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Kurz darauf wird Bashir mit den Führungsoffizieren von Deep Space 9 von [[Professor]] [[Gideon Seyetik]] auf die [[USS Prometheus (NCC-71201)|USS ''Prometheus'']] zum Essen eingeladen. Bashir ist von Seyetik sehr beeindruckt ist, da er auch vor Jahren auf einer Austellung von Seyetik auf [[Ligobis X]] gewesen ist. ({{DS9|Rätselhafte Fenna}})
Einige Zeit später kommt ein Schiff mit Flüchtlingen aus dem Gamma-Quadranten nach Deep Space 9. Sisko nimmt die Flüchtlinge auf die Station auf. Bashir behandelt die Verletzten [[Skrreea]]. Da Bashir aber ein Mann ist, vertraut ihm [[Haneek]], die Anführerin der Skrreea nicht. Kira, kann sie Haneek aber davon überzeugen, dass Bashir den Skrreea helfen kannund Bashir darf die Skrreea schließlich untersuchen. ({{DS9|Auge des Universums}})
[[Datei:Im Quarks verfolgt man das Racquetballspiel.jpg|thumb|left|Im Quarks wird das Racquetball von Bashir und O'Brien übertragen.]]
Bashir behandelt Jadzia Dax, [[Mora Pol]] und [[Weld Ram]], nach dem diese durch den Einfluss eines [[Gas]]es auf [[L-S VI]] verletzt worden sind. Wenig später wird das Labor auf Deep Space 9 verwüstet, die Offiziere, dass eine Lebensform, welche das Forschungsteam mitgebracht haben, für diese verwüstung verantwortlich ist. Es wird fieberhaft nach dieser Kreatur gesucht, doch O'Brien findet die Lebensform tot vor. Bashir untersucht die Überreste und stellt fest, dass diese Lebensform in Folge an [[Kohlendioxid]]mangel gestorben. Plötzlich taucht wieder eine Kreatur auf und greift den verletzten Mora und Bashir an. Bashir kann sich gerade so noch mit einem [[Laserskalpell]] schützen und vertreiben. Später stellt sich heraus, dass Odo diese Kreatur ist. Durch den Einfluss des Gases von L-S VI verwandelt sich Odo unbewusst in diese Kreatur. Sisko und ein Sicherheitsteam jagen nun Odo und nutzen Mora als Köder, um Odo in ein Kraftfeld zu sperren. Bashir und Mora entfernen danach die Spuren des Gases aus dem Körper von Odo. ({{DS9|Metamorphosen}})
Kurz darauf werden Bashir und O'Brien von den [[T'Lani]] und [[Kelleruner]]n, gebeten bei der Vernichtung einer [[biologische Waffe|biologischen Waffe]], genannt [[Harvester]], zu helfen. Nach einer Woche harter Arbeit gelingt es den Wissenschaftlern diese Waffe zu vernichten. Nachdem die Harvester fast vollständig vernichtet worden ist, werden die Forscher angegriffen und getötet. Als Bashir und angegriffen wird, rettet O'Brien gelingt es im letzten Moment zu entkommen das Leben. Alle Forscher kommen ums Leben und die Angreife ziehen sich zurück. Doch da die beiden nicht auf ihr Runabout zurück beamen, können beamen sie auf den Planeten [[T'Lani III]] , um sich dort in Sicherheit zu beamenbringen. Die Botschafter der T'Lani und der Kelleruner erklären die beide Offiziere für tot und schicken übermitteln dies Commander Sisko. Siskio will darauf eine Botschaft nach Deep Space NineGedenkfeier für die beiden veranstalten. Zur selben Zeit versucht O'Brien auf der Planetenoberfläche Kontakt mit der Station herzustellen, allerdings störrt ihn Bashir dabei. Darauf bittet O'Brien Bashir ihn erstmal in Ruhe zu lassen. Wenig später fühlt sich O'Brien erschöpft und matt. Auf dem Planeten hat Bashir stellt darauf fest, dass sich O'Brien mit der Harvester infiziert und droht zu sterbenAuf dem Planeten hat. Bashir tut alles um seinen Freund zu retten und versucht eine Nachricht nach Deep Space Nine zu schicken, in der Hoffnung, dass beide gerettet werden. Sisko glaubtAuf Deep Space 9 erkennt [[Keiko O'Brien]], dass an es sich bei der Botschaft der TAufzeichnung um eine Fälschung handelt, da sich ihr Mann anders Verhält als üblich. Sisko geht dem Verdacht von Keiko O'Lani und der Kelleruner etwas faul ist Brien und fliegt mit einem Runabout zu dem Planeten T'Lani III. Auf der Oberfläche werden Bashir und geht es O'Brien von den Botschaftern immer schlechter, doch plötzlich tauchen die Botschafter beider Völker gefundenauf. Diese wollen sie tötenBashir glaubt an ihrer Rettung, doch die Botschafter erklären, dass die beiden getötet werden müssen, da die beiden über die Harvester Bescheid wissen. Im letzten Moment könne beide gerettet Als die beiden erschossen werden sollen, werden O'Brien und werden Bashir von Sisko an Bord des Shuttles auf das Runabout gebeamt. Die T'Lani und die Kelleruner greifen das Shuttle Runabout zwar an, aber Sisko kann mit einer List entkommen. Nachdem Auf Deep Space 9 kann Bashir und O'Brien fast gestorben wärenbehandeln und rettet ihn somit das Leben. Nach diesen Ereignissen, bemerken sie die beiden das dieses Erlebnis sie zusammen geschweißt hat und die beiden werden sie nun Freundegeworden sind. ({{DS9|Das Harvester-Desaster}})
[[Datei:Bashir und Tain.jpg|thumb|left|Doktor Julian Bashir und Enabran Tain.]]
