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Nachdem O'Brien von den Cardassianern verhaftet worden ist, wird dieser auf [[Cardassia]] angeklagt. O'Brien wird angeklagt für den Maquis Waffen zu [[schmuggel]]n. Bashir hilft auf Deep Space 9 nachzuweisen, dass O'Brien unschuldig ist. Bashir gelingt es schließlich nachzuweisen, dass O'Brien unschuldig ist und die Cardassianer hinter der ganzen Sache stecken. ({{DS9|Das Tribunal}})
Als Ende 2370 Sisko, sein Sohn Jake, Quark und [[Nog]] von dem vom [[Dominion]] gefangen genommen worden sind, hilft Bashir bei der Befreiung. Zusammen mit der [[USS Odyssey|USS ''Odyssey'']] fliegen die drei Runabouts in den Gamma-Quadranten um diese aufzuspüren. Zwar gelingt es Sisko und die anderen zu befreien, aber die Schiffe werden in Kämpfe mit [[Jem'Hadar-Angriffsjäger]]n verwickelt. Als die Föderationsschiffe fliehen wollen, fliegt ein Angriffsjäger in die ''Odyssey'' und vernichtet diese. Die Runabouts gelangen sicher in den Alpha-Quadranten. ({{DS9|Der Plan des Dominion}})
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