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[[2273]] dringt eine unbekannte Wolke in das Gebiet der Föderation ein und fliegt direkt auf die Erde zu. Nachdem eine klingonische Flotte ausgelöscht worden ist, sieht die Sternenflotte eine Bedrohung in dieser Wolke. Die Sternenflotte will die neu aufgerüstete ''Enterprise'' zu dieser Wolke raus schicken, damit die Besatzung diese untersucht. Da Kirk die meiste Erfahrung mit der ''Enterprise'' hat, wird dieser von Admiral [[Nogura]] wieder zum Captain ernannt, damit er das Kommando über die ''Enterprise'' übernehmen kann. Kirk wird von seiner alten Crew wieder freundlich empfangen, aber er holt sich auch neue Crewmitglieder, darunter Commander [[Sonak]] hinzu , die er für seine Mission benötigt. Captain Decker, welcher bisher das Kommando gehabt hat, ist damit aber nicht einverstanden, da Kirk keine Erfahrung mit der neu umgerüsteten ''Enterprise'' hat. Trotzdem muss Decker die vorübergehende Zurückstufung zum Commander akzeptieren. Nachdem Sonak bei einem Transporterunfall ums Leben gekommen ist, bittet Kirk das , dass Decker den Posten als Wissenschaftsoffizier übernimmt und Decker tut dies. Kurz bevor die ''Enterprise'' das Dock verlässt , holt Kirk noch seinen Freund McCoy in den aktiven Dienst zurück, da Kirk die Ratschläge seines Schiffsarztes benötigt.

Die ''Enterprise'' verlässt darauf das Dock und fliegt durch das Sol-System der Wolke entgegen. Kirk will darauf den Warpantrieb aktivieren, doch Decker rät davon ab, da der Antrieb noch nicht vollständig getestet ist. Doch Kirk ignoriert die Deckers Warnung von Decker und aktiviert den Antrieb, doch durch eine Fehlfunktion des Antriebs bildet sich ein [[Wurmloch]] und dort droht die ''Enterprise'' mit einem Asteroiden zu kollidieren. Kirk will diesen mit einem Phaser vernichten, doch Decker greift ein und vernichtet diesen mit einem Photonentorpedo. Kurz darauf verlässt die ''Enterprise'' das Wurmloch und Decker erklärt sein Verhalten, da durch die Fehlfunktion des Antriebs auch die Phaser ausgefallen sind. Kirk erkennt das , dass Decker zwar richtig gehandelt hat, aber Decker macht Kirk Vorwürfe, dass er die ''Enterprise'' nicht mehr richtig kennt. Später kommt Spock hinzu und er hilft bei der Reparatur des Antriebes. Mit dem aktiven Warpantrieb erreicht die ''Enterprise'' schließlich den Rand der unbekannten Wolke.

Da sich die Wolke immer mehr der Erde nähert, fliegt Kirk in diese hinein. Doch in der Wolke wird die ''Enterprise'' von einer [[Plasmasonde]] gescannt und diese Sonde erfasst Lieutenant [[Ilia]] und löst diese schließlich auf. Inzwischen wird die ''Enterprise'' ins innere Innere der Wolke gezogen und sitzt innerhalb eines gigantischen Schiffes fest. Plötzlich taucht eine [[Ilia-Sonde|Sonde]]auf, welche wie Ilia aussieht auf , und diese erklärt, dass sich die ''Enterprise'' in [[V'Ger]] befindet und auf der Erde nach seinem Schöpfer sucht. Kirk versucht von der Sonde alles über den Schöpfer zu erfahren, doch auch die Sonde weiß nicht , wer der Schöpfer ist. Zur gleichen Zeit stiehlt Spock einen Raumanzug, um damit außerhalb der ''Enterprise'' in Kontakt mit V'Ger treten zu können. Mit Hilfe einer Gedankenverschmelzung nimmt dieser Kontakt auf, doch die Empfindungen sind zu stark und überwältigen ihn. Kirk begibt sich ebenfalls in einen Raumanzug und findet den bewusstlosen Spock treibend vor. Von Spock erfährt Kirk, dass es sich bei V'Ger um eine maschinelle Lebensform handelt, welche sich mit Hilfe des Schöpfers weiter entwickeln will.

