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[[Datei:Archer warnt die Fremden vor dem Angriff auf die Enterprise.jpg|thumb|left|Archer warnt den unbekannten Feind.]]
Während die ''Enterprise'' erfolgreich den [[Subraumverstärker]] [[Echo 2]] aussetzt, nähert sich plötzlich ein unbekanntes Schiff. Allerdings reagiert das fremde Schiff nicht auf die Rufe der ''Enterprise'' und zieht wieder ab. Nach einigen Stunden nähert sich das Schiff wieder, aber es reagiert wieder nicht auf die Rufe der ''Enterprise''. Stattdessen greift das fremde Schiff die ''Enterprise'' an, beschädigt diese schwer und zieht wieder von dannen. Da Archer in den Fremden eine große Gefahr sieht, beschließt er zur Erde zurück zu kehrenzurückzukehren, damit die ''Enterprise'' dort mit [[Phasenkanone]]n ausgerüstet wird. Doch Reed und Tucker wollen die Phasenkanon selbst installieren, während die ''Enterprise'' zur Erde zurück fliegt. Wenig später tauchen die Fremden wieder auf und greifen die ''Enterprise'' wieder an. Darauf dringen zwei dieser Fremden an Bord der ''Enterprise'' ein und greifen einige Crewmitglieder an. Die beiden ziehen sich wieder auf ihr Schiff zurück und die Fremden feuern wieder auf die ''Enterprise'' und beschädigen dadurch den Warpantrieb. Die Fremden vernichten auch die Subraumverstärker, damit die ''Enterprise'' nicht nach Verstärkung rufen kann. In den nächsten 48 Stunden gelingt es Reed mit Tucker und seinen Technikern die Phasenkanon zu installieren. Archer will die Waffe testen, doch anstatt eines einfachen Schusses kommt es zu einer Energieüberladung und die Phasenkanone zerstört einen ganzen [[Berg]] auf einen unbewohnten Planeten. Es stellt sich später heraus, dass die Fremden für die Sabotage am Energiesystem verantwortlich sind und es so zu der Energieüberladung an der Phasenkanone gekommen ist. Wenig später nähren sich wieder die Fremden und Archer befiehlt das Schiff mit den Phasenkanonen zu feuern, doch diese richten nichts bei den Fremden an. Archer befiehlt Reed darauf die Kanonen wie beim letzten mal zu überlasten und dadurch wird das Schiff der Fremden kampfunfähig geschossen. Zum Dank für die gute Arbeit spendiert Archer seinen Männern [[Bier]]. ({{ENT|Lautloser Feind}})
[[Datei:Archer entscheidet sich gegen die Einmischung.jpg|thumb|Archer entscheidet sich dafür, sich nicht in die Evolution der Valakianer einzumischen.]]
[[Datei:Archer und Mayweather suchen nach den vermissten Crewmitgliedern.jpg|thumb|left|Archer und Mayweather suchen nach vermissten Crewmitgliedern.]]
Als die Crew der ''Enterprise'' wenig später auf ein Raumschiff in der [[Atmosphäre]] eines Gasriesen stößt, schickt Archer ein Außenteam runter, um das Schiff zu bergen und der Besatzung zu helfen. Als die [[Fähre]] ihr Ziel erreicht, bemerkt das Außenteam, dass es sich um ein klingonisches Raumschiff handelt. Fast die gesamte klingonische Crew an Bord ist bewusstlos, mit Ausnahme der Klingonin [[Bu'Kah]]. Ihr gelingt es, die Fähre zu [[Diebstahl|stehlen]] und somit sitzen nun T'Pol, Reed und Sato an Bord des Schiffes fest. Archer versucht mit der ''Enterprise'' in die Atmosphäre zu fliegen, doch die ''Enterprise'' hält den Druck nicht aus und Archer muss mit seinem Schiff in den Orbit zurück kehrenzurückkehren. Archer gelingt es, wenig später Bu'Kah gefangen zu nehmen. Währenddessen versucht das Außenteam alles, um das Schiff aus der Atmosphäre zu bekommen. Reed gelingt es, mit einer Druckwelle von mehren Torpedoexplosionen das Schiff in einen höheren Bereich der Atmosphäre zu bringen und somit können Archer und Bu'Kah das Schiff wieder mit einer Fähre erreichen. Mit gemeinsamen Kräften können das klingonische Schiff und das Außenteam nun gerettet werden. ({{ENT|Schlafende Hunde}})
[[Datei:Archer und T'Pol als Geiseln.jpg|thumb|Archer und T'Pol gefangen auf Coridan.]]
[[Datei:Archer verhandelt um Deuterium.jpg|thumb|left|Archer verhandelt mit Tessic um Deuterium.]]
Wenig später erreicht die ''Enterprise'' einen Planeten, auf dem [[Deuterium]] gefördert wird. Archer will von [[Tessic]], dem Führer der Kolonie Deuterium abkaufen, allerdings kann er dies nicht, da Klingonen diese Kolonie regelmäßig [[überfall]]en und das Deuterium mitnehmen. Als Archer sieht wie die Klingonen die Kolonisten behandeln, will dieser den Kolonisten bei der Verteidigung der Kolonie helfen. Archer plant zusammen mit den Kolonisten den Klingonen eine Falle zu stellen und dort anzugreifen. Archer und die Kolonisten verlegen das Lager und sie beginnen die Kolonisten für den Kampf gegen die Klingonen zu trainieren. Als die Klingonen später zurück kehrenzurückkehren, um das Deuterium abzuholen, werden die Klingonen in die Deuteriumfelder gelockt. Die List des Captains ist ein Erfolg und Klingonen geraten in eine Falle. Darauf sind diese gezwungen den Planeten zu Verlassen und die Kolonisten in Ruhe zu lassen. Als Dank schenkt Tessic, Archer mehr als genug Deuterium, um die Reise für eine lange Zeit fortzusetzen. ({{ENT|Marodeure}})
[[Datei:T'Pol erschießt Menos.jpg|thumb|Archer überzeugt T'Pol auf Menos zu schießen.]]
