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… Einige Zeit später wird der Doktor auf ein Symposium der [[Ovioner]] eingeladen und soll dort einen Vortrag über im Weltraum lebender lebende Krankheitserreger vortragenhalten. Doch als der Doktor dazu Urlaub beantragt , lehnt Chakotay dies ab, da die ''Voyager'' einen Zweiwöchigen zweiwöchigen Umweg in Kauf nehmen müsste. Kurz darauf erhält die ''Voyager'' einen Notruf der Hirogen und ein Außenteam beamt auf eine [[Hirogen-Trainingseinrichtung|Raumstation der Hirogen]]. Doch dort finden diese sie nur noch tote Hirogen vor, – mit Ausnahme des Hirogen [[Donik]]. Dieser Er wird auf die ''Voyager'' gebeamt und er gerät in Panik, als er sieht, dass der Doktor ein Hologramm ist. Donik berichtet, dass die Raumstation ein Trainingslager der Hirogen ist und diese dort mit Hologramme trainierentrainiert wird. Doch die Hologramme haben die Kontrolle übernommen und alle Hirogen auf der Station getötet, darauf . Danach sind die Hologramme auf ein Schiff mit Holoemittern geflohen. Da Donik panisch auf den Doktor reagiert, deaktiviert Janeway diesenden Doktor. Die ''Voyager'' beginnt darauf gemeinsam mit einen einem, weiteren Hirogen-Schiff das Schiff der Hologramme zu verfolgen. Doch das Schiff der Hirogen gerät in eine Falle, und wird zerstört und die . Die Überlebenden werden an Bord der ''Voyager'' gebeamt. Währenddessen wird , während der Doktor von den Hologrammen auf ihr Schiff transferiertwird. Dort trifft der Doktor auf ein Hologramm, welches sich namens [[Iden]] nennt und dieser bittet das den Doktor bittet um Hilfe. Der Doktor hilft schließlich aufgrund seiner Erfahrung bei der Reparatur der Hologramme. Darauf berichtet Iden dem Doktor, dass er Hologramme aus der Gewalt von Organischen befreit und ihnen ein Leben in Freiheit schenkt. Iden versucht den Doktor bei seinem Volk – den Hologrammen – zum bleiben Bleiben zu bewegen, doch der Doktor will auf die ''Voyager'' zurück. Auf der ''Voyager'' setzt sich der Doktor für die Rechte der Hologramme an Bord des anderen Schiffes ein, doch Janeway will diesen den Hologrammen nicht helfen und sie lieber deaktivieren. Als der Doktor erkennt, dass Janeway die Hologramme lieber deaktivieren als ihnen helfen will, beamt er zurück zu den Hologrammen und hilft Iden die ''Voyager'' bei ihren ihrem Vorhaben zu stoppen. ({{VOY|Fleisch und Blut, Teil I}})

Mit Hilfe des Doktors kann verhindert werden, dass die ''Voyager'' die Hologramme deaktiviert. Doch dabei wird die ''Voyager'' schwer beschädigt. Da die Hologramme Hilfe bei der Reparatur benötigen, entführt Iden gegen den Willen des Doktors Torres auf sein Schiff. Torres hilft nur widerwillig, – aufgrund ihrer Entführung, nur widerwillig – den Hologrammen und auch . Auch der Doktor beginnt langsam an Iden zu zweifeln. Als sich Iden später sogar als Gott der Hologramme ansieht und eine [[Religion]] über um sich herum aufbauen will, erkennt der Doktor das , dass Iden wahnsinnig ist. Die letzte Bestätigung bekommen der Doktor und Torres, als Iden ein unbewaffnetes Schiff der [[Nuu'Bari]] angreift und dieses es wegen ein paar primitiven Hologrammen vernichtet. Schließlich erreichen die Hologramme einen Klasse -Y -Planeten, welchen den Iden [[Ha'dara]] nennt. Zur selben Zeit erreichen auch die ''Voyager'' und die Hirogen den Planeten. Iden beamt einen Hologenerator und die Hirogen auf die Planetenoberfläche und beginnt dort mit den Hologrammen die Hirogen zu jagen. Da der Doktor nicht mitmachen will an diesem Massakermitmachen will, deaktiviert er den Doktor Iden ihn und sperrt Torres in den Arrest. Zur gleichen Zeit bekommt Torres Hilfe von dem cardassianischen Hologramm [[Kejal]]. Diese Es deaktiviert die Hologramme auf der Oberfläche mit Ausnahme von Iden, da dieser er den mobilen Emitter besitzt. Darauf wird der Doktor wieder aktiviert und auf den Planeten transferiert. Dort kann der Doktor Iden aufhalten die Hirogen zu töten, indem er das Programm von Iden vernichtet. Danach werden der Doktor, Torres und die Überlebenden überlebenden Hirogen wieder an Bord der ''Voyager'' gebeamt. Donik und Kejal kümmern sich um die defekten Programme auf dem Schiff der Hologramme. Nach dieser Mission schämt sich der Doktor für sein Verhalten und will Janeway sogar seinen Emitter übergeben und auf seine ursprüngliche Programmierung zurückstellt werden. Doch Janeway erkennt, dass der Doktor genau so Fehlerhaft fehlerhaft ist wie jeder andere aus Fleisch und Blut und wünscht nur einen Bericht über diese Außenmission. ({{VOY|Fleisch und Blut, Teil II}})

