Als er im Jahr [[2369]] vorübergehend das Kommando über die ''Enterprise''-D übernimmt und Picard für kurze Zeit ablöst, führt er einige umfassende Änderungen ein, wie beispielsweise eine [[Dienstplan|Vier-Schicht-Rotation]] anstatt der offiziellen Drei-Schicht-Rotation. Des Weiteren muss [[Counselor]] [[Deanna Troi]] nun eine [[Sternenflottenuniform|Standarduniform]] tragen, obwohl sie nicht der Uniformplicht unterliegt und diese Freiheit auch nutzt. [[Commander]] [[William Thomas Riker|William T. Riker]] entwickelt mit der [[Zeit]] eine Antipathie zu seinem neuen [[Vorgesetzter|Vorgesetzten]] Jellico. Als Picard später von den [[Cardassianer]]n gefangen und [[Folter|gefoltert]] wird, versteht Riker es nicht, dass Jellico so einfach das Leben von Picard riskieren kann. Das Streitverhältnis der Beiden endet schließlich damit, dass Jellico ihn [[Suspendierung|suspendiert]] und ihn in seinem [[Quartier]] [[arrest]]iert, während [[Data]] seinen [[Dienststellung|Posten]] übertragen bekommt. Als ein wichtiger [[Shuttle]]flug bevorsteht, ist Jellico auf Anraten von [[Geordi La Forge|La Forge]] gezwungen Riker um Hilfe zu bitten. In seinem Rikers Quartier spiegelt sich ihr gegenseitige Abneigung erneut wider. Riker entschließt sich schlussendlich den Auftrag anzunehmen, denn er ist der beste [[Pilot|Shuttlepilot]] an Bord der ''Enterprise''-D. Nachdem Picard durch ein Abkommen wieder in die Freiheit entlassen wird, übernimmt er wieder das Kommando über sein altes Schiff. Riker scheint über diese Tatsache sichtlich erleichtert zu sein. Auch der [[Erster Medizinischer Offizier|Erste Medizinische Offizier]] der ''Enterprise'', [[Doktor]] [[Beverly Crusher]], hat eine schlechte Beziehung zu Jellico, ihr Tonfall gegenüber dem Kommandanten bei den Missionsbesprechungen zeugt davon.