In den nächsten Wochen fühlt sich der Doktor unterfordert. Darum bittet er Janeway, dass er, falls die Kommandoffiziere ausfallen, er das Kommando über die ''Voyager'' übernehmen darf. Doch Janeway lehnt den Vorschlag des Doktors ein [[Notfall-Kommando-Hologramm]] zu werden ab und er ist sehr enttäuscht darüber. Der Doktor sehnt sich in dieser Zeit sehr nach der Anerkennung aus der Crew. Zu dieser Zeit testet der Doktor eine Modifizierung seines Programms, in der er [[Tagtraum|Tagträume]] durchlebt und seiner Fantasie freien Lauf lässt. In seinen Träumen wird der Doktor von der Crew anerkannt, die Frauen flirten mit ihm, er übernimmt sogar das Kommando über die ''Voyager'' und rettet sie vor den Borg. Zu der Zeit befindet sich ein Schiff der [[Hierarchie]] in der Nähe und beginnt heimlich die ''Voyager'' zu überwachen. Die Crewmitglieder überlegen sich, ob sie die ''Voyager'' überfallen sollen. Bei der Überwachung der ''Voyager'' entdeckt das Crewmitglied [[Devro]] eine vermeintliche Transmission, die aber in Wirklichkeit nur die Tagtraumerlebnisse des Doktors sind. Anhand dieser Tagträume plant die Hierarchie einen Angriff auf die ''Voyager''. Währenddessen verliert der Doktor die Kontrolle über seine Tagträume und kann nicht mehr zwischen Traum und Wirklichkeit unterscheiden. Er will sogar in den Warpkern springen, da er in seinem Tagtraum glaubt, dass er so die ''Voyager'' retten kann. Um den Doktor zu retten, werden die Tagträume aufs Holodeck projiziert. Dabei sehen Kim, Seven of Nine und Janeway die heimlichen Phantasien des Doktors. Janeway sieht auch in einer Fantasie, dass der Doktor nur zum Wohl der Crew lebt und hofft nur einmal dafür Anerkennung zu bekommen. Nach ein paar Stunden Arbeit gelingt es Torres das Programm des Doktors zu reparieren. Währenddessen erkennt Devro, dass er nur Tagträume gesehen hat und aufgrund der Fehlinformation von der Hierarchie bestraft werden wird. Um dies zu verhindern, nimmt Devro heimlich Kontakt mit dem Doktor auf und informiert ihn über den Angriff der Hierarchie. Der Doktor soll dafür wie in der Simulation als Kommandant auftreten. Die ''Voyager'' bereitet sich mit dieser Information auf den Angriff der Hierarchie vor. Doch der Doktor ist als Kommandant sehr unsicher und die Hierarchie greift die ''Voyager'' an. Die ''Voyager'' ist im Kampf gegen die Hierarchie zunächst unterlegen, bis der Doktor plötzlich einen Trick aus seinem Tagtraum anwendet. Die Hierarchie-Mitglieder fallen auf diesen Trick herein und ziehen sich zurück. Nach seiner erfolgreichen Mission verleiht Janeway dem Doktor eine Auszeichnung und erklärt, dass sie den Doktor auch als Notfall-Kommando-Hologramm mit einsetzen wird. ({{VOY|Dame, Doktor, As, Spion}})

Wenige Wochen später kauft Paris von einem Händler namens [[Abaddon]] ein Shuttle, das Paris später [[Alice (Shuttle)|''Alice'']] nennt. Doch das Shuttle übernimmt mit seinem Interface die Kontrolle über Paris und er verlässt mit dem Shuttle die ''Voyager''. Bei einer Untersuchung findet der Doktor heraus, dass auch Abaddon unter dem Einfluss des Shuttles steht. Später überwacht der Doktor Torres, als sie sich ebenfalls mit einem Interphase mit dem Shuttle und Paris verbindet und Paris so aus der Kontrolle von ''Alice'' befreit. ({{VOY|Alice}})

Während einer Außenmission im ''Delta Flyer'' wird Tuvok von einer unbekannten Rasse an Bord des ''Flyers'' angegriffen und er fällt ins Koma. Der Doktor kann zwar mit Hilfe einer Operation Tuvoks Zustand stabilisieren, trotzdem erlangt Tuvok noch immer nicht sein Bewusstsein. In dieser Zeit kümmert sich Neelix um Tuvok. Mit der Zeit kommt Tuvok auch wieder zu sich. Tuvoks Erinnerungen bauen sich mit der Zeit langsam auf, doch dieser Tuvok zeigt für einen Vulkanier untypische Emotionen. Währenddessen kann Captain Janeway mit den Fremden, die sich [[Ba'Neth]] nennen, Kontakt aufnehmen. Es gelingt ihr die Spezifikationen der Waffe, mit der Tuvok angegriffen worden ist, zu bekommen. Mit diesen Spezifikationen gelingt es den Doktor die neuralen Schäden an Tuvok vollständig zu behandeln, auch wenn ihm der neue Tuvok sehr fehlen wird. ({{VOY|Rätsel}})

[[Datei:Der Doktor untersucht Tash.jpg|thumb|left|Der Doktor untersucht Tash.]]

Einige Zeit später modifiziert Seven ihren [[Alkoven]] so um, dass sie auch während der Regeneration Daten, die von der ''Voyager'' empfangen werden, auswerten kann. Doch ihr Gehirn kann diese Daten nicht richtig verarbeiten. So vermutet sie, dass [[Tash]], der ein [[Subraumkatapult]] gebaut hat, zu den [[Nacene]] gehört. Doch der Doktor kann dies widerlegen. Später stellt Seven immer wildere Spekulationen auf und der Doktor untersucht die Modifikation des Alkovens von Seven, um sie darauf behandeln zu können. ({{VOY|Die Voyager-Konspiration}})