Als die ''Voyager'' auf einen Nebel aus [[Sirillium]] stößt, analysiert Kim diesen. Wenig später hat Tuvok eine Halluzination. Um die Ursache zu klären, untersucht Kim die Sensorenlogbücher, jedoch erfolglos. Mit Torres überprüft er nochmals die Logbücher, ergebnislos. Da Tuvoks Erkrankung in Zusammenhang mit einer Mission vor 80 Jahren zu stehen scheint, vergleicht er den Nebel und jenen Nebel, den die [[USS Excelsior|USS ''Excelsior'']] sah. Er findet jedoch außer einer vagen, optischen Ähnlichkeit keine Gemeinsamkeiten. Seiner Meinung nach, könnte die optische Ähnlichkeit die Erinnerung an die ''Excelsior'' ausgelöst haben. Kim hat jedoch keine Erklärung für das Mädchen. Bei dieser Gelegenheit unterhält er sich mit Janeway über die damalige Zeit. Er meint, dass der Weltraum zu dieser Zeit viel größer gewirkt haben muss. Später stellt sich heraus, dass ein V[[irusVirus]] für Tuvoks Halluzination verantwortlich gewesen ist. Der Doktor kann Tuvok darauf behandeln. ({{VOY|Tuvoks Flashback}})

Wenig später verbringen Paris und Kim ihren Landurlaub auf dem Planeten [[Akritiri]]. Die beiden verbringen ihren Urlaub im [[Laktivianisches Erholungszentrum|laktivianischen Erholungszentrum]], allerdings verüben dort [[Open Sky]]-Terroristen einen Bombenanschlag, wo [[47]] Wachen zu Tode kommen. Der [[Sprengstoff]] basiert auf [[Trilithium]] und da sich an Bord der ''Voyager'' Dilithium befindet, werden Paris und Kim verdächtigt den Anschlag verübt zu haben. Die beiden kommen vor Gericht und sie werden verurteilt. Beide werden darauf unter [[Droge|Drogen]] gesetzt, eine [[Krampe]] implantiert und schließlich ins [[Akritirianisches Hochsicherheitsgefängnis|akritirianische Hochsicherheitsgefängnis]] gebracht. Dort bemerkt Harry Kim zunehmend eine Veränderung an Paris, die durch ein Implantat ausgelöst wird. Auch ihm selbst macht dieser Prozess zu schaffen, jedoch kann Tom Paris ihn zunächst wieder beruhigen. Nachdem sein erster Versuch auszubrechen, scheitert, werden sie von anderen Gefangenen angegriffen. Dabei wird Tom Paris verletzt. Nachdem er Tom Paris zu ihrem Unterschlupf zurückgebracht hat, findet er Kim diesen besetzt vor. Sie kommen bei dem Gefangenen [[Zio]] unter, der meint die [[Krampe]] kontrollieren zu können. Als er Kim sich mit Zio auf den Weg macht, um die Rutsche zu untersuchen und einen Ausbruch zu planen, bleibt Tom Paris am Lagerplatz zurück. Harry Kim gelingt es das Kraftfeld der Rutsche zu deaktivieren. Als er Kim mit Zio jedoch das obere Ende der Rutsche erreicht, blickt er durch eine Luke in den Weltraum. Enttäuscht kehren sie zu Tom Paris zurück und Harry Kim berichtet ihm, dass er sich noch etwas gedulden muss. Es gelingt Harry Tom Kim Paris zu beruhigen und er verspricht ihm, ihn nicht zurückzulassen. Harry Kim versucht unter den Gefangenen Verbündete zu gewinnen, welche ihn jedoch nur auslachen. Als er zu Tom Paris zurückkehrt, hat dieser die Röhre zerstört, woraufhin Harry Kim ihn angreift und beinahe tötet. Jedoch besinnt er Kim sich rechtzeitig. Zios Aufforderung Tom Paris zu töten, lehnt er ab und verteidigt diesen gegen Pit und die anderen Gefangenen. In diesem Moment ertönt Alarm und Janeway kommt durch die Rutsche mit Tuvok in das Gefängnis. So können Harry Kim und Tom Paris befreit werden und sie entkommen mit [[Baxial|Neelix' Schiff]]. Nach der Behandlung durch den Doktor, sprechen Harry Kim und TomParis. Harry Kim hat ein schlechtes Gewissen, weil er Tom Paris beinahe erschlagen hätte. Tom Paris entgegnet, dass er sich an einen Mann erinnert, der ihn einen Freund nannte. Sie gehen anschließend Essen. ({{VOY|Das Hochsicherheitsgefängnis}})

