Dax in den Kampf.]]

{{Dialogzitat||Nachdem er fünf Spiele in Folge gewinnt|O'Brien|Warten Sie mal, Sie lassen mich doch nicht etwa absichtlich gewinnen, oder?|Bashir|Wie kommen Sie denn darauf?|O'Brien|Sie sagten doch Ihre Hand-Augen-Koordination wäre genetisch verbessert worden.|Bashir|Naja, vielleicht habe ich Sie mal gewinnen lassen. Ein kleines bisschen.|O'Brien|Das glaube ich einfach nicht. Sie müssen mich nicht gönnerhaft behandeln. Hören sie, ich spiele auch auf Ihrem Niveau.|Bashir|Ich hab's nie bestritten.|O'Brien|Spielen Sie, fangen Sie an. Aber spielen Sie richtig.||Bashir wirft drei Pfeile, alle treffen ins Schwarze. O'Brien schaut ungläubig und schiebt Julian einige Schritte zurück und geht zur normalen Linie zurück.|O'Brien|Also gut. Von jetzt an spielen Sie von dort aus und ich spiele von hier! Und wenn das nicht funktioniert, dann spielen wir mit verbundenen Augen.}} ({{DS9|Dr. Bashirs Geheimnis}})

{{Dialogzitat||als Garak sich über die geringen Überlebenschancen beschwert|Bashir|Sie sollten es nicht so persönlich sehen, Garak. Es geht doch bloß um [[Mathematik]].|Garak|Nein! Genau genommen geht es um unser Leben. Sie sind nicht gentechnisch optimiert. Sie sind Vulkanier.|Bashir|Wenn ich Vulkanier bin, wie erklären Sie sich dann mein knabenhaftes Lächeln.}} ({{DS9|Zeit des Widerstands}})

{{Dialogzitat||Bashir und Quark unterhalten sich im <q>Quarks</q>.|Bashir|Ich werde Jazia helfen in das Sto'Vo'Kor zu gelangen.|Quark|Wieso sind sie denn so sicher, dass sie dort die Ewigkeit verbringen will. Ich weiß, dass ich das Ganze sicher nicht will. Jetzt malen sie sich mal ein Bild aus, wie es dort ist: Horden von herum tobenden Klingonen die Kämpfen und Singen, Schwitzen und Rülpsen.|Bashir|Klingt wie dieser Ort zur Wochenendzeit.}} ({{DS9|Das Gesicht im Sand}})

{{Dialogzitat||Die Führungsoffiziere unterhalten sich über Nog, der in der Holosuite lebt|Dax|Zuerst fand ich es ein wenig… Eigentümlich… aber nachdem ich darüber nachgedacht habe, empfand ich es doch als ein gutes Zeichen.|Quark|Wie kann das Verstecken in Julians kindischem Programm ein gutes Zeichen sein?|Bashir|Hey!|Jake Sisko|Schlimmer wäre es er würde sich im Alamo-Programm verstecken.|Leeta|…oder in diesem lächerlichen Geheimagenten-Programm.|Bashir|Hey!|Rom|Oder in diesem blöden Wikinger-Programm.|Bashir|<strong>Hey!</strong>}} ({{DS9|Leben in der Holosuite}})