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[[Datei:Pylon_auf_Deep_Space_9_zerstört.jpg|thumb|left|Deep Space 9 nach dem Angriff der abtrünnigen Jem'Hadar.]]
Während des Krieges Konflikts zwischen den Klingonen und der Cardassianer, greifen die Klingonen einen Außenposten auf [[Korma]] an. Es gelingt allerdings dem Cardassianer [[Dukat]] einen [[Klingonischer Bird-of-Prey|klingonischen Bird-of-Prey]] zu erobern. Mit den entaltenen enthaltenen Daten, haben die Cardassianer einen taktischen Vorteil gegenüber den Klingonen und Dukat will dies seiner Regierung übermitteln, doch diese will damit nichts zu tun haben. Die Cardassianer wollen sich bei den Klingonen für diesen Vorfall entschuldigen. Da Dukat dies als Schwäche in seinem Volk sieht, beschließt er allein mit dem Bird-of-Prey gegen die Klingonen zu kämpfen. ({{DS9|Zu neuer Würde}})
Gegen Ende 2372 wird Deep Space 9 von abtrünnigen Jem'Hadar angegriffen, dabei wird die Station schwer beschädigt und es gibt viele Tote und Verletzte an Bord der Station. Die Jem'Hadar stehlen einiges an technischen Material und kehren darauf zurück in den Gamma-Quadrant. Sisko fliegt sofort mit der ''Defiant'' in den Gamma-Quadrant und lässt diese Jem'Hadar verfolgen. Wenig später findet die die ''Defiant'' einen schwer beschädigten Jem'Hadar-Angriffsjäger und Sisko lässt die Überlebenden an Bord beamen. Unter den Überlebenden befindet sich der [[Vorta]] [[Weyoun 4|Weyoun]]. Weyoun informiert Sisko darüber, dass einige abtrünnige Jem'Hadar die Kontrolle über ein [[iconianisches Portal]] übernommen haben. Da diese abtrünnigen Jem'Hadar nicht nur für das Dominion, sondern auch für die Föderation eine große Gefahr sind, erklärt sich Sisko bereit Weyoun zu unterstützen. Während Siko Sisko mit Weyoun und den Jem'Hadar zusammen arbeitet, lernt dieser viel über die Machtstruktur des Dominions und vorallem vor allem das die Gründer gar nicht so mächtig sind , wie es bisher ausgesehen hat, da sie die Loyalität ihrer Untergebenen mit dem Ketracel-White erzwingen müssen.
[[Datei:Abtrünnige JemSisko Weyoun Omet'Hadar greifen aniklan unterhalten sich.jpg|thumb|Der Kampf gegen die abtrünnigen JemSisko, Weyoun und Omet'Hadariklan planen den Einsatz.]]
Währenddessen fällt Odo auf, dass sich die Jem'Hadar ihm gegenüber sehr feindseelig feindselig verhalten. Diese erklären, dass Odo ein gefallener Gott ist und das sein Volk über ihn richten wird. Odo will dies aber nicht wahr haben, da er und sein Volk keine Götter sind. Später versucht auch Weyoun zu bewirken, dass Odo zu seinen Volk zurück kehrt, aber auch diesmal wie bisher lehnt Odo dies wieder ab.
Die Sternenflotte und das Dominion führt ihre erste gemeinsame Mission mit dem Dominion vordurch, allerdings verschweigt Weyoun gegenüber den dem [[Erster (Jem'Hadar)|Ersten]] [[Omet'iklan]] und seinen Jem'Hadar die Existenz des Portals. Doch Omet'iklan gibt Weyoun zu verstehen, dass er bereits über das Portal Bescheid weiß und das niemand, auch nicht Weyoune Weyoun über seine Loyalität gegenüber den Gründern zweifeln soll. Auf der Oberfläche von [[Vandros IV]] kämpen kämpfen die Teams aus Sternenflotte gemeinsam mit den Jem'Hadar gegen die Abtrünnigen. Obwohl es zu einigen Verlusten kommt, ist die Mission ein Erfolg, das Portal wird vernichtet und die Abtrünnigen werden getötet. Als Weyoun auf die Oberfläche kommt, um seine Glückwünsche für die Erfolgreiche Mission zu äußern, wird dieser von Omet'iklan getötet, da er seine Loyalität gegenüber den Gründern angezweifelt hat. Omet'iklan erklärt gegenüber Sisko, dass er beeindruckt ist wie die Sternenflotte gekämpft hat, aber da diese Mission abgeschlossen ist sind sie nun wieder Feinde und darauf kehrt die ''Defiant'' wieder in den Alpha-Quadrant zurück. ({{DS9|Die Abtrünnigen}})
[[Datei:Odo als SolidAbtrünnige Jem'Hadar greifen an.jpg|thumb|left|Odo wird verurteilt ein Solid zu seinDer Kampf gegen die abtrünnigen Jem'Hadar.]]