Wenige Wochen später stellt der Doktor fest, dass Torres schwanger ist. Da das Baby eine leichte Krümmung der [[Wirbelsäule]] hat, behandelt der Doktor diesedie Krümmung, damit sich das Baby normal entwickelt. Als Torres eine ein holografisches Bild sieht, ist diese sie entsetzt das , dass ihr Kind auch klingonische Wülste wie sie hat. Torres will die DNS des Kindes verändern lassen, damit dieses es menschlich aussieht. Doch Paris und auch der Doktor sind dagegen. Schließlich bittet Torres Captain Janeway den es dem Doktor es zu befehlen, dass der Doktor er die DNS ihres Kindes verändert, aber auch Janeway ist dagegen. Schließlich programmiert Torres den Doktor so um das dieser doch , dass er die DNS des Kindes verändern will. Als Paris aber erkennt, dass das Programm des Doktors verändert worden ist, lässt er diesen ihn sofort deaktivieren , bis der Fehler an ihm behoben ist. Paris gelingt es Torres zu überzeugen , ihr Kind so zu lassen , wie es ist. Später behebt Torres die Programmierung beim Doktor des Doktors und entschuldigt sich bei diesen ihm dafür. Torres Sie wünscht sich vom Doktorvon ihm, dass er der Pate ihres Kindes wird und der Doktor er empfindet dies als große Ehre. ({{VOY|Abstammung}})

Als die ''Voyager'' einen Notruf von einem [[nygeanisches Gefangenenschiff|nygeanischen Gefangenenschiff]] erhält, wird die Besatzung an Bord der ''Voyager'' gebeamt. Doch bei den Überlebenden handelt es sich um Gefangene und ihre Wärter. Die meisten werden gleich unter Arrest genommen, doch einem Gefangenen namens [[Iko]] gelingt es auf der Krankenstation Seven of Nine als Geisel zu nehmen. Tuvok und ein Sicherheitsteam versuchen Iko aufzuhalten und Seven of Nine kann entkommen. Darauf nimmt dieser Iko den Doktor als Geisel. Doch da der Doktor ein Hologramm ist, kann Iko diesen ihm nichts anhaben und durchdringt mit seinem Messer die Matrix des Doktors , ohne ihn dass dem etwas geschietgeschieht. Darauf schießt Tuvok auf Iko und durch . Durch den Phaser wird das Programm des Doktors leicht anzuhabenbeschädigt. Die ''Voyager'' bringt die Gefangenen zur Heimatwelt der [[Nygeaner]] , wo diese sie für ihre Verbrechen hingerichtet werden sollen. Da der Doktor gegen die Todesstrafe ist und , gerät dieser er deswegen in eine heftige Diskussion mit Seven of Nine. Später wird Iko durch einen der Wächter schwer verletzt und dieser wird vom Doktor und mit einigen Nanosonden von Seven of Nine behandelt. Doch durch diese Behandlung entwickelt Iko ein Gewissen und der Doktor erkennt, dass Iko durch einen genetischen Defekt zum Mörder geworden ist. Der Doktor und Seven of Nine setzten setzen sich dafür ein, dass Iko nun nicht mehr hingerichtet wird, doch die Familie von Ikos Opfern will weiterhin seinen Tod und schließlich wird Iko hingerichtet. ({{VOY|Reue}})

Wenig später nimmt die ''Voyager'' eine Gruppe von Klingonen auf, welche die auf der Suche nach der [[Kuvah'Magh]] sind. Die Klingonen vernichten ihr eigenes Schiff und beamen auf die ''Voyager'', da [[Kohlar]] vermutet, dass das Kind von Torres die Kuvah'Magh ist. Doch diese die Klingonen leiden an einer Krankheit welche , die sie als [[Nehret]] bezeichnen und . Sie ist unter Klingonen ansteckend ist. Der Doktor stellt fest, dass sich auch Torres mit dieser Krankheit infiziert hat. Doch mit Hilfe von Antigenen aus dem Blut des Kindes gelingt es dem Doktor ein Heilmittel gegen das Nehret zu finden und so . So bewahrheitet sich schließlich auch die Legende um die Kuvah'Magh. Die Klingonen siedeln besiedeln kurz darauf auf danach einen unbewohnten Planeten. ({{VOY|Die Prophezeiung}})

