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Dr. Bashir soll an einer medizinischen Konferenz teilnehmen, doch bevor er abreisen kann, stellt der Föderationsrat alle Führungsoffiziere auf Deep Space 9 unter Arrest, um einen Verrat innerhalt der Sternenflotte zu untersuchen. Die Offiziere werden in ihren Quartieren untergebracht und dürfen nicht miteinander sprechen. Schnell wird klar, dass Bashir der Hauptverdächtige ist. Als man ihn schließlich in die Arrestzellen steckt, schaltet sich Sisko ein und versucht ihn zu verteidigen. Doch die Anschuldigungen wiegen schwer. Zwar hat der Leiter der Untersuchungen, Luther Sloan nur Indizien, wie seine Einzelhaft bei seiner Gefangennahme durch das Dominion oder seine genetische Umstrukturierung, aber er hält Bashir für schuldig. Als der Doktor schließlich von der Station gebracht werden soll, schaltet sich das Dominion ein und entführt den Doktor. Auch Weyoun versucht Bashir davon zu überzeugen, dass er ein Spion für das Dominion ist. Als Sisko den Doktor mit Hilfe der ''Defiant'' befreit, scheinen sich nun auch die Führungsoffiziere von Deep Space 9 gegen Bashir zu stellen. Doch schnell erkennt der, dass die Situation nicht real ist, da der Miles O'Brien auf dem Schiff scheinbar nicht die Verletzung aufweist, wegen der der richtige Chief erst kurz vor dem Vorfall bei ihm war. Es stellt sich nun heraus, dass Sloan, der als einzige Person in echt ist, Bashir in einer Holosuite eines Raumschiffes getestet hatte. Der Mann erklärt, dass er für die geheime Organisation ''Sektion 31'', arbeitet und er den Doktor für die Organisation anwerben will. Nachdem Bashir versteht, dass ''Sektion 31'' geheime Aktionen unternimmt, die goßteils großteils gegen die Statuten der Föderation verstoßen und sich gegenüber niemandem rechtfertigen muss, lehnt er ab.