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[[Datei:Bashir entfernt den Dax Symbiont.jpg|thumb|Bashir entfernt den Dax Symbionten.]]
Kurz darauf wird Deep Space 9 aufgrund eines [[Plasmasturm]]s vollständig evakuiert. Nur eine Notbesatzung, darunter auch Bashir bleibt zurück. Auch Quark bleibt wegen seinem Latinum auf der Station zurück. Quark versucht weiter Geschäfte zu machen und hat mit einem Söldner namens [[Yeto]] Kontakt. Quark manipuliert für ihn die [[Andockrampe]]n. Kurz darauf erhält die Station einen Notruf von einem Schiff und Sisko lässt es an die Station andocken. Aufgrund von Quarks Manipulation können die Söldner, welche von dem Trill [[Verad]] angeführt werden, bewaffnet auf die Station eindringen. Bashir wird gezwungen Odo in einem Behälter zu sperren und in die [[Stasiskammer]] einzuschließen. Später wird Verad befiehlt Bashir gezwungen den [[Trill-Symbiont|Symbionten]] von Jadzia zu entfernen und in Verad einzusetzen. Doch Bashir weigert sich, da er Jadzia nicht töten will. Darauf schießt Verad auf O'Brien und droht alle anderen zu töten. Da Jadzia nicht möchte, dass jemand wegen ihr stirbt, bittet sie Bashir den Symbionten zu entfernen. Die Operation verläuft zwar erfolgreich, aber aufgrund des Verlustes des Symbionten liegt Jadzia im Sterben. Bashir tut alles um sie am Leben zu erhalten, doch er macht sich schwere Vorwürfe. Quark, der wie die anderen Offiziere gefangen gehalten wird, erkennt seinen Fehler und dass er für den Tod von Jadzia verantwortlich sein wird. Er greift den Klingonen [[T'Kar]] an und wird beim Angriff leicht verletzt. Auf der Krankenstation tut Quark, als ob er schwer verletzt ist und so gelingt es ihm und Bashir den Klingonen Yeto zu überwältigen und Odo zu befreien. Odo und Sisko gelingt es schließlich Verad und seine Söldner aufzuhalten. Im letzten Moment kann Bashir Jadzia ihren Symbionten zurückgeben und sie wird gerettet. ({{DS9|Der Symbiont}})
[[Datei:Bashir und Dukat.jpg|thumb|left|Julian Bashir legt sich mit Gul Dukat an.]]
Als sich Bashir und Garak im Replimat treffen, wird Garak von einem dem cardassianischen Jungen [[Rugal]] angegriffen. Der Junge ist eine cardassianische Kriegswaise, welche auf Bajor zurückgeblieben ist. Plötzlich meldet sich [[Gul]] [[Dukat]] und zeigt großes Interesse an dem Jungen. Dukat ist besorgt, dass die cardassianischen Waisen auf Bajor dazu erzogen werden ihr eigenes Volk zu hassen. Garak vermutet, dass da etwas mit Rugal nicht stimmtund dieser erklärt Bashir, dass Cardassianer niemals Kinder zurück lassen würden. Garak erklärt auch das Dukat auch den Rückzug von Bajor überwacht hat. Als sich später Dukat meldet, wirft Bashir Dukat vor, dass er absichtlich die Kinder zurück gelassen hat. Sisko ist über Bashir verärgert, da er Dukat diese Vorwürfe gemacht hat, obwohl es sich nur um Vermutungen handelt. Bashir und Garak forschen darauf wegen den Kriegswaisen auf Bajor nach. In der Zwischenzeit stellt sich heraus, dass Rugal der Sohn von [[Kotan Pa'Dar]] ist. Garak und Bashir finden heraus, dass Dukat hinter einer Konspiration steckt, welche Kotan Pa'Dar entmachten soll. Rugal ist das Opfer dieser Konspiration und verschwindet während der [[Cardassianische Besetzung von Bajor|Cardassianischen Besetzung von Bajor]] und wird für tot erklärt. Später soll er laut Dukat als Kriegswaise auftauchen und Kotan Pa'Dar als verantwortungslosen Vater darstellen. Damit hätte Kotan Pa'Dar seine Position in der Regierung verloren. Als Bashir Dukat dieses alles vorwirft, verlässt Dukat den Raum und gibt somit indirekt seine Schuld zu. Rugal kehrt zu seinem Vater nach Cardassia zurück. ({{DS9|Die Konspiration}})
Bashir und O'Brien arbeiten lange zusammen um alles für [[Melora Pazlar]], welche von einem Planeten mit niedriger [[Schwerkraft]] stammt, auf Deep Space Nine vorzubereiten. Melora Pazlar will aufgrund ihr Behinderung in normaler Schwerkraft keine Hilfe von Fremden. Da Bashir ihr helfen will, ist sie auch zu ihm anfangs feindselig. Wenig später entschuldigt sich Pazlar für ihr Verhalten bei Bashir. Die beiden verabreden sich darauf im [[Klingonisches Restaurant auf Deep Space 9|klingonischen Restaurant]]. Doch Bashir hat etwas Schwierigkeiten bei der Bestellung und Pazlar hilft ihm bei der Bestellung des Essens. Mit der Zeit kommen sich die beiden näher und Pazlar zeigt Bashir wie es ist mit geringer Schwerkraft zu leben. Bashir schwebt in ihrem Quartier und darauf küssen die beiden sich. Wenig später findet kurz darauf Bashir eine Methode, wie sie sich Pazlar auch bei normaler Schwerkraft bewegen kann. Sie stimmt dieser Behandlung zu. Melora Pazlar macht Fortschritte und kann sich mit der Zeit normal bewegen. In der Zeit wo Bashir Melora Pazlar behandelt, kommen sich die beiden näher. Die beiden verabreden sich im [[Klingonisches Restaurant auf Deep Space 9|klingonischen Restaurant]]. Später küssen sich die beiden in dem [[Quartier]] von Melora. Melora Pazlar entscheidet sich später die Behandlung abzubrechen, da sie so nicht mehr auf ihrer [[Heimatwelt]] leben kann. Kurz darauf verlässt Melora Pazlar wieder die Station. ({{DS9|Das Melora-Problem}})
[[Datei:Bashir und Melora Pazlar.jpg|thumb|Bashir und Melora Pazlar im klingonischen Restaurant.]]