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Wenig später kann der Doktor Harry Kim mithilfe der Borg-Nanosonden heilen. Daraufhin übernimmt er wieder seinen Dienst auf der Brücke. Wenig später greift ein Raumschiff von Spezies 8472 die ''Voyager'' an und Kim meldet, dass die Schilde ausgefallen sind. Nach den Reparaturen, startet die ''Voyager'' einen Angriff auf Spezies 8472. Beim Angriff im fluiden Raum meldet er zunächst, dass die Schilde der Voyager versagen und später die Zerstörung der Schiffe. Anschließend versucht Seven of Nine in seine Computer einzudringen. Jedoch kann Tuvok sie mit Hilfe von B'Elanna Torres betäuben. ({{VOY|Skorpion, Teil II}})
Zusammen mit Seven of Nine entfernt er die Borg-Technologie von der ''Voyager''. Er wird von ihr jedoch überwältigt und Seven unternimmt einen Fluchtversuch. Jedoch wird sie von Kes mit ihren neuen mentalen Fähigkeiten aufgehalten. Diese entwickeln sich rapide weiter. Als Kes im Kasino einen Tisch auf molekularer Ebene destabilisiert, ortet Kim dies auf der Brücke. Als Janeway die Brückenbesatzung informiert, dass Kes sie verlassen wird, sehen sich die Brückenoffiziere vielsagend an. Nachdem Kes das Schiff mit einem Shuttle verlassen hat, stellt er eine Komverbindung her. Sie bleiben in Kontakt bis sich Kes völlig dematerialisiert. ({{VOY|Die Gabe}}) Als eine Armada von [[Caatati]]-Schiffen die Übergabe von Seven of Nine sowie von [[Thorium]]-Isotopen fordert, meint er, dass sie auf einen Teil der Forderungen eingehen sollten, um entkommen zu können. ({{VOY|Tag der Ehre}})[[Datei:Kal-tho_zwischen_Harry_und_Tuvok.jpg|thumb|Kal-toh - Harry ist am gewinnen]]
[[Lieutenant Commander]] [[Tuvok]] bringt Harry das vulkanische Spiel [[Kal-toh]] bei. ({{VOY|Die Omega-Direktive}})