Als ein Shuttle mit Paris und Torres von einer [[Schwarm (Spezies)|unbekannte Spezies]] angegriffen wird, nimmt er Kim an einer anschließenden Lagebesprechung teil und erhält den Auftrag den [[Universalübersetzer ]] zu remodulieren, um die unverständliche Sprache der Fremden zu übersetzen. Er Kim schätzt, dass sie zum Umfliegen des Raums der Spezies Monate brauchen würden. Als Janeway entscheidet, dass Territorium dennoch zu durchfliegen, meint erKim, dass sie das Sensorgitter der Fremden umgehen müssen. Gemeinsam mit Chakotay entwickelt er Kim ein Verfahren um das Gitter zu überschreiten. Ihrer Analyse zufolge könnten sie innerhalb von vier Tagen das Territorium durchqueren. Er Kim bereitet mit Torres das Überschreiten der Grenze vor. Nachdem dies bewerkstelligt wurde, meldet erKim, dass sie die Grenze unerkannt passiert haben. Wenig später entdeckt man einen schwer beschädigten Frachter der [[Mislenit]]en. An dessen Außenhülle entdeckt Kim ein Schiff des Schwarms, dass sie wenig später angreift. Kurz darauf nähert sich eine ganze Flotte und beginnt einen Angriff. Es gelingt Kim die Phaser so zu modulieren, dass die Schiffe an der Hülle vernichtet werden und die restlichen sich zurückziehen. ({{VOY|Der Schwarm}})

Nachdem Wenig später entdeckt die ''Voyager'' Spuren eines Wurmloches in der Nähe eines Planeten. Kim und Torres untersuchen das Schiff ein Wurmloch entdeckt, untersucht sie dieses mit Harry welches sich als das [[Barzanisches Wurmloch|Barzanische Wurmloch]] heraustellt. Torres und Kim. Sie finden eine Möglichkeit das Wurmloch nach [[Takar ]] zu locken. Jedoch scheitert der Rückkehrversuch, da zwei [[Ferengi]] das Wurmloch destabilisieren. ({{VOY|Das Wurmloch}})

Als eine Gruppe von Enaranern [[Enaraner]]n an Bord kommt, verbringt Harry Kim einige Zeit mit der Enaranerin [[Jessen]]. Gemeinsam mit Tom Paris besucht er den von Neelix vorbereiteten Empfang. Dort unterhält er sich mit Jessen. Später ist er im Kasino anwesend, als B'Elanna Torres hereinstürmt und die Enaraner beschuldigt Mörder zu sein. ({{VOY|Das Erinnern}})

Bald darauf begegnet man den [[Nechani]]. Gemeinsam mit B'Elanna Torres, Neelix und Kes besucht er Kim einen heiligen [[Schrein]]. Dort wird Kes durch ein Kraftfeld verletzt. Daraufhin fordern die Nechani sie auf, auf ihr Schiff zurückzukehren. Torres reagiert aggressiv, woraufhin Kim das Gespräch übernimmt und ankündigt, dass die Nechani von Captain Janeway hören werden. Mit den Schiffssensoren untersuchen sie daraufhin das Kraftfeld, während Janeway mit dem Magistrat verhandelt. Nachdem die Verhandlungen abgeschlossen sind, beamt er Kim den Captain auf den Planeten. Dort findet Janeway einen Weg, um Kes zu heilen. ({{VOY|Das Ritual}})