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Einige Zeit später stranden Quark und Odo auf einem kalten einsamen Planeten und müssen dort um ihr Überleben kämpfen. Den beiden gelingt es ein Notsignal zu senden und kurz darauf werden die beiden von der ''Defiant'' gerettet. Bashir kümmert darauf sich um die beiden verletzten. ({{DS9|Der Aufstieg}})
Bashir reist kurz darauf zu einer medizinischen [[Konferenz]] auf [[Meezan IV]]. Er legt sich dort eines Abends zum Schlafen ins [[Bett]] und wacht später im [[Internierungslager 371]] auf. Das Dominion ersetzt ihn unterdessen durch einen [[Julian Bashir (Gründer)|Wechselbalg]], welcher zurück nach Deep Space 9 reist. Bashir verbringt mehre Wochen im Internierungslager 371 und freundet sich dort mit dem echten General [[Martok]] an. Wegen eines Vorfalls Nachdem sich Bashir über die Essensrationen beschwert hat, kommt Bashir eine Zeitlang für fünf Tage in [[Isolationshaft]]. Als er aus der Isolationshaft entlassen wird, ist Bashir überrascht auf Garak und Worf zu treffen, die ebenfalls vom Dominion gefangengenommen worden sind. Um festzustellen das keiner ein Wechselbalg ist, macht Bashir mit den anderen einen Bluttest. Auch Enabran Tain ist ein Gefangener im Lager. Bashir ist dabei, als Tain stirbt und Tain sich von Garak verabschiedet. So erfährt Bashir das Tain Garaks Vater ist. Garak, Worf, Martok und Bashir beginnen darauf mit der Planung der Flucht aus dem Internierungslager. ({{DS9|Die Schatten der Hölle|Inquisition}})
[[Bild:MHL Test.jpg|thumb|left|Dr. Bashir und Dr. Lewis Zimmerman testen das MHL.]]
Bashir bekommt kurz darauf den Auftrag um eine Gruppe [[Augment|gentisch aufgewerteten Menschen]] zu kümmern und bei der resozialisierung zu helfen. Er soll ihnen zeigen, dass auch gentisch aufgewerteten Menschen ein normales Leben führen können. So trifft Bashir auf [[Jack (24. Jahrhundert)|Jack]], [[Lauren]], [[Patrick]] und [[Sarina Douglas]]. Als diese eine Aufzeichnung von [[Damar]] sehen, erkennen diese Menschen sofort die Hintergründe über ihn und das Dominion. Bashir erkennt das Potential dieser Menschen und gibt ihnen weiter Berichte und Pläne über den Dominion-Krieg. Mit ihren strategischer Analysen helfen sie Sisko bei den Verhandlungen mit dem Dominion. Eine weitere Analyse ergibt, dass die Föderation den Dominion-Krieg verlieren wird. Bashir ist entmutigt und versucht Sisko zu überreden, dass die Föderation kapituliert um soviele Leben wie möglich zu retten. Aber Sisko will dies nicht zu lassen. Als Jack, Lauren und Patrick Angriffspläne der Föderation an das Dominion übergeben wollen, ist Bashir dagegen. Bashir will zwar so wenig wie möglich Verluste in dem Krieg haben, aber er will kein Verräter sein. Jack fesselt darauf Bashir. Jack will sich danach mit [[Weyoun 5|Weyoun]] und Damar treffen. Bashir wird aber von Sarina Douglas befreiht und kann Jack aufhalten. Durch diese Aktion sieht Bashir ein, dass trotz der Berechnungen eine einzelne Person den Verlauf der Geschichte verändern kann. Darauf verabschiete sich Bashir von den Vier in Freundschaft und hofft diese wieder zu sehen. ({{DS9|Statistische Wahrscheinlichkeiten}})
[[Bild:Bashir kümmert sich um die Überlebenden.jpg|thumb|Julian Bashir kümmert sich um die Überlebenden der USS ''Honshu''.]]
Wenige Wochen später unternimmt die ''Defiant'' erfolgreich die erste Mission im cardassianischen Raum seit dem Ausbruch des Krieges. Darauf können Bashir, Dax und O'Brien von ihrer erfolgreichen Mission im Quarks berichten. ({{DS9|Der glorreiche Ferengi}})
Kurz darauf wird die [[USS Honshu|USS ''Honshu'']], auf der sich zu dieser Zeit Captain Sisko und der gefangene Dukat befinden, von Cardassianern angegriffen und zerstört. Die ''Defiant'' bekommt den Auftrag nach Überlebenden der ''Honshu'' zu suchen. Bashir behandelt einige verletzte Crewmitglieder der ''Honshu'' und auch später Captain Sisko, nachdem er gerettet worden ist. ({{DS9|Das Gute und das Böse}})
Als Morn scheinbar ums Leben gekommen ist, besucht Bashir die Gedenkfeier von Morn. Da Bashir die [[Lurianer|lurianischen]] Bräuche kennt, bringt er zu Ehren von Morn ein [[Getränk]] mit, damit Morn dieses symbolisch mit ins Nachleben nehmen kann. Später stellt sich herraus, dass Morn seinen tod nur vorgetäuscht hat. ({{DS9|Wer trauert um Morn?}})
Als Sisko zusammen bricht behandelt Bashir ihn. Sisko hat wieder Visionen von den Propheten. Bashir stellt fest, dass Sisko die selben Symptome hat, wie 2373 als Sisko schon einmal Visionen von den Propheten bekommen hat. Sisko verliert kurz sein Bewustsein und erlebt in dieser Zeit das Leben des [[Benny Russell]]. Nach wenigen Minuten erwacht Sisko wieder auf der Krankenstation. ({{DS9|Jenseits der Sterne}})
[[Bild:Bashir und O'Brien winzig.jpg|thumb|left|Julian Bashir und Miles O'Brien sind winzig klein in der ''Defiant''.]]
