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Kurz darauf dient Kirk als junger [[Lieutenant]] unter [[Captain]] [[Garrovick (Captain)|Garrovick]] an Bord der [[USS Farragut (23. Jahrhundert)|USS ''Farragut'']]. Eine seiner ersten [[Mission]]en an Bord der USS ''Farragut'' ist 2254 [[2255]] das Kommando über eine Überwachungsmission auf dem Planeten [[Neural]]. Er hat hält diesen Planeten für das Paradies und nimmt dort auch Kontakt mit der einheimischen Bevölkerung und es beginnt eine enge Freundschaft zwischen ihm und auf. Kirk freundet sich dort mit [[Tyree (Person)|Tyree]]an. ({{TOS|Der erste Krieg}})

[[2257]], während seiner Dienstzeit auf der wird die ''Farragut'', macht sich Lieutenant Kirk Vorwürfe wegen des Todes bei [[Tycho IV]] von 200 Besatzungsmitgliedern, einschließlich Captain Garrovick, durch die der [[Dikironium-Nebelkreatur]] auf dem Planeten [[Tycho IV]]angegriffen. Kirk bedient zu dieser Zeit die Phaser. Als die Kreatur angreift bekommt Kirk meint, er hat Angst und schießt die Phaser zu spät auf die ab. Die Kreatur geschossentötet darauf 200 Besatzungsmitglieder der ''Farragut'', einschließlich Captain Garrovick. Er erfährt später aberKirk macht sich darauf Vorwürfe, dass nichts die Toten hätte retten könnendurch seine verspätete Reaktion es so viele Opfer geben hat. ({{TOS|Tödliche Wolken}})

Kurz darauf transportiert die ''Enterprise'' 115 [[Botschafter|Delegierte]] zum [[Planetoid]]en [[Babel (Planet)|Babel]]. Unter den Botschaftern befindet Während des Fluges kümmert sich auch ein Kirk um die Delegierten, er führt zum Beispiel Botschafter [[Sarek]] und seine Frau [[Amanda Grayson]] durch das Schiff. Dabei bemerkt Kirk, dass zwischen Sarek und Spock feindseeligkeiten herrschen und das Sarek nichts mit seinen Sohn zu tun haben will. Wenig später bei einem Empfang gerät Sarek in einen heftigen Streit mit dem [[Tellarit]] [[SpionGav]] und Kirk schlichtet den Streit kurz darauf. Zur selben Zeit wird die ''Enterprise'' von einem unbekannten Schiff verfolgt. Zur selben Zeit wird Gav tot aufgefunden. MCoy stellt bei einer Untersuchung fest, dass Gav durch einen [[Orion (Planet)|OrionGenickbruch]], welcher als gestorben ist und Spock erkennt das Gav durch [[AndorianerTal-Shaya]] verkleidetgetötet worden ist. Da das Tal-Shaya eine vulkanische Hinrichtungsart ist, gerät Sarek unter Verdacht. Als Kirk darauf Sarek verhört bricht dieser zusammen. Sarek hat eine Herzattacke und erklärt, er habe auch eine solche Attacke während Gav ermordert worden ist. Sarek wird darauf auf die Krankenstation gebracht. Zur selben Zeit findet uhura herraus, dass jemand von der ''Enterprise'' eine Botschaft an das unbekannt Schiff schickt. Kirk versucht den Flug zur Spion zu finden, während es Sarek immer schlechter geht und nur eine riskante Operation kann ihn retten. Da Sarek eine seltene [[Babel-KonferenzBlutgruppe]] hat und während der Operation unter hohen Blutverlust leidet erklärt sich Spock bereit sein Blut zu sabotierenspenden. Dieser greift Spock bereitet sich nun auf die Operation vor, doch zur selben Zeit wird Kirk an von dem [[Andorianer]] [[Thelev]] angegriffen und schwer verletzt ihn schwer. In Da der Zwischenzeit wird Captain nun außer Gefecht gesetzt ist, hat Spock das Kommando über die ''Enterprise''. Da die ''Enterprise'' noch immer von einem orionischen unbekannten Schiff angegriffenverfolgt wird, weigert er sich das Kommando abzugeben und an der Operation teil zu nehmen. Als Kirk das Bewusstsein wieder