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[[Datei:Bashir und O'Brien beim Racquetball.jpg|thumb|left|Julian Bashir und Miles O'Brien beim Racquetball.]]
Um sich mit O'Brien besser anzufreunden, lädt Bashir ihn zu einem Racquetballmatch ein. O'Brien nimmt an, verliert aber verliert gegen den überlegenen Bashir. O'Brien fühlt sich in seiner [[Ehre]] verletzt und fordert Bashir einige weitere Male heraus. Obwohl O'Brien weiterhin verliert, versucht er weiter gegen den Arzt zu spielen. Bashir macht sich inzwischen Sorgen um den Chief, da er nicht mehr der jüngste ist. Um O'Brien nicht zu überfordern gelingt es Bashir mit einigen Tricks die Spiele vorzeitig abzubrechen. Zu der Zeit befindet sich der [[El-Aurianer]] [[Martus Mazur]] an Bord der Station. Dieser besitzt ein außerirdisches [[Glücksspiel|Glücksspielgerät]]. Zu der Zeit weiß niemand, dass seine Spielgeräte das Glück jeder Person auf der Station beeinflusstbeeinflussen. Mazur eröffnet sein eigenes Lokal und wird somit einen direkter Konkurrent von Quark. Um sein Geschäft wieder aufleben zulassen, lässt Quark ein Racquetballmatch zwischen Bashir und O'Brien veranstalten. Quark nimmt die Wetteinsätze auf den Sieger entgegen, um aber selbst zu gewinnen, versucht Quark Bashir mit einem Trank außer Gefecht zu setzen. Bashir durchschaut aber Quark und somit findet das Spiel zwischen O'Brien und Bashir findet ohne Quarks Manipulation statt. Obwohl Bashir wieder überlegen ist, scheint Bashir er in diesem Spiel nur Pech zu haben, während O'Brien jeden Ball trifft. Anhand dieses Spiels finden die Führungsoffiziere heraus, dass die Glücksspielgeräte von Mazur für den ganzen Zustand verantwortlich sind. ({{DS9|Rivalen}})
[[Datei:Bashir und O'Brien auf T'Lani III.jpg|thumb|Miles O'Brien und Julian Bashir auf T'Lani III.]]
Als O'Brien durch einen [[Replikant]]en von [[Parada II]] ersetzt worden ist, bekommt Bashir von Sisko den Auftrag O'Brien genau zu untersuchen, um dies zu beweisen. Aber Bashir kann nichts feststellen. Später kann der Replikant entkommen und Bashir nimmt an der Verfolgung teil. Auf Parada II gelingt es den richtigen O'Brien ausfindig zu machen und Bashir behandelt diesen. ({{DS9|O'Briens Identität}})
Als sich Odo und Jadzia Dax im Gamma-Quadrant Quadranten befinden, bekommt Bashir von Kira den Auftrag Quark zu überwachen, damit dieser keine illegalen Geschäfte durchführt. Bashir ist von diesem Auftrag begeistert, da er von Garak einige Überwachungs-Tricks gelernt hat. ({{DS9|Die Illusion}})
Auf einen Transport lernt Bashir den jungen Trill-Kandidaten [[Arjin]] kennen. Er erzählt dem nervösen Trill alles über Jadzia Dax, welche Arjin zur Vereinigung mit dem Symbionten vorbereitet soll. Später hilft Bashir bei der Erforschung eines [[Mikrokosmos]]es. ({{DS9|Der Trill-Kandidat}})
[[Datei:Bashir und Kira.jpg|thumb|left|Doktor Julian Bashir und Kira Nerys kämpfen gegen das Dominion.]]
Bashir und Kira helfen wenige Wochen später bei der Einrichtung eines Krankenhauses auf [[Neu Bajor]] im Gamma-Quadranten. Als die beiden durch das Wurmloch zurückfliegen, gelangen sie durch einen Unfall in das [[Spiegeluniversum]]. Die beiden werden dort gefangen genommen und zur Raumstation [[Terok Nor (Spiegeluniversum)|Terok Nor]] gebracht. Da Bashir ein Terraner ist, muss er in die Erzverarbeitung, welche unter der Aufsicht von [[Odo (Spiegeluniversum)|Odo]] steht. Kira wird währenddessen zur [[Intendant]]in [[Kira Nerys (Spiegeluniversum)|Kira]] gebracht. Bashir hat schwer unter Odo zu leiden. Dort freundet Bashir sich mit [[Miles O'Brien (Spiegeluniversum)|Miles "Smiley" O'Brien]] an. Als eine Leitung bricht, nutzen Bashir und die anderen Terraner das Chaos zur Flucht, dabei erschießt Bashir Odo. Mit Hilfe von [[Benjamin Sisko (Spiegeluniversum)|Benjamin Sisko]] aus dem Spiegeluniversum, können die Terraner, Kira und Bashir fliehen. Schließlich gelingt es Bashir und Kira , wieder in unser Universum zurück zu kehren. ({{DS9|Die andere Seite}})
Nachdem O'Brien von den Cardassianern verhaftet worden ist, wird er auf [[Cardassia]] wegen des [[Schmuggel|Waffenschmuggels]] für den Maquis ageklagt. Bashir hilft auf Deep Space 9 nachzuweisen, dass O'Brien unschuldig ist. Ihm gelingt es schließlich auch nachzuweisen, dass O'Brien unschuldig ist und die Cardassianer hinter der ganzen Sache stecken. ({{DS9|Das Tribunal}})