Das Flaggschiff ist ein Raumschiff einer Flotte oder auch eines Geschwaders, auf dem sich die kommandierenden Offiziere befinden. Flaggoffiziere haben oft eigene Flaggschiffe.

==bekannte Flaggschiffe einzelner Kampfverbände oder Flotten==

*[[USS Lexington]], [[Constitution-Klasse]] in [[Computer M5]]

*[[USS Enterprise (NCC-1701-E)]] in der Schlacht um Sektor 001

*USS Venture als Flaggschiff der 2. Flotte

*Die [[IKS Rotarran]] als Flaggschiff der 9. Flotte im Dominionkrieg

*Der [[Jem'Hadar-Schlachtkreuzer]] in der [[Dritten Schlacht um DS9]] von [[Dukat]] und [[Weyoun]]