Inzwischen erreicht V'Ger, die Erde , und als der Schöpfer nicht antwortet , richtet V'Ger seine Waffen auf die Erde und droht die Oberfläche zu vernichten. Kirk weiß noch immer nicht , wer der Schöpfer ist, aber gegenüber der Sonde gibt Kirk an , zu wissen wer der Schöpfer ist. Kirk stellt aber zur Bedingung, dass er diese Information V'Ger persönlich gibt. Kirk begibt sich darauf mit einem Außenteam zu V'Ger, während er Scott befiehlt im Notfall die Selbstzerstörung der ''Enterprise'' zu aktiveren, um V'Ger im Notfall zu vernichten. Vor Ort stellt das Außenteam fest, dass es sich bei V'Ger um die vermisste [[NASA]]-Sonde [[Voyager VI]] handelt. Die Sonde benötigt einen Aktivierungscode vom Schöpfer, um ihren Auftrag zu erfüllen. Decker aktiviert plötzlich die Sonde und er beginnt sich mit dieser zu vereinigen und wird so eine Höhere höhere Lebensform. Da V'Ger seinen Schöpfer gefunden und sich weiter entwickelt hat, ist die Erde gerettet. Nach dieser Mission genießt es Kirk noch einmal mit der ''Enterprise'' fliegen zu können. ({{Film|1}})

In den nächsten Jahren arbeitet Kirk weiter in der Einsatzplanung, allerdings findet Kirk keine Freude bei dieser Arbeit, da er nun nicht mehr ein Raumschiff kommandiert. Kirk tritt [[2281]] aus dem aktiven Dienst zurück und beginnt ein neues einfaches Leben , in dem er sich ein Leben eine Existenz in [[Idaho]] auf der Erde aufbaut. Er geht dort regelmäßig [[Reiten]] und lernt [[Antonia]] kennen. Die beiden verlieben sich mit der Zeit, dennoch macht Kirk ihr keinen Heiratsantrag. Kirk ist zwar glücklich mit seinem neuen Leben, aber irgendwas fehlt ihm. [[2284]] kehrt Kirk zur Sternenflotte zurück und er versucht es Antonia schonend bei zu bringen. Allerdings trennt sich Antonia zu Kirks bedauern Bedauern von ihm, da sie nicht will das , dass er zu zur Sternenflotte zurück kehrtzurückkehrt. ({{Film|2}}; {{Film|7}})

Kirk arbeitet nun als Ausbilder an der Sternenflottenakademie. Zu Kirks Aufgaben gehört es den Kobayashi-Maru-Test der Kadetten mit zu überwachen und auswertenauszuwerten. Aber Kirk ist noch immer nicht glücklich über seine Arbeit und verfällt in [[Depression]]en. Kirks Freunde Spock und McCoy erklären ihm das , dass es ein Fehler gewesen ist die Beförderung zum Admiral anzunehmen. [[2285]] überwacht Kirk eine Mission auf dem der zum [[Schulschiff]] umgerüsteten ''Enterprise''. Captain Spock hat das Kommando über das Schiff , auf dem Kadetten zu Offizieren ausgebildet werden. Kirk hasst zwar solche [[Inspektion]]en, doch er freut sich, obwohl es sich nur um eine Trainingsmission handelt, wieder an Bord der ''Enterprise'' zu sein. Doch statt eine Ausführliche ausführliche Inspektion durch zu führendurchzuführen, lässt Kirk die ''Enterprise'' gleich auslaufen. Während des Fluges erhält die ''Enterprise'' eine Botschaft von [[Regula I]] und Kirk sieht nach Jahren seine Geliebte Carol Marcus wieder. Kirk hört nur das , dass er ihr Genesis weg nehmen wegnehmen will , und dann bricht die Verbindung ab. Kirk bittet darauf Spock mit der ''Enterprise'' nach Regula I zu fliegen, doch Spock erwidert das , dass Kirk als Ranghöchster ranghöchster Offizier das Kommando übernimmt. Kirk übernimmt wieder das Kommando und fliegt mit der ''Enterprise'' nach Regula I.

