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[[Datei:MHL Test.jpg|thumb|left|Dr. Bashir und Dr. Lewis Zimmerman testen das MHL.]]
Garak bekommt den Auftrag den [[Subraumtransmitter]] zu manipulieren um Kontakt mit dem Shuttle aufnehmen zu können, damit sie fliehen können. Garak arbeitet in einem Schacht hinter der Wand an dem Transmitter. Bashir bemerkt, dass Garak an allerdings leidet dieser unter [[Klaustrophobie]] leidet . Bashir bemerkt dies schnell und er verordnet ihm Garak einige Pausen, damit er sich von diesem Stress erholen kann. Bashir muss aber auch Worf behandeln, welcher nach Kämpfen mit den Jem'Hadar in der [[Jem'Hadar-Arena]] Verletzungen zugezogen hat. Als Garak weiter am Transmitter arbeitet, kommen die Jem'Hadar und wollen ihn zur [[Hinrichtung]] abholen. Bashir versucht die Jem'Hadar abzulenken und wird von ihnen angegriffen. Schließlich finden die Jem'Hadar Garaks Schacht hinter der Wand. Plötzlich greift ein [[Breen]] die Jem'Hadar an und verschafft Garak die nötige Zeit um den Transmitter zu aktivieren. Bashir und die anderen Gefangenen können so aus dem Internierungslager entkommen und in den Alpha-Quadranten zurückkehren. Zur selben Zeit hat das Dominion mit der [[Invasion]] des Alpha-Quadranten begonnen und Cardassia hat sich dem Dominion angeschlossen. Das Dominion will Deep Space 9 und das Bajoranische-System durch die Explosion deren Sonne vernichten. Bashir warnt Deep Space 9 vor dem Wechselbalg. Die ''Defiant'' beginnt darauf mit der Verfolgung des Shuttles mit dem Wechselbalg. Das Shuttle fliegt auf die [[Bajoranische Sonne]] zu, um diese zu vernichten. Im letzten Moment gelingt es der ''Defiant'' das Shuttle aufzuhalten und dieses zu vernichten. Bashir, Worf, Martok und Garak kehren darauf nach Deep Space 9 zurück. Dort ist vor allem O'Brien entsetzt, dass er den Wechselbalg vier Wochen lang für Bashir gehalten hat. ({{DS9|Im Lichte des Infernos}})
[[Datei:Bashir und Martok.jpg|thumb|Julian Bashir behandelt General Martok.]]
Kurz darauf wählt Doktor [[Lewis Zimmerman]] Julian Bashir als Vorlage für sein neues [[Medizinisch-Holographisches Langzeitprogramm]]. Zimmerman kommt nach Deep Space 9 und entwickelt dort sein neues Programm. Das MHL bekommt das Aussehen und auch die Persönlichkeit von Bashir. Um soviel über Bashir zu erfahren befragt Zimmerman die Freunde und Kollegen von Bashir. Obwohl Bashir Zimmerman gebeten hat seine Eltern nicht zu befragen, lädt Zimmerman diese trotzdem auf die Station ein. Bashir hat noch immer Probleme mit seinen Eltern und möchte eigentlich den Kontakt mit ihnen vermeiden. Vor allem hat Bashir Bashirs größte Angstbesteht doch darin, dass seine Eltern verraten könnten, dass er genetisch aufgewertet worden ist. Nachdem Bashirs Eltern eingetroffen sind geht dieser verärgert zu Zimmerman, da dieser obwohl Bashir nicht damit einverstanden gewesen ist seine Eltern eingeladen hat. Obwohl Bashir darüber verärgert ist, interwiet Zimmerman trotzdem Bashirs Eltern. Wenig später testet sein Zimmerman das MHL an und durch einen Zufall treffen Bashirs Elternauf das Hologramm. Diese ahnen nicht, dass es sich nur um ein Hologramm handelt und geben ihm gegenüber dem Hologramm zu, nicht zu verraten, dass Bashir genetisch aufgewertet worden ist. So erfahren Zimmerman und O'Brien Bashirs Geheimnisdas Bashir genetisch aufgewertet ist. Da genetische Aufwertung verboten ist, rechnet Bashir damit, dass er unehrenhaft aus der Sternenflotte entlassen wird. Bashir ist über O'Brien verärgert, dass er mit geholfen hat und seine Eltern mit dem Hologramm hat auflaufen lassen. Von Bashir erfährt O'Brien die Wahrheit über seine Kindheit und die genetische Aufwertung und O'Brien kann es nicht glauben, dass Bashir gentisch aufgewertet worden ist. Bashir zieht nun die Konsequenzen und will bei Sisko seine Kündigung einreichen, da genetische Aufwertung innerhalb der Sternenflotte verboten ist. Aber Richard Bashir stellt sich der Sternenflotte und nimmt die ganze Schuld der genetischen Manipulation von Julian Bashir auf sich. Julian Bashir darf dadurch sein Offizierspatent behalten, während Richard Bashir für zwei Jahre in die Strafkolonie nach [[Neuseeland]] kommt. Durch diese Ereignisse versöhnt sich Julian Bashir wieder mit seinen Eltern. ({{DS9|Dr. Bashirs Geheimnis}})
[[Datei:Bashir auf Gaia.jpg|thumb|left|Julian Bashir erzählt stolz von seinen Nachfahren auf Gaia.]]