Mehrmals war Guinan in Zeitanomalien involviert. Sie ist dazu in der Lage, Veränderungen der Zeitlinie wahrzunehmen, meist aber nur unbewusst. Nach eigenen Aussagen, "fühlt" und "weiß" sie, dass etwas nicht stimmt oder nicht stimmen kann. ({{TNG|Die alte Enterprise}}) Ob das mit ihrem "Ausflug" in den Nexus zusammenhängt oder auf ihre Spezies, wie es von Data vermutet wird, bezogen ist, ist unbekannt. ({{TNG|Die alte Enterprise}})

Sie hat jedoch verfügt über keine direkten Erinnerungen an ein solches Ereignissolche Ereignisse, weiß jedoch, dass zum Beispiel Picard Tasha Yar in die Vergangenheit geschickt hat, kann dieses Ereignis jedoch nicht einordnen, allerdings ist sie sich sicher, dass Picard es getan hat. ({{TNG|Der Kampf um das klingonische Reich, Teil II}})