Als sich Odo und Jadzia Dax im Gamma-Quadranten befinden, bekommt Bashir von Kira den Auftrag Quark zu überwachen, damit dieser keine illegalen Geschäfte durchführt. Bashir ist von diesem Auftrag begeistert, da er von Garak einige Überwachungs-Tricks gelernt hat. ({{DS9|Die Illusion}})
Gegen Ende 2369 sieht es so aus, als ob sich Jadzia Dax in Julian Bashir verliebt hat. Später stellt sich heraus, dass die Jadzia Dax, welche Bashir geküsst hat, in Wirklichkeit eine Phantasiegestalt ist, welche aus dem Gamma-Quadrant stammt. ({{DS9|Macht der Phantasie}})
Damit Dax ihn besser kennen lernt, überlässt er ihr seine Tagebücher, wo seine wichtigsten Gedanken und Erfahrungen hinterlegt sind. Aber Dax kommt nicht dazu diese Bücher zu lesen. Als Bashir 2370 für tot erklärt wird, empfiehlt Kira Dax die Tagebücher zu lesen. ({{DS9|Das Harvester-Desaster}})
Bashir flirtet weiter mit Dax, aber er erkennt, dass sie seine Gefühle nicht erwidert und er gibt es schließlich auf, ihr nachzulaufen. Mit der Zeit werden Jadzia Dax und Julian Bashir gute Freunde. Obwohl die beiden eine tiefe Freundschaft verbindet, liebt Bashir Dax noch immer. ({{DS9|Metamorphosen}})
{{Dialogzitat||als Quark seinen schweren Koffer durch die Leitungen schiebt|Bashir|Quark, los, vergessen Sie es.|Quark|Das kann ich nicht, das ist alles was ich habe. Mein persönlicher Almanach und mein Familienalbum|Bashir|Sie ist voller Gold gepresstem Latinum, das wissen sie genau.|Quark|Wer sagt das?|Bashir|Ihre Mutter, und zwar an dem Tag, an dem sie geboren wurden.||geht erbost auf Bashir los|Quark|Mach niemals Witze über eine Ferengimutter. Verhaltensregel Nummer 31.}} ({{DS9|Die Belagerung}})
{{Dialogzitat||Bashir gibt auf Dax nachzulaufen|Bashir|Sie genießt es. Es scheint so, als ob sie eine Art perversen Spaß daran findet. Ich werde ihr in Zukunft nicht mehr nachlaufen. Wir werden ja sehen.}} ({{DS9|Metamorphosen}})
{{Dialogzitat|Bashir|Ist es Ihnen auch aufgefallen? Die T'Lani-Frauen sind recht attraktiv.|O'Brien|Ich bin nicht blind, wissen Sie!|Bashir|Natürlich nicht. Aber verheiratet!|O'Brien|Weil ich verheiratet bin muss ich nicht damit aufhören Frauen anzusehen.|Bashir|Nur solange sie das ihre Frau nicht sehen lassen. Für mich wäre … eine Feier wie diese ein Abenteuer. Das Beste, worauf Sie hoffen konnten war … eine gute Mahlzeit.}} ({{DS9|Das Harvester-Desaster}})
{{Dialogzitat||wird von Dax geküsst|Bashir|Ich…ich..weiß nicht was ich sagen soll.|Jadzia Dax|Dann ist es eine Premiere.}} ({{DS9|Meridian}})
{{Dialogzitat||Garak verabschiedet sich von Bashir|Bashir|Ist da etwas, was ich für Sie tun kann, wärend sie fort sind?|Garak|Was zum Beispiel?|Bashir|Ich weiß es nicht, irgendwelche unerledigten Angelegenheiten.|Garak|Ehrlich gesagt, Doktor, ich hoffe es hört keiner zu. Da gibt es etwas.|Bashir|Was?|Garak|Gehen Sie in mein Quartier, untersuchen Sie die Schutzwand neben dem Replikator. Hören Sie mir genau zu. Sie werden eine undichte Wandtäfelung bemerken, dahinter ist ein Fach, dass einen isolinearen Stab enthält. Wenn ich also nicht innerhalb von 78 Stunden zurück bin, möchte ich, dass Sie diesen Stab nehmen und ihn dann essen.|Bashir|Ihn essen?||Garak nickt|Bashir|Sie scherzen.|Garak|Ja, Doktor. Das tue ich.}} ({{DS9|Der geheimnisvolle Garak, Teil I}})