erlangt erfährt er, dass Spock aufgrund seines Pflichtbewussteins seinen Vater opfert und er übernimmt schwer verwundet wieder das Kommando. Der Spion wird gefangen genommen Kirk lässt Spock glauben alles sei in Ordnung und ihr Spock nimmt nun an der Operation teil. Plötzlich greift das unbekannte Schiff an und Uhura findet die Quelle des Signals an Bord der ''Enterprise''. Es stammt von Thelev aus der Arrestzelle und dieser wird vernichtet während zu Kirk auf die Brücke gebracht. Auf der Brück stellt sich herraus, dass Thelev in Wirklichkeit ein Orioner ist, welcher die Mission der ''Enterpise'' sabotieren soll, damit die [[Babel-Konferenz]] später scheitert und die Orioner so den Planeten [[Coridan]] übernehmen kann. Kirk kurz gelingt es schließlich das Schiff der Orioner kampfunfähig zu schießen und darauf aktivieren diese die Selbstzerstörung. Auch Thelev begeht darauf behandelt wirdSelbstmord. Darauf begibt sich Kirk wieder auf die Krankenstation und er sieht das die Operation an Sarek gut verlaufen ist. Nun kann sich Kirk zur Freude von McCoy auf der Krankenstation erholen. ({{TOS|Reise nach Babel}})

Kurz darauf besucht Kirk besucht nach 13 Jahren wieder den Planeten Neural und will sich wieder mit seinem alten Freund Tyree treffen. Aber der Planet ist Kirk hält diesen Planeten noch immer für das Paradies, doch inzwischen haben sich die Umstände geändert da die Dorfbewohner auf diesen Planeten über Steinschussgewehren verfügen, obwohl sie diese von ihrer Entwicklung her nicht mehr so friedlich wie haben dürften. Die Dorfbewohner machen sich mit diesen Waffen auf die Jagd nach Tyree und als Kirk diese aufhalten will, schießen die Dorfbewohner auf ihn einst kannteund sein Außenteam. Das Dabei wird Spock schwer verwundet und das Außenteam wird von Dorfbewohnern kehrt auf die ''Enterprise'' zurück. Dort taucht plötzlich ein klingonisches Schiff auf und Kirk vermutet einen zusammenhang zwischen den Klingonen und der starken Bewaffnung der Dorfbewohner. Kirk beamt darauf mit primitiven Steingeschosswaffen angegriffenMcCoy auf auf die Oberfläche, um herraus zufinden, was die Klingonen auf der Oberfläche wollen. Kurz darauf Als die beiden sich auf die Oberfläche beamen, wird Kirk plötzlich von einem [[Mugato]] angegriffen und schwer verletztvergiftet. Da McCoy keinen Kontakt zur ''Enterprise'' bekommt, bringt er Kirk zu Tyree. Kirk wird kurz darauf dort von [[Nona]], Tyrees Frau , mit Hilfe einer [[NonaMahko-Wurzel]] geheilt. Als Nebeneffekt dieser Heilung wird Kirk gegenüber Nona unterwürfig und verliebt sich in sie. Wenig später begibt sich Kirk findet heraus, dass zusammen mit Tyree in das Dorf und beobachtet dort wie die Klingonen den Dorfbewohnern weiter die Dorfbewohner mit Waffen liefernausrüsten. Nachdem Nona Doch trotz der Gefahr welche nun von den Dorfbewohnern getötet wirdausgeht, liefert verabscheut Tyree die Gewalt und will eine friedliche Lösung finden. Kirk beginnt aber nun am nächsten Tag Tyree und seinen Männern ebenfalls seine Leute mit Waffen auszurüsten um ein Gleichgewicht der Kräfte herzustellenzu bewahren. Doch McCoy versteht das Verhalten von Kirk nicht, da er die Bewohner mit zu einem jahrelangen Krieg verwickeln kann und er glaubt, dass der Einfluss von Nona hinter dem Verhalten von Kirk steckt. Kirk will sich nun mit Nona unterhalten und er bemerkt, dass er wirklich unter dem Einfluss von Nona steht, als diese ihn zu küssen beginnt. Kirk kann sich nicht wehren und er ahnt nicht, dass Tyree die