Auf dem Flug zur Station erkundigt sich Kirk über das [[Genesis-Projekt]] und findet heraus, dass dieses Projekt dazu dienen soll Leben auf toten Welten zu erschaffen, allerdings kann Genesis auch als Waffe verwendet werden. Wenig später nähert sich der ''Enterprise'' die [[USS Reliant|USS ''Reliant'']]. Kirk will Kontakt aufnehmen, doch niemand von der ''Reliant'' antwortet. Plötzlich eröffnet die ''Reliant'' das Feuer und beschädigt die ''Enterprise'' schwer. Aufgrund der schweren Beschädigung ist die ''Enterprise'' fast wehrlos und plötzlich nimmt der Kommandant der Reliant Kontakt mit Kirk auf. Zu Kirks Überraschung ist der Kommandant Khan , welcher nach dem , nachdem er von Ceti Alpha V entkommen ist, die ''Reliant'' übernommen hat und sich nun an Kirk rächen will. Khan fordert von Kirk die Pläne von Genesis und die Kapitulation. Da Kirk weiß , wie gefährlich Khan ist, will er ihn ihm die Pläne von Genesis nicht aushändigen. Kirk nutzt den [[Prefix-Code]] der ''Reliant'' und deaktiviert dessen Schutzschilde. Mit letzten Energiereserven feuert die ''Enterprise'' auf die ''Reliant'' und beschädigt diese schwer. Khan ist darauf gezwungen sich zurück zu ziehenzurückzuziehen.

Die ''Enterprise'' erreicht wenig später Regula I und Kirk fürchtet, dass die ''Reliant'' noch in der nähe Nähe ist. Kirk beamt darauf mit einem Außenteam auf die Raumstation, doch dort findet das Außenteam nur tote Wissenschaftler vor. Später findet das Außenteam auch Captain [[Clark Terrell]] und Chekov, welche auf der ''Reliant'' gedient haben vor. Von Chekov erfährt Kirk, dass Khan die Crew der ''Reliant'' auf Ceti Alpha V ausgesetzt und danach die Wissenschaftler auf der Raumstation gefoltert hat, um alles über Genesis zu erfahren. Kirk ahnt jedoch nicht das , dass Chekov und Terrell mit Hilfe der Larven des [[Ceti-Aal]]s unter der Kontrolle von Khan stehen. Als Khan ein Transportermuster findet, folgt er dieser Spur auf den Planetoiden [[Regula]]. Dort trifft Kirk auf Doktor Marcus und ihren Sohn David. Kirk freut sich endlich seinen Sohn kennen zu lernenkennenzulernen, doch David hasst seinen Vater. Plötzlich richten Chekov und Terrell ihre Waffen auf das Außenteam und geben Khan die Koordinaten für das [[Genesis-Projektil]]. Darauf befiehlt Khan , dass Terrell Kirk zu tötentötet, doch Terrell wird aufgrund der Larve in seinem Kopf wahnsinnig und tötet sich selbst. Darauf soll Chekov Kirk töten, doch auch Chekov verfällt in Wahn und bricht zusammen. Im letzten Moment kann Chekov von der Larve befreit und gerettet werden. Als sich Kirk bei Khan meldet und ihn ihm meldet das , dass er versagt hat, nutzt Khan seinen letzten Trumpf aus, er beamt das Genesis-Projektil auf die ''Reliant''. Khan gibt darauf an, dass er Kirk damit verletzt hat und er wird sich weiter an Kirk rächen. Kirk gerät darauf in Wut und schreit nach Khan.

Kurz darauf wird Außenteam von der ''Enterprise'' gerettet, allerdings nähert sich die ''Reliant'' wieder. Da die ''Reliant'' der beschädigten ''Enterprise'' noch immer überlegen ist, beschließt Kirk mit seinem Schiff in den [[Mutara-Nebel]] zu fliehen. Khan verfolgt darauf die ''Enterprise'', allerdings weiß Khan das , dass die Schutzschilde ihm im Nebel nichts nutzen. Aufgrund des Nebels funktionieren auch die Sensoren nicht und beide Kommandanten fliegen blind durch den Nebel. Im Nebel kommt es zu weiteren Gefechten und beide . Beide Schiffe werden dabei schwer beschädigt und bei der ''Enterprise'' fällt der Warpantrieb aus. Schließlich findet Kirk einen Weg Khan zu besiegen. Kirk bemerkt, dass Khan im Weltraum nicht dreidimensional denkt und er nutzt dies aus. Kirk taucht mit der ''Enterprise'' ab und taucht vor der ''Reliant'' auf und feuert das volle Waffenarsenal auf die ''Reliant''. Die ''Reliant'' ist nun Kampfunfähig kampfunfähig und Khan wird dabei schwer verletzt. Doch Khan will seine Niederlage nicht eingestehen und nutzt seinen letzten Trumpf aus, er aktiviert das Genesis-Projektil. Khan weiß das , dass die ''Enterprise'' nicht entkommen kann und das dass er dadurch Kirk mit in den Tod reißen wird.