Einige Zeit später wird die ''Voyager'' durch eine Anomalie in eine Region gezogen, welche die als [[Die Leere (Anomalie)|die Leere]] bezeichnet wird. Trotz mehrere mehrerer Versuche kann die ''Voyager'' nicht aus dieser Anomalie entkommen. Zu der Zeit begibt sich ein verletzter [[Bewohner der Leere]] auf die ''Voyager'' und der Doktor behandelt diesenihn. Dem Doktor gelingt es sogar mit Hilfe von Musik mit dem Fremden, welchen den er [[Phantom (Bewohner der Leere)|Phantom]] nennt, zu kommunizieren. Auch weitere Mitglieder dieser Spezies erlernen auf der ''Voyager'' mit Hilfe der Musik eine Sprache und der Doktor ist sehr begeistert davon. Später gelingt es Janeway mit weiteren Schiffen, welche die in dieser Anomalie gefangen sind , eine Allianz zu gründen. Gemeinsam mit den anderen Schiffen und der Phantome gelingt es der ''Voyager'' und den anderen Schiffen aus der Allianz dieser Anomalie zu entkommen. ({{VOY|Die Leere}})

Ein paar Wochen später stößt die ''Voyager'' auf eine Subraummine und das Schiff wird verstrahlt. Der Doktor muss die Crew behandeln, doch Janeway beschließt die ''Voyager'' zu evakuieren. Janeway aktiviert den Doktor als Notfall-Kommando-Hologramm, welcher das die Strahlung beseitigen soll. Doch plötzlich wird die ''Voyager'' von fremden Schiffen angegriffen und der Doktor versteckt die ''Voyager'' in einem Nebel. Die übrige Besatzung wird von den fremden Schiffen entführt und auf den Planeten [[Quarra]] gebracht. Dort wird das Gedächtnis der Crew verändert und diese , so dass sie glauben glücklich auf Quarra zu leben und zu arbeiten. Inzwischen kehrt der ''Delta Flyer'' von einer Außenmission zurück und findet die verlassene ''Voyager'' in dem Nebel vor. Dem Doktor ist es inzwischen gelungen die Strahlung zu beseitigen und einige der Schäden von dem Angriff des Angriffs zu beheben. Unter dem Kommando von Chakotay repariert der Doktor weitere Systeme der ''Voyager''. Als die ''Voyager'' Quarra erreicht, fliegen Chakotay und Neelix mit der [[Baxial|''Baxial'']] zu dem zum Planeten, um dort nach den vermissten Crewmitgliedern zu suchen. Doch währenddessen streiten sich Kim und der Doktor , wer nun das Kommando über die ''Voyager'' hat. Auf der Oberfläche gelingt es Chakotay Torres aufzuspühren aufzuspüren und diese wird zusammen mit Neelix an Bord der ''Voyager'' zu beamen. Plötzlich tauchen Sicherheitskräfte auf und verfolgen Chakotay, während die ''Voyager'' im Orbit angegriffen wird. ({{VOY|Arbeiterschaft, Teil I}}) [[Datei:Kim und der Doktor im Bereitschaftsraum.jpg|thumb|Der Doktor und Harry Kim streiten, wer das Kommando über die USS ''Voyager'' hat.]]

[[Datei:Chakotay gelingt es zwar den Wächtern zu entkommen, allerdings wird er dabei verletzt. Währenddessen gelingt es dem Doktor dank seines taktischen Wissens die angreifende Schiffe außer Gefecht zu setzen und die ''Voyager'' entkommt den Angreifern. Der Doktor versteckt die ''Voyager'' in einem Krater auf einem Mond. Dort können Kim und Neelix die Reparaturen fortsetzen, während der Doktor sich um Torres kümmert. Neelix hilft Torres ihre Erinnerungen wieder zu finden. Auf Quarra gelingt es Chakotay inzwischen das Vertrauen von Janeway zu gewinnen, doch plötzlich tauchen Fremde auf und nehmen Chakotay gefangen. Die Entführer zwingen Chakotay die ''Voyager'' mit einer falschen Nachricht in eine Falle zu locken. Zur selben Zeit überlegt der Doktor im Bereitschaftsraumdauerhaft ein Kommandohologramm zu sein, da er große Freude an diesem Beruf hat und er bittet Kim nach dieser Mission einen neuen Doktor zu programmieren.jpg|thumb|Der Doch plötzlich erhält die ''Voyager'' den falschen Notruf von Chakotay. Die ''Voyager'' begibt sich zum Planeten und erhält plötzlich eine Nachricht von Janeway. Janeway ist erstaunt, dass der Doktor und Harry Kim streiten wer das Kommando über sie als Captain bezeichnen, doch die beiden bestätigen Chakotays Aussagen gegenüber Janeway. Unerwartet tauchen wieder fremde Schiffe auf und greifen die USS ''Voyager'' an. Diesmal gelingt es Kim die Angreifer auszutricksen und die Schiffe werden schwer beschädigt. Nachdem Janeway auf dem Planeten die Schildemitter deaktiviert hat, können Kim und der Doktor die gesamte Crew wieder an Bord beamen. Der Doktor hilft beim Wiederherstellen der Erinnerungen der Crew und übergibt schweren Herzens das Kommando wieder an Janeway.]]({{VOY|Arbeiterschaft, Teil II}})