beiden dabei beobachtet. Obwohl Tyree friedlich will er auf die beiden schiessen, doch er erkennt rechtzeitig das Gewalt keine Lösung ist und wirft die Waffe weg und geht. Zur selben Zeit werden Kirk und Nona von einem Mugato angegriffen und Kirk tötet diesen mit seinem Phaser. Als Nona erkennt was für eine Mächtige Waffe sie hat stiehlt sie Kirk den Phaser und will sie den Dorfbewohnern bringen. Doch die Dorfbewohner glauben Nona nicht das sie eine mächtige Waffe hat und wollen diese vergewaltigen. Nona will sich mit dem Phaser wehren, doch sie kann damit nicht umgehen. Beim Kampf gegen die Dorfbewohner wird Nona getötet und Tyree muss dies hilflos mit ansehen. Dies ist auch für den friedlichen Tyree zu viel und er will sich an den Dorfbewohnern rächen. Tyree fordert von Kirk eine weitere Lieferung und Kirk übergibt sie diesen schweren Herzens an Tyree. ({{TOS|Der erste Krieg}})

Einige Zeit später werden wollen Kirk, Chekov und Uhura und Chekov auf den Weg nach die Oberfläche von [[Gamma II]] entführtbeamen, doch plötzlich verschwinden die Drei von der Transporterplattform und landen auf einen anderen Planeten. Sie Die Drei können keinen Kontakt zur Enterprise aufnehmen und werden nach plötzlich angegriffen und überwältigt. Nach dem Kampf kommt [[Galt]] hinzu und erklärt dass die Drei sich auf den Planeten [[Triskelion]] gebracht befinden und werden dort nun als [[Sklave]]n ausgebildet, um dort für die [[Versorger]] zu deren Vergnügen zu kämpfen. Als Die Drei werden durch Halsbänder, welche starke Schmerzen verursachen unter Kontrolle gehalten und werden nun für den Kampf ausgebildet. Später soll Uhura bestraft werden, da sie sich weigert einen wehrlosen Sklaven anzugreifen, doch Kirk springt für sie ein. Kirk muss sich nun gefesselt gegen die anderen Sklaven wehren, doch Kirk gewinnt überraschend den Kampf und dies erstaunt die Versorger. [[Versorger 1]] kauft die Drei und die Drei sind nun persönliche Sklaven dieses Versorgers. Inzwischen sucht die ''Enterprise'' den Planeten die Spur der vermissten und erreicht um die drei zu retten, schließlich auch Triskelion. Die Versorger übernehmen die Versorger darauf die Kontrolle über die ''Enterprise''. Inzwischen fordert Kirk die Versorger herraus und verlangt sie zu sehen und die Versorger willigen ein. Kirk sieht das die Versorger nur Gehirne sind und er erklärt, dass alle Wesen das Recht auf Freiheit haben. Kirk fordert nun die Versorger heraus. Kirk will in einem Kampf die Freiheit der Sklaven erreichen, wenn er aber diesen Kampf verliert setzt er sein und das Leben wird die komplette Crew der ''Enterprise'' als Sklaven der Crew aufs SpielVersorger dienen. Trotz eines harten Kampfes gewinnt Kirk gewinnt den Kampf, er und die anderen Versorger müssen die Sklaven werden freigelassenfrei geben. Darauf kehrt das Außenteam zurück auf die ''Enterprise''. ({{TOS|Meister der Sklaven}})

Wenig später trifft befindet sich Kirk mit einem Außenteam auf [[Argus X]] wieder auf , doch dort wird das Außenteam angegriffen. Kirk erkennt sofort, dass es sich bei dem Angreifer um die Dikironium-Nebelkreatur, welches auch für den Tod eines Großteils der Besatzung der USS ''Farragut'' verantwortlich wargewesen ist. Das Wesen Die Kreatur saugt ihren Opfern sämtliches [[Hämoglobin]] auf und tötet dabei seine Opfer. Kirk erkennt sofort die Gefahr und will diese Kreatur vernichten. Kirk beamt mit einem Sicherheitstrupp auf die Oberfläche und auch einige Besatzungsmitglieder der ''Enterprise''dieses