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Einige der Kolonisten weigerten sich jedoch ihre Heimat aufzugeben und erklärten sich für unabhängig. Da die Cardassianer das Territorium für sich beanspruchten, wurden Anschläge auf die nun "neutralen" Welten verübt, was die Föderation in der Hoffnung auf Frieden aber tolerierte. Daraufhin gründeten die ehemals föderativen Kolonisten die Widerstandsbewegung [[Maquis]], die nun ihrerseits, mit Angriffen und Überfällen gegen die Cardassianer und die Föderation vorgingen.
Der Maquis operierte von vielen versteckten Basen aus und wurde auf den meisten ehemaligen Föderations Planeten Föderationsplaneten im geheimen unterstützt, jedoch gab es auch Welten, die tatsächlich versuchten neutral zubleiben, aber dennoch ins Visier der Cardassianer gerieten.
Zu Beginn des [[Dominion-Krieg]]es, wurde die EMZ von Seiten der Cardassianer vollständig aufgelöst, die meisten Planeten wurden besetzt und in die Cardassianische Union "wiedereingegliedert".
Im Zuge des Krieges wurde jede Maquis -Basis in der EMZ aufgespürt und eliminiert.
==Planeten an/in der EMZ==