Doch Spock begibt sich in den verstrahlten Reaktorraum und bringt dort den Warpantrieb wieder zum Laufen. Kurz bevor das Genesis-Projektil explodiert, kann die ''Enterprise'' wieder auf Warp gehen. Khan und seine Crew kommen bei der Explosion ums Leben, während die Crew aus sichere sicherer Entfernung beobachtet , wie durch den Genesiseffekt die Materie des Nebels sich zu einem Planeten zusammen ziehtzusammenzieht. Plötzlich bekommt Kirk eine Meldung aus dem Maschinenraum und er geht sofort dort hin. Vor dem verschlossenen Reaktorraum muss Kirk hilflos mit ansehen , wie sein bester Freund stirbt. Kirk hält wenig später Spocks [[Rede|Grabrede]] und Spocks Sarg wird darauf auf den neu entstandenen Planeten [[Genesis (Planet)|Genesis]] geschossen. Nach diesen Ereignissen kommt David zu ihm und erklärt , dass er nun seinen Vater versteht und sehr [[stolz]] ist Kirks Sohn zu sein. Vater und Sohn umarmen sich und Kirk beginnt sich wieder jung zu fühlen. Nach dieser Mission begibt sich die ''Enterprise'' nach Ceti Alpha V, um die Crew der ''Reliant'' zu retten. ({{Film|2}})

Nach Spocks Tod werden die meisten Kadetten wieder versetzt und es befindet sich nur noch eine minimale Crew an Bord der ''Enterprise''. Kirk kommt das Schiff so verlassen vor und aufgrund des Verlustes von Spock fühlt sich dieser leer und ausgebrannt. Kurs darauf erreicht die ''Enterprise'' das [[Raumdock der Erde]] und dockt in diesem an. Während die ''Enterprise'' andockt, erhält Chekov plötzlich eine Lebensanzeige aus Spocks ehemaligen Quartier. Da das Quartier nach Spocks Tod versiegelt worden ist, begibt sich Kirk sofort dort hindorthin. In Spocks Quartier entdeckt Kirk den verwirrten McCoy, welcher davon erzählt das spricht, dass er auf Genesis zurück gelassen zurückgelassen wurde und nach Vulkan gebracht werden muss. Da sich McCoy in einem Wahn befindet, wird dieser sofort auf die Krankenstation gebracht. Kurz darauf kommt [[Flottenadmiral]] [[Harry Morrow]] an Bord und lobt die Crew für ihre Leistung. Kirk bittet ihn darauf, dass die ''Enterprise'' wieder startklar gemacht wird, damit er nach Genesis zurück fliegen kann. Doch Morrow untersagt dies Kirk, da die ''Enterprise'' außer Dienst gestellt werden wird und Genesis inzwischen zu einem verbotenen Planeten erklärt worden ist, da das Genesis-Projektil noch immer als Waffe eingesetzt werden kann.

Die Crew bekommt erst mal Landurlaub und Kirk verbringt seine Zeit mit seinen Kollegen in seinem Haus. Unerwartet kommt Botschafter Sarek hinzu und möchte Kirk sprechen. Sarek vermutet das , dass Spock vor seinem Tod seine [[Katra]] auf ihn übertragen hat und macht Kirk Vorwürfe, dass er Spocks Leichnam nicht nach Vulkan gebracht hat. Um Spocks Katra zu finden, mach Sarek mit Kirk eine Gedankenverschmelzung, doch er findet nichts in Kirk vor. Darauf untersuchen beide die Aufzeichnungen der ''Enterprise'' und finden heraus, dass Spock seine Katra auf McCoy übertragen hat. Darauf bittet Kirk nochmal Morrow, dass dieser die ''Enterprise'' bekommt, um Spocks Leichnam von Genesis zu bergen, doch Morrow lehnt Kirks Bitte wieder ab. Morrow verbietet dies Kirk sogar und warnt ihn davor, dass wenn er nach Genesis fliegt zu fliegen und seine ganze Karriere aufs Spiel setztzu setzen. Trotz Morrows Warnung beschließt Kirk trotzdem nach Genesis zu fliegen. Inzwischen beschließt McCoy durch die Katra von Spock ein Schiff zu chartern und nach Genesis zu fliegen, doch dabei wird dieser verhaftet. Darauf befreit Kirk diesen und zusammen mit Sulu, Chekov und Scott begibt sich dieser auf die ''Enterprise''. Trotz des direkten Befehls stiehlt Kirk die ''Enterprise'' und fliegt zum Genesis-Planeten.

