Auf Bitten der Karemma begibt sich die ''Defiant'' einige Wochen später in den Gamma-Quadrant. Der karemmanische Handelsminister [[Hanok]] beschwert sich bei Captain Sisko über die hohen [[Steuer]]n und Gebühren der Föderation, bei deren Geschäften, doch es stellt sich heraus, dass Quark für diese Steuern verantwortlich ist. Da es den Karemma offiziell verboten ist, mit der Föderation Handel zu betreiben, tun diese es über die Ferengi. Als die den Jem'Hadar dies aber mitbekommenbekannt wird, greifen diese sie die Karemma an, um sie diese zu bestrafen. Doch Sisko greift startet mit der ''Defiant'' einen Gegenangriff auf die Jem'Hadar-Angriffsjäger an. Die Karemma fliehen in die [[Atmosphäre]] eines [[Klasse J|Klasse-J-Gasriesen]], doch diese werden jedoch von den Jem'Hadar verfolgt. Darauf fliegt Daraufhin folgt auch die ''Defiant'' in die Atmosphäre den Gasriesen und es kommt zum Kampf, bei der die ''Defiant'' schwer beschädigt wird. Sisko wird bei diesem Angriff schwer verletzt, und Worf übernimmt das Kommando über die ''Defiant''das Schiff. Bei einem Angriff dringt ein Torpedo in die ''Defiant'' ein, welcher allerdings nicht detoniert. Dieser Torpedo wird aber gemeinsam von Hanok und Quark entschärft. Währenddessen gelingt es Worf, den Jem'Hadar-Angriffsjäger zu vernichten und die Karemma zu retten. ({{DS9|Das Wagnis}})

Zur selben Zeit beginnen die Gründer die Erde zu infiltrieren und versuchen, die Föderation ins Chaos zu stürzen. Sie verüben einen [[Bombe]]nanschlag auf die [[Antwerpen-Konferenz]], bei der mehrere Repräsentanten sowohl der Föderation als auch der Romulaner und auch sowie ein [[Tholianer|tholianischer Beobachter]] getötet werden. Nach dieser Katastrophe ordnet der [[Präsident der Föderation]] [[Jaresh-Inyo]] einen offiziellen [[Trauer]]tag an. ({{DS9|Die Front}})

Zu der Zeit werden auch seltsame Aktivitäten am bajoranischen Wurmloch beobachtet, und die Föderation vermutet eine getarnte Flotte des Dominions. Die Föderation sieht eine große Bedrohung, und nach dem Anschlag auf der Erde werden Captain Sisko und Odo auf die Erde beordert, um die Formwandler auf der Erde hier aufzuspüren. Captain Sisko, Odo und [[Admiral]] [[Leyton]] versuchen, die Sicherheit auf der Erde zu verbessern, und ihnen gelingt es auch, Jaresh-Inyo von ihren Plänen zu überzeugen. Es finden nun überall auf der Erde [[Bluttest]]s bei Angehörigen der Sternenflotte statt, allerdings sieht Jaresh-Inyo die Gefahr, dass dadurch der Frieden auf der Erde gestört wird. Als Odo auf Commander [[Erika Benteen]] und Admiral Leyton trifft, bemerkt Odo plötzlich ein seltsames Verhalten an dem Admiral. Odo bemerkt, dass dies gar nicht Leyton ist, sondern ein Gründer, welcher Leytons Gestalt angenommen hat. Dem Gründer gelingt es allerdings zu entkommen, doch Odo ist verwundert über das ihm gegenüber gezeigte feindselige Verhalten, welches bisher nicht zwischen ihm und seinen seinem Volk bestanden hat. ({{DS9|Die Front}})

Während eines Aufenthalts auf der Erde erklärt sich Odo bereit, sich von der [[Medizinisches Corps der Sternenflotte|medizinischen Abteilung der Sternenflotte]] genauer untersuchen zu lassen, um anhand der Untersuchungsergebnisse die Formwandler besser entdecken enttarnen zu können. Bei dieser Gelegenheit infiziert [[Sektion 31]] ihn heimlich mit einem [[morphogener Virus|morphogenen Virus]]. Sie hoffen darauf, dass Odo im Laufe der Zeit erneut Kontakt zu der Großen Verbindung herstellt, wodurch auch alle anderen Gründer infiziert würden. ({{DS9|Ein Unglück kommt selten allein|Kampf mit allen Mitteln|Extreme Maßnahmen}})

Einige Zeit später kommt es zu einem kompletten Energieausfall auf der Erde. Sisko vermutet eine Sabotage der Gründer auf das Hauptenergierelais der Erde. Durch diesen Systemausfall ist die Erde wehrlos, da auch sämtliche Verteidigungssystem Verteidigungssysteme des Planeten ausgefallen sind. Admiral Leyton fordert Jaresh-Inyo auf, das [[Kriegsrecht]] auf der Erde auszurufen und die Verantwortung des Planeten unter die Kontrolle der Sternenflotte zu legen. Jaresh-Inyo stimmt dem nur widerwillig zu und übergibt nun die Kontrolle an Leyton, und wenig später werden Truppen der Sternenflotte überall auf die Erde gebeamt. ({{DS9|Die Front}})

