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Als die ''Voyager'' auf eine künstliche Lebensform, die [[Automatische Einheit 3947]], im Weltall stößt, repariert er diese mit Torres. Jedoch entführt die Lebensform kurze Zeit später Torres. Harry ist nicht in der Lage den Transport der beiden auf ein Raumschiff der [[Pralor]]-Androiden zu verhindern. Janeway versucht mit dem Schiff zu kommunizieren. Dieses antwortet jedoch nicht. Nachdem der Versuch B'Elanna gewaltsam zu befreien, gescheitert ist und die ''Voyager'' unter schwerem Feuer des [[Pralor-Raumschiff]]es steht, meldet er Janeway die Schäden. Nachdem der Angriff von den Androiden abgebrochen wird, meldet er Janeway die Fortschritte bei der Reparatur des Schiffes. Er soll die Reparaturbemühungen auf den Antrieb konzentrieren und diesen so schnell wie möglich wieder in Funktion bringen. Nachdem ein weiteres Raumschiff eintrifft, erkennt er, dass sich auch auf diesem keine Lebenszeichen befinden. ({{VOY|Prototyp}})
Nachdem das Schiff bei einem Angriff der Kazon schwer beschädigt wird, meldet Harry dem Captain die Schäden. Als Janeway den Führungsoffizieren eröffnet, dass sie Verhandlungen mit den Kazon über eine Allianz führen will, erhebt er zunächst Einspruch. Diesen weist Janeway jedoch zurückund beginnt Verhandlungen mit den Kazon und den [[Trabe]]. Eine Allianz kommt allerdings letztlich nicht zustande. ({{VOY|Allianzen}}) Wenig später arbeitet er mit Tom Paris und B'Elanna an der Entwicklung eines Warp-10-Antriebs. Dank eines Einwurfs von Neelix, kommen sie auf die Lösung eines gravierenden Problems, sodass sie diesen Antrieb tatsächlich funktionsfähig machen können. Nachdem Paris einen Testflug durchführt, scannt er erfolglos nach dem Shuttle. Als es wieder auftaucht, erkennt er, dass Paris' Lebenszeichen schwach sind. Nach Paris' Rettung, analysiert er mit Janeway und Torres die Flugdaten. Als sich Paris in eine fremde Lebensform transformiert und mit dem Transwarpshuttle flieht, gelingt es Kim ihn zu lokalisieren. ({{VOY|Die Schwelle}})
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