Kirk will mit der [[USS Grissom (NCC-638)|USS ''Grissom'']], Kontakt aufnehmen, welche sich im Orbit des Planeten befindet und den Planeten erkunden soll, doch niemand antwortet. Als die ''Enterprise'' den Orbit des Planeten erreicht, taucht plötzlich ein [[Klingonischer Bird-of-Prey| klingonischer Bird-of-Prey]] auf und bedroht die ''Enterprise''. Kirk kann den Bird-of-Prey außer Gefecht setzen, doch Scott meldet das , dass die Schutzschilde noch immer nicht funktionsfähig sind und der Bird-of-Prey feuert zurück und die ''Enterprise'' ist nun wehrlos. Der klingonische Kommandant [[Kruge]] wundert sich, dass die ''Enterprise'' sie noch nicht vernichtet hat. Darauf nimmt Kirk Kontakt mit Kruge auf und fordert diesen auf sich zu ergeben. Doch Kruge fordert von Kirk sich zu ergeben, da er Überlebende von der ''Grissom'' auf den Planeten gefangen hat und droht diese zu töten. Kruge erlaubt Kirk Kontakt zu den Gefangenen auf zu nehmen aufzunehmen und seinen Entsetzen muss Kirk fest stellen das feststellen, dass es sich bei den Gefangenen um Saavik, den wiederauferstanden jungen Spock und seinen Sohn David handelt. Kirks Sohn erkennt die Bedrohung und gibt sich als normaler Wissenschaftler aus. Um zu Beweisen das beweisen, dass es Kruge ernst meint, befiehlt er eine der Geiseln töten zu lassen. Die Klingonen wählen Saavik, doch David verteidigt diese und wird so von den Klingonen getötet. Von Saavik erfährt Kirk darauf, dass sein Sohn getötet worden ist. Als Kirk dies erfährt , bricht dieser zusammen und schwört Kruge Rache, doch Kirk ist zum Schutz der anderen Geiseln gezwungen auf die Forderungen von Kruge einzugehen.

[[Datei:Kirk verliert sein Schiff.jpg|thumb|Kirk muss mit ansehen , wie sein Schiff explodiert.]]

Kruge fordert von Kirk die Übergabe der ''Enterprise'' und Kirk geht darauf ein. Fast die gesamte klingonische Crew macht sich bereit auf die ''Enterprise'' zu beamen, doch Kirk nutzt einen letzten Trumpf aus. Kirk aktiviert zusammen mit Scott und Chekov die Selbstzerstörung und darauf verlässt er mit seinen Männern das Schiff und beamt auf den Planeten. Die Klingonen beamen auf die ''Enterprise'' und finden das Schiff verlassen vor. Wenige Augenblicke später explodiert das Schiff und reist reißt die Klingonen mit in den Tod. Von der Oberfläche müssen Kirk und seine Männer mit ansehen wie die Überreste der ''Enterprise'' in der Atmosphäre von Genesis verglühen. Auf der Oberfläche finden treffen Kirk und seine Männer auf Saavik und den jungen Spock, der durch den Genesis-Effekt rapide altert, vor. Kirk gelingt es Saavik und Spock aus der Gewalt der Klingonen zu retten und er nimmt Kontakt mit Kruge auf, welcher sich nun fast allein an Bord seines Schiffes befindet. Kirk fordert von Kruge mit allen an Bord seines Schiffes gebeamt zu werden und verspricht Kruge , ihm alle Daten über Genesis zu geben. Kruge beamt darauf auf die Oberfläche und lässt alle mit Ausnahme von Kirk und Spock von [[Maltz]] auf sein Schiff beamen. Kirk erklärt Kruge, dass Genesis gescheitert ist, da der Planet kurz vor der Explosion steht, doch Kruge will weiter die Waffe haben und greift Kirk an.

