Kurz darauf wird Odo für den [[Mord]] an dem Bajoraner [[Ibudan]] verdächtigt. Bashir leitet die medizinische Untersuchung für den Fall. Er sammelt Gen-Proben vom Tatort. Schließlich kann er mit Hilfe von Dax nachweisen, dass der getötete Getötete in Wirklichkeit ein Klon von Ibudan gewesen ist. Ibudan hat einen Klon von sich getötet, um die Schuld Odo in die Schuhe zu schieben. Zu dieser Zeit ist Bashir ziemlich Eifersüchtig eifersüchtig auf Siskoin Bezug auf Dax. Bashir denkt Sisko und Dax könnten ein Paar werden, aber nach einem Gespräch mit Sisko erfährt Bashir, dass Sisko kein romantisches Interesse an Jadzia Dax hat. ({{DS9|Unter Verdacht}})

Wenige Wochen später löst [[Chief]] [[Miles O'Brien]] bei der Reparatur eines [[Replikator]]s eine Vorrichtung aus, durch die ein [[Aphasie|Aphasie-Virus]] über die Station verbreitet wird. Durch die Benutzung des Replikators wird der Virus verbreitet und O'Brien ist der erste infizierte dieser Krankheit. Durch den Virus werden die Krankheit werden der neuralen und visuellen Reize vom [[Gehirn]] falsch verarbeitet. Später infiziert sich auch Dax mit dem Virus und Bashir muss die Kranken behandeln. Er versucht ein Heilmittel zu finden. Als sich immer mehr Personen auf der Stationen infizieren, bemerkt Bashir, dass das [[Virus]] sich über die Luft verbreitet. Während Bashir versucht ein Heilmittel zu finden, aber wird auch er wird mit der Krankheit infiziert. Major Kira Nerys gelingt es zusammen mit dem Bajoraner [[Surmak Ren]], der dieses Mitentwickler des Virus mit entwickelt hatwar, ein Heilmittel zu finden . Surmak Ren bewundert den Erfolg von Julian und somit knüpft daran an. Damit werden die Bewohner von der Krankheit geheilt. ({{DS9|Babel}})

Als ein [[Tosk]] aus dem [[Gamma-Quadrant]] auftaucht nimmt Bashir an Siskos Konferenz teil, um dort zu klären was mit dem Tosk ihm geschehen soll. ({{DS9|Tosk, der Gejagte}})

Nach einer Expedition in den Gamma-Quadrant, wird eine junge Frau namens [[Vash]] mit nach Deep Space 9 gebracht. Die [[Offizier]]e an Bord der Station können sich nicht erklären, wie sie ohne das Wissen von den über das Wurmloch in den Gamma-Quadrant gekommen ist. Bashir untersucht sie nach Krankheiten, stellt aber er stellt fest, dass sie absolut gesund ist. Bashir zeigt Interesse an flirtet mit ihr. Es stellt sich heraus, dass Vash mit [[Q]] zusammen im Gamma-Quadrant gewesen ist. Bashir besucht Vash in ihrem [[Quartier]] und will sich darauf im Replimat mit ihr verabreden. Q erscheint heimlich hinter Bashir und schneidet Grimassen ohne das es Bashir bemerkt. Kurz darauf wartet Bashir auf Vash im Replimat. Da erscheint Q als [[Kellner]] und will ihm die Verabredung ausreden. Als sich Bashir dies nicht ausreden lässt, wird Bashir durch den Einfluss von Q müde und legt sich schlafen. Bashir verschläft die darauf folgenden Ereignisse die beinah zur Vernichtung der Station geführt hätten. ({{DS9|Q – Unerwünscht}})