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Nachdem die ''Enterprise'' durch eine [[Delphische Anomalie|Anomalie]] schwer beschädigt worden ist, findet diese ein treibendes Schiff in der näheren Umgebung vor. Archer erkundet mit einem Außenteam das Schiff, doch das Außenteam findet nur eine tote Crew vor. Wenig später wird die ''Enterprise'' ebenfalls angegriffen und die Räuber stehlen einiges von Bord der ''Enterprise''. Reed und die MACOs versuchen die [[Osaarianer]] aufzuhalten, dennoch gelingt ihnen mit Ausnahme von [[Orgoth]] die Flucht. Archer beginnt Orgoth zu verhören, während die ''Enterprise'' das Schiff der Osaarianer verfolgt.Schließlich entdeckt die Crew eine [[Delphische Sphäre|Delphischen Sphäre]] bei der sich die Osaarianer befunden haben. Ein Außenteam fliegt mit einer Fähre in die Sphäre und findet dort die gestohlen Vorräte von der ''Enterprise''. In der Sphäre findet das Außenteam Kontakt mit den Xindi gehabt haben. Archer verhört darauf wieder Orgoth und will sämtliche Informationen über die Xindi. Als sich Orgoth weigert zu reden bringt Archer ihn zur Luftschleuse und senkt dort den Druck. Reed kommt hinzu und fordert den Captain auf, mit dieser Foltermethode aufzuhören, da er Orgoth sonst tötet. Orgoth gibt schließlich nach und übergibt Archer sämtliche Daten über die Xindi die er weiß. Die ''Enterprise'' greift wenig später das Schiff der Osaarianer an und es gelingt der Crew die Datenbank der Xindi von den Osaarianern runter zu laden. ({{ENT|Anomalie}})
Durch diese Datenbank erhält Archer Informationen über einen Planeten, auf dem sich vor kurzem einige Xindi befunden haben. Archer, T'Pol, Reed und Sato erforschen diesen Planeten. Plötzlich mutiert die [[DNS]] des Außenteams. Alle mit Ausnahme vom Subcommander werden durch einen Virus in eine andere Spezies, genannt [[Loque'eque]], umgewandelt. Auch T'Pol wird von dieser Umwandlung betroffen, jedoch ist die Mutation bei ihr nicht so umfassend. T'Pol behält, entgegen dem Rest des Teams, die Kontrolle über sich. Sie wird von den drei mutierten Offizieren angegriffen und verliert das Bewusstsein. Als sie wieder zu sich kommt, bemerkt T'Pol, dass sie gefesselt ist. T'Pol kann Archer davon überzeugen, sie frei zu lassen und erklärt ihm ,dass sie auf die ''Enterprise'' zurück müssen. Aber Archer versteht dies nicht, da die Drei an einen Ort namens [[Urquat]] hin wollen. Die Drei mutierten Offiziere zwingen T'Pol, mit zu kommen. Plötzlich kommt Tucker mit einigen MACOs in Raumanzügen auf die Planetenoberfläche und entführt Reed und bringt ihn zurück auf die ''Enterprise'' und Phlox untersucht diesen. Da T'Pol gegen diesen Virus fast immun zu sein scheint, versucht Phlox mit Hilfe ihrer DNS ein Heilmittel zu finden. Plötzlich taucht ein fremdes Schiff auf und ihr Kommandant [[Tret]] warnt die ''Enterprise'' vor dem Virus auf der Planetenoberfläche und das sie jeden Infizierten töten. Auf der Oberfläche erreicht Archer zusammen mit Sato und T'Pol Urquat. Doch Urquat erweist sich als Ruine, wo niemand mehr leben kann. Phlox gelingt es inzwischen ein Heilmittel zu entwickeln und mit diesen werden Reed und der Rest des infizierten Außenteams behandelt. Als Tret die ''Enterprise'' angreifen will, kommt der geheilte Archer auf die Brücke und nimmt Kontakt mit Tret auf und erklärt, dass diese ein Heilmittel gefunden haben. Darauf übergibt Archer das Heilmittel und Tret zieht sich zurück. Nach diesen Ereignissen hat Phlox noch eine Probe von dem Virus, welches Archer und die anderen transformiert hat. Phlox beschließt dieses zu vernichten, doch Archer beschließt diese Probe zu verwahren, da es das letzte Vermächtnis der Loque'eque ist. ({{ENT|Transformation}}) Wenig später wollen sich Archer, Reed und Tucker mit dem [[Chemie|Chemiker]] [[B'Rat Ud]] treffen, um von ihm die Formel für die Herstellung von flüssigem [[Trellium-D]] zu bekommen. Im Austausch von einigen [[Gewürz]]en bekommt das Außenteam die Formel. Allerdings ist diese Formel für die Crew nutzlos. Zur selben Zeit gelangt das Sklavenmädchen [[Rajiin]] an Bord der ''Enterprise'' und beginnt heimlich anatomische Daten über die Menschen zu sammeln, damit die Xindi eine Biowaffe bauen können. Kurz darauf dringen einige Xindi auf die ''Enterprise'' ein und trotz der Abwehr von Reed und den MACOS, gelingt es den Xindi Rajiin mit zu nehmen. Bei den Xindi gibt Rajiin ihre gesammelten Daten preis. ({{ENT|Rajiin}})
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