Beide kämpfen, während der Planet weiter zerfällt. Kruge stürzt bei diesem Kampf in einen Abgrund, kann sich aber gerade noch so am Felsrand festhalten. Kirk will Kruge rauf ziehen und retten, doch Kruge will ihn mit in den Abgrund reißen. Nun hat Kirk endgültig genug von Kruge, er stößt diesen in den Abgrund und Kruge fällt in einen Lavasee. Kirk beamt mit den bewusstlosen Spock, welcher inzwischen sein normales Alter erreicht hat , auf den Bird-of-Prey und fliegt mit diesen diesem dann nach Vulkan. Auf Vulkan führt die hohe Priesterin [[T'Lar]] das Ritual [[Fal-Tor-Pan]] durch und überträgt Spocks Katra aus den Körper von McCoy wieder in den Körper von Spock zurück. Nach diesem Ritual erlangt Spock langsam seine Erinnerungen wieder zurück. Kirk hat seinen besten Freund wieder, aber der Preis war hoch, er hat sein Schiff, seinen Sohn und seine Karriere bei der Sternenflotte verloren. Seit diesem Vorfall hat Kirk einen extremen Hass auf die Klingonen, weil diese für den Tod seines Sohnes verantwortlich sind. ({{Film|3}})

Nach einem dreimonatigen Exil auf Vulkan wollen sich Kirk und seine Offiziere für ihre Taten vor einem Gericht verantworten. McCoy hat dem Bird-of-Prey von Kruge inzwischen den Namen [[HMS Bounty|HMS ''Bounty'']] gegeben und mit diesem Schiff wollen Kirk und seine Führungsoffiziere zur Erde zurückkehren. Zur selben Zeit nähert sich der Erde eine [[Walsonde|unbekannte Sonde]] und versucht mit der Erde Kontakt aufzunehmen. Die Sonde nimmt Kontakt mit den [[Ozean]]en auf, doch niemand antwortet. Durch die Kommunikation der Sonde verdampfen die Ozeane und es findet eine massive Wolkenbildung auf der Erde statt, des weiteren kommt es zu planetaren Energieausfällen. Kirk nimmt zur selben Zeit Kontakt mit der Erde auf, doch niemand antwortet. Doch wenig später erhält Kirks Schiff ein planetares Notsignal , in dem alle Schiffe davor gewarnt werden sich von der Erde fern zu halten. Kirk lässt darauf das Signal der Sonde abspielen und Spock findet heraus, dass die Sonde Kontakt mit den ausgestorbenen [[Buckelwal]]en aufnehmen will. Da es Buckelwale im 23. Jahrhundert nicht mehr gibt, beschließt Kirk mit seinem Schiff einen Zeitsprung in die Vergangenheit zu machen, um dort Buckelwale in die Gegenwart zu bringen.

Der Bird-of-Prey macht mit Hilfe des Fliehkrafteffekts um die Sonne einen Zeitsprung in das Jahr [[1986]]. Allerdings ist die Crew dort von mehren Problemen betroffen, zu einem benötigen diese neben den Walen, auch passende Wassertanks , und die Dilithiumkristalle auf den Bird-of-Prey sind ausgebrannt. Kirk und Spock kümmern sich darauf um die Wale, während Uhura und Chekov nach einer Energiequelle suchen und McCoy kümmert sich zusammen mit Scott und Sulu um die Wassertanks. Als erstes Besorgt besorgt Kirk etwas [[Geld]] für seine Offiziere und danach begeben sich Kirk und Spock ins [[Meeresaquarium]] in [[Sausalito]]. Dort treffen die beiden auf [[Gillian Taylor]] , welche ihnen bei einer Führung die beiden Buckelwale [[George und Gracie]] zeigt. Plötzlich springt Spock in das Becken und nimmt mit Hilfe einer Gedankenverschmelzung Kontakt zu den Walen auf. Als dies Taylor sieht, müssen Kirk und Spock sofort das Aquarium verlassen. Während des Kontakts erklärt Spock den Walen die Situation und die Wale bieten ihre Hilfe an. Später treffen die beiden auf Taylor und erfahren das , dass die Wale bald frei gelassen freigelassen werden. Kirk bietet Taylor seine Hilfe an, dass er sich um die Wale kümmern kann, doch Taylor glaubt ihm nicht.