Ende des Jahres bricht bei Odo eine Krankheit eine aus, aber Doktor Bashir kann vorläufig nichts für Odo tun und behält diesen auf der Krankenstation zur Beobachtung. Zur selben Zeit spitzt sich der Konflikt zwischen der Föderation und den KlingonenzuKlingonen zu, da Gowron den [[Archanis-Sektor]] von der Föderation zurück haben will und es drohen schwere Kämpfe zwischen den Klingonen und der Föderation.
Als sich Odos Zustand immer mehr Verschlechtert , hat Odo keine andere Wahl, er muss zurück zu seinem Volk damit diese ihn helfenkönnen. Die ''Defiant'' fliegt darauf in den Gamma-Quadrant und auch Garak fliegt auf dieser Mission mit, da er erfahren will erfahren , ob es Überlebende Cardassianer vom Angriff auf die Heimatwelt der Gründer gibtgegeben hat. Garak bekommt während des Fluges, die Aufgabe sich während des Fluges um Odo zu kümmern. Die Gründer werden schnell auf die ''DefaintDefiant'' aufmerksam und die Günderin beamt sich mit einigen Jem'Hadar an Bordder ''Defiant''. Sie erklärt sich bereit Odo zur neuen Heimatwelt der Gründer zu bringen. Als die Gründerin zu Odo kommt, kann diese ihn vorübergehend stabilisieren, aber sie erklärt ihm auch das er mit in seine Heimatwelt muss, um dort geheilt zu werden. Odo erfährt von der Gründerin, dass die Gründer ihn infiziert haben, damit er nach Hause kommt um dort für den Mord an einem anderen Gründer verurteilt zu werden.
=== Die Dominion-Invasion beginnt ===
[[Datei:Dominion_InvasionKilana und die Jem'Hadar.jpg|thumb|left|Kilana und Jem'Hadar vernehmen den Tod des Gründers.]]Während einer Mission auf [[Torga IV]] im Gamma-Quadrant stürzt ein Jem'Hadar-Angriffsjäger auf den Planeten und Sisko und sein Außenteam wollen dieses bergen. Doch auch das Dominion zeigt Interesse an diesem Schiff, da sich ein verletzter Gründer darin befindet. Die Flotte Jem'Hadar zerstören das Runabout und greifen das Außenteam auf der Planetenoberfläche an. Darauf begibt sich die Vorta [[Kilana]] auf die Oberfläche, um mit Sisko über die Herausgabe des Dominions fliegt durch Schiffes zu verhandeln, doch Sisko will das nicht zu lassen und besteht auf sein Bergungsrecht. Das Außenteam verschanzt sich darauf auf dem Schiff und lernt so wie ein Jem'Hadar-Angriffsjäger funktioniert. Sisko ist gezwungen auf die Ankunft der ''Defiant'' zu warten, während die Jem'Hadar weiter auf das Schiff feuern, um das Außenteam einzuschüchtern. Nach einigen Stunden mit Dauerbeschuss der Jem'Hadar auf das WurmlochSchiff, finden Sisko und seine Crew einen verletzten Gründer an Bord des Schiffes, doch dieser stirbt kurz darauf. Als der Gründer stirbt, begehen die Jem'Hadar [[Selbstmord]]und Kilana sieht ihre Mission den Gründer zu retten als gescheitert und verlässt darauf den Planeten. Mit der ''Defiant'' wird der Jem'Hadar-Angriffsjäger in den Alpha-Quadrant gebracht und dort vom [[Geheimdienst der Sternenflotte]] untersucht. ({{DS9|Das Schiff}})
Bereits Anfang des Jahres 2373 werden erste geheime Verhandlungen zwischen dem Dominion und Cardassia etabliert. Schließlich tritt Cardassia offiziell dem Dominion bei. Mitte des Jahres werden die ersten Kriegsschiffe des Dominion am Wurmloch zusammengezogen, die bei einer Rettungsmission der Sternenflotte im Gamma-Quadranten entdeckt wird. Das Rettungsteam sendet eine Botschaft nach Deep Space 9, dass eine Invasion des Alpha-Quadranten bevorstehe. Als die Flotte des Dominion schließlich durch das Wurmloch kommt, greift sie aber nicht die Station an, sondern fliegt direkt nach Cardassia Prime. ({{DS9|Die Schatten der Hölle|Im Lichte des Infernos}})
{{Siehe auch|Cardassias Anschluss an das Dominion}}
[[Datei:Dominion_Invasion.jpg|thumb|left|Die Flotte des Dominions fliegt durch das Wurmloch]]
Das Dominion beginnt nun Cardassia systematisch aufzurüsten. Als erste Aktionen werden der [[Maquis]] zerschlagen und die Klingonen aus dem [[Cardassianischer Raum|cardassianischen Raum]] zurückgedrängt. Aufgrund der großen Bedrohung durch das Dominion, setzt Gowron das Khitomer-Abkommen wieder in Kraft womit der Föderal-Klingonische Krieg endet. Parallel dazu schickt die Sternenflotte Schiffe nach Deep Space 9. Aber auch die Romulaner haben sich dazu entschlossen, eine Streitmacht auszusenden.