Kurz darauf untersucht die ''Defiant'' ein [[Subraum-Kompression]]s-Phänom. Diese Forschung soll bei der Erschaffung von [[Transwarpkanal|Transwarpkanälen]] helfen. Durch die Anomalie werden auch Objekte [[Schrumpfen|verkleinert]]. Mit einem Runabout erforschen Bashir, Dax und O'Brien die Anomalie. Durch den Effekt der Anomalie werden auch sie verkleinert. Sisko und seine Crew überwachen auf der ''Defiant'' die Mission des Runabouts, als plötzlich die ''Defiant'' von den Jem'Hadar angegriffen und darauf übernommen wird. Das Rounabout fliegt zwar aus der Anomalie, ist aber immer noch winzig klein. Durch einen Impulsschacht gelangt das kleine Schiff in ''Defiant'' hinnein. Dort angekommen bemerken Bashir, Dax und O'Brien, dass die ''Defiant'' von den Jem'Hadar übernommen worden ist. Sisko versucht währenddessen wieder heimlich die Kontrolle über die ''Defiant'' zu bekommen. Auch die Crew des Runabout versucht bei der Rückeroberung der Defiant zu helfen. Bashir und O'Brien werden ins Computersystem der ''Defiant'' gebeamt und schalten in ihrer winzigen Größe die Kontrolle der ''Defiant'' frei. Das Rounabout greift einige der Jem'Hadar an und es gelingt der Crew der ''Defiant'' wieder die Kontrolle über das Schiff zu erlangen. Nach der Rückeroberung der ''Defiant'' werden Bashir, Dax und O'Brien wieder auf ihre normale Größe gebracht. ({{DS9|Das winzige Raumschiff}})
[[Bild:Bashir spielt Tongo.jpg|thumb|Julian Bashir spielt Tongo.]]
Während sich O'Brien auf einer geheimen Mission auf befindet [[Farius Prime]], beschwert sich Bashir bei Sisko das es einige Störungen auf der Krankenstation gibt. In Wirklichkeit ist Bashir bei Sisko, weil er sich Sorgen um seinen Freund macht und Bashir will wissen wo sich O'Brien befindet. ({{DS9|Ehre unter Dieben}})
Nachdem O'Brien nach Deep Space 9 zurück gekehrt ist, gelingt es O'Brien Bashir davon zu überzeugen Quark beim [[Tongo]] herraus zufordern. Quark ist ein sehr guter Spieler, aber O'Brien glaubt, dass Bashir mit seinem genetisch Aufgewerteten Intellekt Quark schlagen kann. Schließlich willigt Bashir ein und fodert Quark zu einem Tongospiel herraus. Anfangs führt Bashir bei dem Spiel bis Quark plötzlich anfängt über Jadzia Dax und ihre Beziehung zu Worf zu erzählen. Da Bashir sie noch immer liebt ist er schließlich abgelenkt und wird in ein tiefes Gespräch mit Quark über Dax verwickelt. Durch die Ablenkung macht Bashir einen Fehler und Quark gewinnt das Spiel. ({{DS9|Wandel des Herzens}})
Wenig später schlägt Bashir O'Brien vor in der Holosuite die [[Schlacht von Alamo]] nach zu spielen. Anfangs ist O'Brien wenig begeistert eine Schlacht zu spielen bei der sie verlieren werden, aber bald darauf wird dieses Programm das Lieblingsprogramm der beiden. Zu der Zeit steht Major Kira unter ziemlichen Stress, wegen einer Botschaft von Dukat an sie. Auch Bashir bekommt dies mit, als Kira ihn an brüllt. ({{DS9|Tiefes Unrecht}})
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Ein weiteres Programm, welches die beiden regelmäßig spielen, ist das [[Wikingerprogramm]]. Bei diesem Programm verteidigen Bashir und O'Brien [[Irland]] gegen eine [[Invasion]] der [[Wikinger]]. ({{DS9|Der Streik}})
Ein weiteres Programm, welches Bashir regelmäßig spielt ist das Agenten Programm Julian Bashir, Geheimagent. Dieses Programm hat Bashir von seinem Freund Felix. In dem Programm ist Bashir ein Spion im 20. Jahrhundert auf der Erde. Bashir spielt dieses Programm häufig mit seinen Freunden zusammen. ({{DS9|Unser Mann Bashir|Der Datenkristall|Wandel des Herzens}})
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==Chronologie==
==Zitate==