Später geht Kirk mit Taylor zum Essen aus und versucht sie zu überzeugen, dass er sich um die Wale kümmert. Da Taylor ihm noch immer nicht helfen will, rückt Kirk mit der Wahrheit raus, dass er die Wale mit ins 23. Jahrhundert nehmen will. Doch dies glaubt Taylor erst recht nicht. Als Kirk von ihr erfährt das , dass die Wale am nächsten Tag freigelassen werden, begibt sich dieser sofort zu seinem Schiff zurück. Zur selben Zeit gelingt es Scott den Waltank zu beschaffen. Auch Uhura und Chekov gelingt es , an Bord des Kriegsschiffes [[USS Enterprise (CVN-65)|USS ''Enterprise'' (CVN-65)]] an eine Energiequelle zu gelangen. Doch dabei wird Chekov als feindlicher [[Spion]] verhaftet und auf . Auf der Flucht verletzt sich dieser schwer und wird ins [[Mercy Hospital]] gebracht. Zur selben Zeit werden die Wale frei gelassen freigelassen und als Taylor dies Kirk melden will, wird sie an Bord des Bird-of-Prey gebeamt und nun fängt sie an Kirks Geschichte zu glauben. Von Taylor erfährt Kirk, dass die Wale freigelassen worden sind, doch Kirk kann nichts tun, da Chekov noch immer vermisst wird. Doch von Uhura erfährt Kirk, dass Chekov ins Krankenhaus gebracht worden ist, allerdings nicht überleben wird.

Kirk, McCoy und Taylor begeben sich ins Krankenhaus, um Chekov zu retten. McCoy kann Chekov retten und schließlich können die Vier vier aus dem Krankenhaus gebeamt werden. Vor Kirks Schiff will sich Kirk von Taylor verabschieden, als er aufbricht, um nach den Walen zu suchen. Doch Taylor springt mit in den Transporterstrahl und erklärt das , dass sie mit ins 23. Jahrhundert will. Bei [[Alaska]] findet Kirks Crew die Wale und beamt diese an Bord ihres Schiffs. Mit den Walen an Bord reist der Bird-of-Prey zurück ins 23. Jahrhundert. Im Orbit der Erde trifft das Schiff auf die Sonde und dieses verliert wie die anderen Schiffe die Energie. Der Bird-of-Prey stürzt in den Ozean und versinkt langsam. Die Crew kann sich zwar aus dem Schiff retten, aber die Wale sind noch in diesem gefangen und drohen dort zu ertrinken. Kirk gelingt es jedoch eine Luke zu sprengen und so können auch die Wale aus dem sinkenden Bird-of-Prey entkommen. Danach nehmen die Wale Kontakt mit der Sonde auf, die Sonde zieht sich zurück und die Erde ist gerettet.

Nach diesen Ereignissen müssen sich Kirk und seine Führungsoffiziere vor dem [[Föderationsrat]] für ihre Taten verantworten. Kirk und seine Offiziere werden wegen neun Vergehen gegen Bestimmungen der Sternenflotte angeklagt. Aufgrund für die der Rettung der Erde werden alle Anklagepunkte mit Ausnahme von einem Fallen fallen gelassen. Kirk muss sich der [[Befehlsverweigerung]] gegenüber einem höherrangigen Offizier verantworten und wird schuldig gesprochen. Kirk wird aufgrund der Befehlsmissachtung zum Captain degradiert. Allerdings ist dies für Kirk keine direkte Strafe, da er so wieder das machen kann , was er am besten kann : ein Raumschiff kommandieren. Kirk begibt sich darauf mit seinen Führungsoffizieren ins Raumdock und er weiß nicht , welches Schiff er kommandierenwird. Kirk vermutet erst das , dass sein Schiff die [[USS Excelsior|USS ''Excelsior'']] sein wird. Doch zu Kirks Überraschung ist sein neues Schiff ein weiteres Schiff der Constitution-Klasse, die USS ''Enterprise'' (NCC-1701-A). ({{Film|4}})