wird angegriffen. Als Fähnrich [[Garrovick (Fähnrich)|Garrovick]] diese Kreatur sieht bekommt er einen Schreck und er schießt zu spät. Kirk kommt hinzu und die Kreatur kann entkommen. Kirk macht sich immer noch Vorwürfereagiert verärgert wegen Garrovick, dass da er damals zu spät auf das Wesen geschossen hat und so für den Tod vieler Menschen verantwortlich ister sieht in Garrovick sein scheinbar fehlerhaftes Verhalten von vor 11 Jahren. Diesmal will Kirk entbindet Garrovick vom Dienst, doch Spock und McCoy finden das Wesen endgültig vernichtenKirk zu hart gehandelt hat. Doch Kirk ändert seine Meinung nicht ändern und beginnt sich aggresiv zu verhalten. Er lässt das Wesen McCoy kommt später hinzu und will mit Kirk über sein Verhalten reden und versteht nun Kirks Selbstzweifel über seinen Fehler vor 11 Jahren. Kirk ist davon überzeugt, dass diese Kreatur intelligent ist und eine große Gefahr ist und er kann auch nun McCoy und Spock davon überzeugen. Als die Kreatur Arugus X verlässt, folgt die ''Enterprise'' dieser. Bei der Verfolgung feuert die ''Enterprise'' jagen mit ihren Phasern auf die Kreatur und in seinem Rachewahn vergisst Kirk sogar seinen Auftrag, den er zur Zeit hat. Auch Spock und McCoy können ihn davon nicht abhalten. Er als man erkennt, dass [[die Phaser]] den Wesen nichts haben können bemerkt wirkungslos sind. Später entschuldigt sich Kirk, dass er damals auch nichts ändern hätte könnenbei Garrovick und Garrovick kehrt auf seinem Posten zurück. Die ''Enterprise'' folgt der Kreatur bis nach Tycho IV. Dort lockt Kirk gelingt es am Ende das gefährliche Wesen zusammen mit Garrovick die Kreatur mit Hilfe eines Hämoglobinköders in eine Falle. Schließlich kann die Kreatur mit einer [[Antimaterie]]ladung zu vernichtenvernichtet werden. Nach der Mission möchte Kirk mit Garrovick sich über seinen Vater Captain Garrovick, welcher Kirks ehemaliger Kommandant gewesen ist, unterhalten und einige Geschichten austauschen. Garrovick nimmt dies dankbar an. ({{TOS|Tödliche Wolken}})

Nach dem Stress der letzten Wochen will Kirk sich und seiner Crew einen ausgedehnten Landurlaub gönnen, als die ''Enterprise'' plötzlich den Auftrag erhält nach der verschollenen [[USS Intrepid (NCC-1631)|USS ''Intrepid'']] zu suchen. Plötzlich spührt Spock stellt fest, die den Tod der vulkanischen Besatzung der ''Intrepid'' vernichtet wurde. Kirk lässt die Spur Die ''Enterprise'' folgt dem Kurs der ''Intrepid'' verfolgen und findet ein das System in dem sich die ''Intrepid'' befunden hat, vernichtet vor. In dem System befindet sich eine Art Loch im Weltraum. Die Raum und die ''Enterprise'' fliegt hinein in diese Anomalie. Durch diese Anomalie wird die Energie der Enterprise abgezogen und auch die Crew wird langsam schwächer. Tief im findet im Inneren Innern der Anomalie befindet sich eine riesige [[Weltraumamöbe|Amöbe]], welche für die Vernichtung der ''Intrepid'' und einige Sternensysteme des Sternensystems verantwortlich ist. Kirk ist gezwungen Mit einem Shuttle untersucht Spock das Weseninnere der Amöbe und stellt dabei fest, um andere Welten dass diese kurz vor ihm zu schützender Teilung steht. Da diese Amöbe für die Galaxie zur Bedrohung wird, mit einer will Kirk diese vernichten. Durch eine Antimaterieexplosion zu vernichtenwird die riesige Amöbe schließlich vernichtet und die ''Enterprise'' kann schließlich entkommen. Nach dieser Mission können sich Kirk und seine Crew einen ausgedehnten Landurlaub zu gönnen. ({{TOS|Das Loch im Weltraum}})