Damit Unfälle vermieden werden, gibt es sogenannte Sicherheitsprotokolle. So sind Projektilwaffen in einem Holodeck in der Regel nicht gefährlich. Deaktiviert werden können sie nur durch Befehl zweier [[Offizier]]e oder eines [[Führungsoffizier]]s. (''[[TNG]]: "[[Angriff der Borg, Teil I]]"'') Werden diese Sicherheitsprotokolle jedoch trotzdem deaktiviert, verhalten sich sämtliche Gegenstände wie ihre Vorbilder in der Realität. Somit können auch holographische Waffen tödliche Verletzungen erzeugen. (''"[[Star Trek: Der erste Kontakt]]"'')