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Durch diese Datenbank erhält Archer Informationen über einen Planeten, auf dem sich vor kurzem einige Xindi befunden haben. Archer, T'Pol, Reed und Sato erforschen diesen Planeten. Plötzlich mutiert die [[DNS]] des Außenteams. Alle mit Ausnahme vom Subcommander werden durch einen Virus in eine andere Spezies, genannt [[Loque'eque]], umgewandelt. Auch T'Pol wird von dieser Umwandlung betroffen, jedoch ist die Mutation bei ihr nicht so umfassend. T'Pol behält, entgegen dem Rest des Teams, die Kontrolle über sich. Sie wird von den drei mutierten Offizieren angegriffen und verliert das Bewusstsein. Als sie wieder zu sich kommt, bemerkt T'Pol, dass sie gefesselt ist. T'Pol kann Archer davon überzeugen, sie frei zu lassen und erklärt ihm ,dass sie auf die ''Enterprise'' zurück müssen. Aber Archer versteht dies nicht, da die Drei an einen Ort namens [[Urquat]] hin wollen. Die Drei mutierten Offiziere zwingen T'Pol, mit zu kommenmitzukommen. Plötzlich kommt Tucker mit einigen MACOs in Raumanzügen auf die Planetenoberfläche und entführt Reed und bringt ihn zurück auf die ''Enterprise'' und Phlox untersucht diesen. Da T'Pol gegen diesen Virus fast immun zu sein scheint, versucht Phlox mit Hilfe ihrer DNS ein Heilmittel zu finden. Plötzlich taucht ein fremdes Schiff auf und ihr Kommandant [[Tret]] warnt die ''Enterprise'' vor dem Virus auf der Planetenoberfläche und das sie jeden Infizierten töten. Auf der Oberfläche erreicht Archer zusammen mit Sato und T'Pol Urquat. Doch Urquat erweist sich als Ruine, wo niemand mehr leben kann. Phlox gelingt es inzwischen ein Heilmittel zu entwickeln und mit diesen werden Reed und der Rest des infizierten Außenteams behandelt. Als Tret die ''Enterprise'' angreifen will, kommt der geheilte Archer auf die Brücke und nimmt Kontakt mit Tret auf und erklärt, dass diese ein Heilmittel gefunden haben. Darauf übergibt Archer das Heilmittel und Tret zieht sich zurück. Nach diesen Ereignissen hat Phlox noch eine Probe von dem Virus, welches Archer und die anderen transformiert hat. Phlox beschließt dieses zu vernichten, doch Archer beschließt diese Probe zu verwahren, da es das letzte Vermächtnis der Loque'eque ist. ({{ENT|Transformation}})

In den nächsten Tagen leidet Archer noch immer an den Folgen durch seine Umwandlung in einen Loque'eque. Wenig später wollen sich Archer, Reed und Tucker mit dem [[Chemie|Chemiker]] [[B'Rat Ud]] treffen, um von ihm die Formel für die Herstellung von flüssigem [[Trellium-D]] zu bekommen. Im Austausch von einigen [[Gewürz]]en bekommt das Außenteam die Formel. Allerdings ist diese Formel für die Crew nutzlos. Zur selben Zeit sucht ein Sklavenmädchen, welches [[Rajiin]] heißt, Schutz bei Archer und dieser nimmt sie mit an Bord der ''Enterprise''. Archer erklärt Rajiin, dass diese nun frei ist und sich auch frei auf der ''Enterprise'' bewegen kann. Eines Abends kommt Rajiin in das Quartier von Archer und verführt diesen. Er ahnt nicht, dass dabei Rajiin Daten über seine Anatomie sammelt. Doch plötzlich hört er die Stimme von Rajiin und glaubt das diese Verführung nur ein Tagtraum gewesen ist. Als sie weitere Crewmitglieder scannt und T'Pol angreift, wird Rajiin von Archer in den Arrest gebracht. Archer verhört sie und will wissen, ob die Xindi dahinter stecken. Rajiin berichtet ihm, dass die Xindi die Daten benötigen, um eine Biowaffe zu bauen. Kurz darauf meldet Reed, dass sich Xindi Schiffe der ''Enterprise'' nähern und diese angreifen. Die Xindi dringen an Bord ein und trotz der Verteidigung durch die MACOs gelingt es diesen Rajiin mit zu nehmenmitzunehmen. Bei den Xindi gibt Rajiin ihre gesammelten Daten preis. ({{ENT|Rajiin}})

Wenige Wochen später erhält die ''Enterprise'' einen Notruf vom vulkanischen Raumschiff ''[[Seleya|Seleya]]''. Das Schiff ist in einem [[Asteroidenfeld]] mit hohen Trellium-D-Vorkommen gestrandet. Archer und ein Außenteam fliegen mit einer Fähre zum Schiff, um den Vulkaniern zu helfen. Da T'Pol an Bord der ''Seleya'' gedient hat, begleitet sie das Außenteam, um mit ihren Kenntnissen behilflich zu sein. Außerdem gehören zum Außenteam noch einige MACOs. Durch den Einfluss des Trellium-D sind die [[Nerv]]enbahnen der Vulkanier beschädigt worden und in Folge dessen haben diese die Kontrolle über ihre Emotionen verloren. Die Vulkanier an Bord sind nur noch mörderische, aggressive Kreaturen, welche nun das Außenteam umbringen wollen. Das Außenteam kann die Angriffe der Vulkanier vorerst abwehren, allerdings sitzt das Außenteam nun auf der ''Seleya'' fest. Auch T'Pol zeigt Anzeichen von [[Paranoia]] und wendet sich nun gegen die Crew. Diese versuchen nun, auf ihre Fähre zurückzukehren. Archer schickt [[medizin]]ische Daten an Phlox, welcher herausfindet, dass das Trellium am Zustand der vulkanischen Crew schuld ist und dieser nicht rückgängig gemacht werden kann. Auch T'Pol wird immer aggressiver und wendet sich gegen die anderen. Archer muss sie schließlich außer Gefecht setzen, um sie mit zu nehmenmitzunehmen. Schließlich erreicht das Außenteam die Fähre und kann entkommen. Die ''Seleya'' wird wenig später mitsamt ihrer Besatzung zerstört. Zurück auf der ''Enterprise'' behandelt Phlox die extrem aggressive T'Pol und er kann sie schließlich heilen. ({{ENT|Impulsiv}})