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Nachdem sukzessive Besatzungsmitglieder vom Schiff verschwinden und Nyrianer erscheinen, untersucht er mit Torres diese Vorfälle. Jedoch wird auch er kurze Zeit später in die fremde Kolonie versetzt. Letztlich kann sich die Crew jedoch befreien. ({{VOY|Translokalisation}})
Eine holografische Projektion von Kim ist Teil des Holoprogramms [[Rebellion Alpha]]. Er verbarrikadiert sich an der Ops-Station, als Chakotay [[Meuterei|meutert]]. Als er das Feuer auf die Meuterer eröffnen will, wird er von Torres betäubt. Während Paris das Programm spielt, schießt er einen Meuterer nieder, ehe er von Chakotays Phaserstrahl getroffen wird. Anschließend wird er in der Arrestzelle inhaftiert. Als Harry Kim von diesem Programm erfährt, geht er zu Paris und Torres, um mehr darüber zu erfahren. Bei der nächsten Besprechung der Führungsoffiziere, offenbart sich Tuvok als Autor. Als er mit Paris das Programm fertigstellen will, wird die Energie in den Transporterräumen deaktiviert, was Kim Janeway meldet. Chakotay und Tuvok geraten durch diese von [[Seska]] verusachte Fehlfunktion in Lebensgefahr. Daraufhin versucht Torres mit Kim das Programm abzuschalten, was ihnen nicht gelingt. Jedoch kann Janeway das Seska-Hologramm töten und so das Programm beenden. Anschließend stößt er mit den anderen Führungsoffizieren im Kasino auf die Rettung der beiden an. ({{VOY|Rebellion Alpha}})
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