[[Datei:Archer kämpft gegen Dolim.jpg|thumb|left|Archer kämpft gegen Dolim.]]
Mit Degras Schiff verfolgt das Außenteam die Superwaffe, während die ''Enterprise'' mit einem modifizierten [[Deflektor]]strahl die Sphäre 41 zu vernichten beginnt. Die Superwaffe erreicht inzwischen zusammen mit Dolims Schiff die Erde. Archer will mit einem Außenteam die Superwaffe vernichten. Als sich Archer auf diese gefährliche Mission vorbereitet, bringt Daniels ihn in die Zukunft. Daniels zeigt Archer die Gründung der Föderation und erklärt, dass dieser eine wichtige Rolle dabei spielen wird. Daniels warnt Archer davor sich auf diese Selbstmordmission zu begeben, da dadurch die ganze Zeitlinie verändert werden könnte. Doch Archer lässt sich von Daniels nicht abhalten und will die Mission fortsetzen. Wenig später greift Archer mit Degras Schiff die Xindi an und dabei bekommt dieser unerwartet Hilfe von Shran und mit seinem Schiff wird das Schiff der Reptilianer vernichtet. Während sich Shran um die Xindi kümmert, beamt Archer mit einem Außenteam auf die Superwaffe. Archer und Sato versuchen die Selbstzerstörung der Waffe zu aktivieren. Als Archer kurz davor ist die Selbstzerstörung zu aktivieren evakuiert er das Außenteam. Doch plötzlich kommt Dolim und greift Archer an. Nach einem harten Kampf gelingt es Archer Dolim zu töten und die Selbstzerstörung zu aktivieren. Während die Superwaffe explodiert versucht Archer von Bord zu fliehen. Zur selben Zeit wird das Sphärennetzwerk der Sphärenbauer von der ''Enterprise'' vernichtet. Dadurch werden die Sphärenbauer gezwungen, in ihr Transdimensionales Reich zurück zu kehrenzurückzukehren. Die Delphische Ausdehnung beginnt sich wieder in den normalen Weltraum zurück zu verwandeln. Nachdem die Superwaffe vernichtet ist wird Archer vermisst und man hält ihn für tot. Zum Dank bringen die Xindi die ''Enterprise'' zurück zur Erde. Dort angekommen, antwortet aber niemand. Zur selben Zeit erwacht Archer in einem Lazarett wo sich [[Nazi]]s und ein fremder Außerirdischer befinden. ({{ENT|Stunde Null}})
[[Datei:Archer und Alicia Travers flüchten vor den Nazis.jpg|thumb|Archer und Alicia flüchten vor den Nazis.]]
[[Datei:Archer als Versuchsperson.jpg|thumb|left|Archer als Versuchsperson für das Heilmittel.]]
Durch die hohe Geschwindigkeit droht die ''Enterprise'' auseinanderzubrechen. Tucker will darauf von der ''Columbia'' auf die ''Enterprise'' zurück kehrenzurückkehren. Da ein beamen bei Warp nicht möglich ist müssen beide Schiffe ihr Warpfeld verbinden, damit Tucker über ein Seil auf die ''Enterprise'' klettern kann. Da Reed diesen Vorgang mehrfach geübt hat, entlässt Archer ihn aus dem Arrest und Reed hilft dabei das Tucker sicher an Bord der ''Enterprise'' gelangt. Nachdem Tucker sicher an Bord gelangt ist, wird dieser wieder in den Arrest gesperrt. Tucker kann mit Hilfe eines [[Kaltstart]]s des Warpkerns die Sabotage der Klingonen beheben und somit die ''Enterprise'' retten. Später findet Archer heraus, dass Reed mit Harris Kontakt aufgenommen hat, doch Reed schweigt weiter zu den Vorgängen. Auf Befehl von Archer nimmt Reed Kontakt mit Harris auf und dieser meldet sich bei Archer. Harris erklärt, das Reed für ihn Arbeitet und das Reeds arbeitet und Phlox Entführung dem Frieden zwischen den Klingonen und den Menschen dient. Nach einen Gespräch mit dem gefangenen Klingonen entschließt sich Reed seinem Captain die Wahrheit zu sagen. Er erklärt Archer, dass er die ''Enterprise'' vorerst aufhalten soll, damit Phlox in Ruhe ein Heilmittel für eine Seuche, welche bei den Klingonen ausgebrochen ist findet. Reed teilt darauf Archer mit, dass sich Phlox in der [[Qu'Vat-Kolonie]] befindet und darauf begeben sich die ''Enterprise'' und die ''Columbia'' dorthin. Archer begibt sich auf die Oberfläche um den Doktor zu retten, während die ''Enterprise'' und die ''Columbia'' von den Klingonen angegriffen werden. Archer meldet sich bei Phlox als Versuchsperson, damit dieser sein Heilmittel testen kann. Obwohl es für Archer schmerzhaft ist, dann Phlox das Heilmittel finden und die Seuche behandeln. Nach diesen Ereignissen begeben sich beide zurück auf die ''Enterprise''. ({{ENT|Die Abweichung}})
[[Datei:Navaar verführt Archer.jpg|thumb|Navaar verführt Archer.]]