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Seine größte Rolle vor ''Star Trek'' war dabei die des großen Bruders Stanley von Nordstaatler George Hazard im Mehrteiler ''Fackeln im Sturm'' (1985), der auch in Deutschland sehr erfolgreich lief. Bei den Dreharbeiten lernte er Genie Francis kennen, die er 1988 heiratete.
Glaubt man der Doku ''[[Die Akte Enterprise – Ein Raumschiff verändert die Welt]]'', dann war Frakes zum Zeitpunkt des Castings zu {{S|TNG}} einer der wenigen US-Amerikaner, die so gut wie nichts über {{s|TOS}} wussten. Er berichtet, dass er vor Drehbeginn alle Folgen der Originalserie auslieh und ansah , um dies nachzuholen.
Erwähnenswert ist zudem, dass Frakes der einzige ''Star-Trek''-Schauspieler ist, der in allen ''Star-Trek''-Serien außer {{S|TOS}} einen Auftritt hatte. Er wird darin nur von [[Majel Barrett]] übertroffen, die an in allen Serien mitwirkte.
Jonathan Frakes ist ebenfalls als Moderator der Serie ''X-Factor: Das Unfassbare'' (ab der 2. Staffel) zu sehen.