Für Sisko gibt es allerdings einige Widersprüche, wie es den Gründern gelungen ist das Energierelais zu sabotieren. Sisko verwundert es, da außerdem die Invasion des Dominions ausgeblieben ist und stattdessen nun die Sternenflotte die Kontrolle über die Erde übernommen hat. Darauf beginnt Sisko, diesen Vorfall zu untersuchen und findet heraus, dass eine Eliteeinheit der [[Sternenflottenakademie]] namens [[Red Squad]] in diesen Vorfall verwickelt ist. Sisko findet Beweise, dass die Red Squad die Energierelais Energierelaissysteme auf der Erde sabotiert haben. Anhand weiter weiterer Untersuchungen findet Sisko heraus, dass Admiral Leyton in diesen [[Militärputsch (2372)|Mitlitärputsch]] verwickelt ist und somit die Erde radikal schützen will. Nachdem Leyton von Siskos Nachforschungen erfährt, schickt er Sisko zurück nach Deep Space 9, da Sisko die Autorität des Admirals nicht Leytons Autorität achtetachte. Als Sisko am Abend nachdenken will, trifft dieser er auf Miles O'Brien, doch dieser ist in Wirklichkeit ein Gründer, welcher O'Briens Gestalt angenommen hat. Sisko erfährt, dass sich gerade mal vier Gründer auf der Erde befinden. Der Gründer erklärt, dass vier Gründer genug sind, um Chaos auf der Erde anzurichten und dass sie noch nicht einmal richtig begonnen haben. ({{DS9|Das verlorene Paradies}})

Bei weiteren Untersuchungen deckt Sisko eine vollständige Machtübernahme der Erde von Leyton auf. Doch als Sisko dies Jaresh-Inyo präsentiert, täuscht Leyton vor, dass Sisko ein Wechselbalg ist, und Sisko wird verhaftet. Doch mit Hilfe von Odo gelingt Sisko die Flucht. Auf Deep Space 9 wird unterdessen eine Sabotage des Wurmlochs entdeckt, welche die seltsamen Aktivitäten des Wurmlochs erklärt. Die ''Defiant'' fliegt darauf mit dem Beweis zur Erde, doch Leyton befiehlt, die ''Defiant'' mit der [[USS Lakota|USS ''Lakota'']] , die ''Defiant'' anzugreifen. Captain Erika Benteen bekommt von Leyton die Information, dass sich an Bord der ''Defiant'' Gründer befinden. Es kommt im [[Weltraum]] zu schweren Gefechten zwischen beiden Schiffen, und es gibt viele Verletzte und Tote. Zur selben Zeit gelingt es Sisko, Leyton zu stellen und schließlich auch, Benteen davon zu überzeugen, ihren Angriff abzubrechen. Als Leyton erkennt, dass sein treuester Offizier ihn im Stich gelassen hat, gibt er schließlich auf. Trotz der Gefahr der Gründer werden die Truppen der Sternenflotte wieder abgezogen. ({{DS9|Das verlorene Paradies}})

Auf der ''Defiant'' versucht Garak, heimlich einige [[Quantentorpedo]]s auf die Planetenoberfläche zu schießen, um so die Große Verbindung auszulöschen. Doch dieser wird von Worf aufgehalten und verhaftet. Während über Odo in der Großen Verbindung gerichtet wird, sieht Odo viele Bilder, darunter auch von Gowron. Die Gründer verurteilen Odo schließlich, ein [[Solid]] zu sein, und er wird in eine Form gesperrt, die er nicht mehr verlassen kann. Auf Deep Space 9 erscheint eine weitere Botschaft von Gowron, der verkündet dass er nun jedes Föderationsschiff angreifen lassen wirdlasse, welches sich im Archanis-Sektor befindet. Als Odo diese Botschaft sieht, erklärt er das , dass Gowron ein Wechselbalg ist. ({{DS9|Das Urteil|Kampf mit allen Mitteln|Extreme Maßnahmen}})

Es kommt Anfang [[2373]] zu vermehrten Angriffen der Klingonen auf Schiffe der Föderation. Da nun der Verdacht besteht, dass die Gründer hinter dem gesamten Krieg zwischen den Klingonen und der Föderation stehen, schickt die Sternenflotte ein Infiltrationsteam, welches Gowron als Gründer enttarnen soll. Sisko leitet dieses Infiltrationsteam und bekommt von der Sternenflotte modifizierte [[Polaronemitter]], welche den Gründer enttarnen können. Darauf begeben sich Sisko, Worf, Odo und O'Brien, chirurgisch verändert, zu den Klingonen. Mit Dukats Bird-of-Prey gelangen die vier nach [[Ty'Gokor]], um dort Gowron zu enttarnen. Doch während die vier versuchen , die Polaronemitter auf Ty'Gokor zu aktivieren, werden diese sie von Martok enttarnt und verhaftet. Sisko berichtet Martok, dass Gowron ein Wechselbalg ist, und es gelingt ihm, scheinbar Martok zu überzeugen, dass er die Wahrheit sagt. Martok fordert Sisko auf, Gowron zu töten, um so zu beweisen, dass Gowron ein Wechselbalg ist. Martok lässt die vier frei, da er aber Odo nicht traut, behält er diesen bei sich. Sisko, Worf und O'Brien wollen Gowron töten, doch sie werden von Gowrons Wachen aufgehalten. Gowron fordert darauf Worf zu einem Kampf auf Leben und Tod heraus, um so seine Ehre zu verteidigen. Während die beiden kämpfen, erkennt Odo, dass nicht Gowron, sondern Martok der Wechselbalg ist, da sich Gowron wie ein Klingone ehrenhaft verhält. Als Odo Martok als Gründer enttarnt hat, greift dieser Odo an, doch die Klingonen erkennen den Gründer und töten diesen. Sisko und Gowron erkennen den Plan der Gründer, der Mord an Gowron hätte einen totalen Krieg zwischen der Föderation und den Klingonen ausgelöst und es dem Dominion leicht gemacht hätte, danach den Alpha-Quadrant zu erobern. Nach diesen Ereignissen beschließt Gowron einen Waffenstillstand zwischen der Föderation und dem klingonischen Reich. ({{DS9|Die Apokalypse droht}})