Einige Zeit später tauchen zwei fremde Wesen an Bord der ''Voyager'' auf und beobachten die Crew getarnt in [[Interphase]]. Kim bemerkt die Raumfluktuationen der beiden auf der Brücke und lokalisiert diese. Er vermutet eine Tarntechnologie. Daraufhin gibt Janeway Eindringlingsalarm und Kim kann zwei Voth enttarnen. Einer von ihnen, [[Forra Gegen]], nimmt Chakotay als Geisel und entkommt. Nachdem das [[Voth]]-Schiff erscheint, deaktiviert es alle Systeme der ''Voyager''. Kim stellt fest, dass die Voth alle Systeme blockiert haben. Augenblicke später wird die Brücke von Voth geentert und sie werden gefangen genommen. Erst nachdem Forra Gegen seinen Lehren abschwört, wird die ''Voyager'' freigelassen. ({{VOY|Herkunft aus der Ferne}})

Einige Zeit darauf erscheint ein Fremder an Bord der ''Voyager''. Dieser hat scheinbar keine Ahnung, wie er an Bord der ''Voyager'' gelangt ist. Zur selben Zeit, in der der Fremde aufgetaucht ist, verschwindet Kes. Kim und Torres untersuchen diesen Vorfall und geraten dabei in eine heftige Diskussion. Plötzlich verschwindet auch Kim. Die Fremden beginnen die ''Voyager'' zu übernehmen und bevor Chakotay als Letzter von Bord verschwindet, lädt er das Programm des Doktors in den mobilen Emitter, damit die Fremden sein Programm nicht löschen. Chakotay und der Doktor gelangen auf ein [[Biosphärenschiff]] der [[Nyrianer]] und sind dort mit der übrigen Besatzung Gefangene der Nyrianer. Die Crew sitzt dort in einer Art Holodeck der Nyrianer fest. Um einen Ausgang zu finden wird der Doktor umprogrammiert, damit er den Ausgang aufspüren kann. Janeway leitet ein Außenteam, welches das Biosphärenschiff erforscht. Darauf gelingt es Janeway und Tuvok die Kontrolle über den [[Translokator]] zu übernehmen. Mit Hilfe des Translokators gelingt es Janeway wieder die Kontrolle über die ''Voyager'' zu übernehmen. ({{VOY|Translokalisation}})

Wenig später entdeckt Torres im Computerspeicher ein Holoprogramm namens [[Rebellion Alpha]]. Sie weiß nicht, wer dieses Programm geschrieben hat, dennoch testet sie das Programm. In diesem Programm meutern die Maquismitglieder und Chakotay übernimmt das Kommando über die ''Voyager''. Torres ist von diesem Programm begeistert, plötzlich kommt Paris hinzu und sieht, was sie spielt. Torres empfiehlt auch Paris dieses Programm durchzuspielen und er ist ebenfalls begeistert davon. Als Kim von diesem Programm erfährt, geht er zu Paris und Torres, um mehr darüber zu erfahren. Bei der nächsten Besprechung der Führungsoffiziere, offenbart sich Tuvok als Autor. Mit der Zeit wird dieses Programm sehr beliebt bei der Crew. Als Paris mit Tuvok das Programm fertigstellen will, wird die Energie in den Transporterräumen deaktiviert, was Kim Janeway meldet. Auf dem Holodeck erscheint ein [[Seska (Hologramm)|Hologramm von Seska]] und erklärt, sie habe nun die Kontrolle über das Programm übernommen. Die holographische Seska erklärt, dass die echte Seska das Programm umgeschrieben hat, kurz bevor sie die ''Voyager'' verlassen hat. Tuvok und Paris befinden sich nun in Lebensgefahr, da sie nicht aus dem Holodeck entkommen können und der Transporter deaktiviert worden ist. Daraufhin versucht Kim den Transporter zu reparieren. Jedoch kann Janeway das Seska-Hologramm töten und so das Programm beenden. Als ihr dies gelungen ist, meldet Kim das auch der Transporter wieder funktioniert, doch dieser wird nun nicht mehr benötigt. Nach diesen Ereignissen stößt Kim mit den anderen Führungsoffizieren im Kasino auf die Rettung der beiden an. ({{VOY|Rebellion Alpha}})

=== 2374 ===

Nachdem Chakotays Shuttle von den [[Vori]] abgeschossen wird, meldet er, dass sie den südlichsten Kontinent wegen der Interferenzen, welche vom Waffenfeuer ausgelöst werden, nicht scannen können. ({{VOY|Nemesis}})

Als die ''Voyager'' durch ein Gebiet der Vidiianer fliegt, durchfliegt Paris eine Plasmawolke, damit die Viddianer sie nicht orten können. Dabei fliegt die ''Voyager'' durch ein [[Subraumdivergenzfeld]] und das Schiff wird mit seiner ganzen [[Materie]] verdoppelt. Allerdings wird die [[Antimaterie]] nicht verdoppelt und der Antrieb fällt aus. Um den entstehenden Energieausfall zu stoppen, empfiehlt Torres den Antrieb mit [[Proton (Partikel)|Proton]]enausstößen zu aktivieren, als plötzlich die ''Voyager'' von Protonenausstößen getroffen und schwer beschädigt wird. Kim will sich um die Repartur kümmern, doch es kommt zu einen weiteren Hüllenbruch. Kim versucht den Bruch zu reparieren, doch dabei kommt es zu einen weiteren Hüllenbruch und Kim wird in Weltraum gezogen und stirbt dabei. Wenig später muss die Brücke evakuiert werden und Janeway verlagert ihren Kommandoposten in den Maschinenraum. Dort meldet sich bei Captain Janeway eine zweite Janeway und diese erklärt, dass die ''Voyager'' durch das Subraumdivergenzfeld verdoppelt worden ist. Beide Captains versuchen die ''Voyager'' wieder zu vereinen. Doch der erste Versuch zur Wiedervereinigung der beiden Schiffe scheitert. Plötzlich nähern sich die Vidiianer. Die Vidiianer greifen die''Voyager'' an, allerdings handelt es sich um die andere ''Voyager''. Die andere Janeway ist gezwungen ihr Schiff mit den Vidiianern zu vernichten. Bevor sie dies tut schickt sie ihren Kim auf die andere ''Voyager''. Durch die Explosion der doppelten ''Voyager'' wird auch das Schiff der Vidiianer vernichtet. ({{VOY|Die Verdoppelung}})

{{clear}}

2373 erlebt Kes eine zukünftige alternative Zeitlinie der ''Voyager''. Ende 2373 durchfliegt die ''Voyager'' das Territorium der [[Krenim]]. Bei dem ersten Angriff der Krenim auf die ''Voyager'' werden Captain Janeway und Lieutenant Torres getötet und Chakotay übernimmt das Kommando über die ''Voyager''. Bei diesen Angriffen wird die ''Voyager'' schwer beschädigt und auch das Programm des Doktors fällt für mehre Monate aus. In den folgenden Monaten wird die ''Voyager'' weiter von den Krenim angegriffen und die Crew bezeichnet diese Zeit als das [[Jahr der Hölle]]. Zu der Zeit werden Kes und ein Großteil der Crew von einem [[Chronotontorpedo]] mit [[Chroniton|Chronotonpartikel]] verstrahlt.