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Bei der Behandlung von Fähnrich Wildman, grübelt diese über einen Namen für ihr Kind nach. Der Doktor kann bestätigen, dass es schwer ist einen passenden Namen zu finden, da er für sich noch immer keinen Namen gefunden hat. Kes schlägt den Namen [[Benaren]] vor, da ihr Vater so hieß, der Doktor beklagt sich daraufhin, dass Kes ihm den Namen nie vorgeschlagen habe. Einige Zeit später behandelt der Doktor Torres, nachdem diese die Waffe [[ATR-4107]] vernichtet, welche den Planeten [[Rakosa V]] bedroht hat. ({{VOY|Der Flugkörper}})
Wenige Wochen später erreicht ein Notruf die ''Voyager'' und die Bewusstlose Vidiianerin [[Denara Pel]] wird auf die Krankenstation gebeamt. Der Doktor versucht diese zu Behandeln, aber ihr [[Gehirn]] zeigt aufgrund ihrer Erkrankung, welche auch die [[Fresszelle]] genannt, wird schwere Schäden. Um sie zu retten, transferiert der Doktor mit Hilfe eines vidiianischen [[Implantat]]s ihr Bewusstsein in den holographischen Emitter und erzeugt eine Hologramm von ihr. Denara Pel ist begeistert von ihrem neuen Körper und der Doktor und sie beginnen den echten kranken Körper von Denara Pel zu behandeln. Während ihrer gemeinsamen Arbeit fragt Denara Pel den Doktor nach seinen Namen, doch der Doktor erwähnt, dass er keinen Namen hat. Als Denara Pel nach Freizeitaktivitäten fragt, führt der Doktor sie ins Holodeck ins Chez Sandríne aus. Bei diesen Abend kommen sich die beiden näher und Denara Pel gibt dem Doktor einen Namen <q>Shmullus</q>, nach ihrem Onkel [[Shmullus]], welcher Denara Pel wie der Doktor zum Lachen gebracht hat. Mit der Zeit bemerkt der Doktor, dass er sich in Dennara Denara Pel verliebt hat. Da der Doktor in Sachen Liebe sehr unerfahren ist, geht er schroff auf sie zu und sagt, dass er sich verliebt hat, doch darauf wird er von ihr abgewiesen. Niedergeschlagen wendet sich der Doktor an Tom Paris, um einen Ratschlag zu bekommen, wie man eine Frau vergisst. Als Paris jedoch bemerkt, dass der Doktor an schweren Liebeskummer leidet, beschließt dieser dem Doktor zu helfen. Paris erschafft ein Holoprogramm für den Doktor und dieser führt dort Denara Pel aus. Bei diesem Rendezvous küssen sich die beiden schließlich. Nach diesem Romantischen Abend stellt der Doktor fest, dass der reale Körper von Denara Pel vergiftet worden ist und es stellt sich heraus, dass es Denara Pel selbst gewesen ist, die ihren Körper vergiftet hat. Denara Pel wünscht ihren holographischen Körper behalten, aber der Doktor macht ihr klar, dass sie in ihre Welt zurück muss, damit sie auch ihr Volk helfen kann und schließlich transferiert er ihr Bewusstsein wieder zurück in ihren Körper. Den restlichen Flug zu Denara Pels Kolonie verbringen der Doktor und Denara Pel zusammen und der Doktor hat sogar für sie das Tanzen gelernt. ({{VOY|Lebensanzeichen}})
[[Datei:Der Doktor fällt aus.jpg|thumb|left|Das Programm des Doktors droht auszufallen.]]
Nachdem Kes bei einem Landurlaub auf [[Nicani]] in einem Heiligtum von einer Energieentladung getroffen wird, fällt diese ins [[Koma]]. Der Doktor kann jedoch nichts für Kes tun. Captain Janeway muss ein Ritual auf der Oberfläche von Nicani durchführen und ihr gelingt es nach dem Ritual Kes zu retten. ({{VOY|Das Ritual}})
Wenige Wochen später erscheint eine temporäre Verzerrung und ein Föderationsschiff aus dem [[29. Jahrhundert]] erscheint durch diese. Captain [[Braxton]] hat mit seinem [[Zeitschiff]] [[Aeon|''Aeon'']] den Auftrag die ''Voyager'' zu vernichten, da diese scheinbar für die Vernichtung des [[Sol-System]]s im 29. Jahrhundert verantwortlich ist. Doch Janeway will dies nicht einfach so hinnehmen und kämpft gegen die ''Aeon''. Dabei werden beide Schiffe in die temporale Verzerrung gezogen und die ''Voyager'' landet im Jahr [[1996]] auf der Erde. Die ''Aeon'' dagegen stürzt auf die Erde im Jahr [[1967]] und das Schiff wird von [[Henry Starling]] geborgen, welcher sich mit der geborgenen Technologie ein Wirtschaftsimperium aufbaut. Janeway erkennt, dass Baxton Braxton mit dem gestohlenen Zeitschiff, die Katastrophe im 29. Jahrhundert auslösen wird. Als Starling von der ''Voyager'' im Orbit der erfährt, stiehlt dieser mit der Technologie des 29. Jahrhunderts Daten aus dem Computer der ''Voyager'', darunter auch das Programm des Doktors. Der Doktor befindet sich nun in der Gewalt von Starling. ({{VOY|Vor dem Ende der Zukunft, Teil I}})
[[Datei:Der Doktor kämpft gegen den Makrovirus.jpg|thumb|left|Der Doktor kämpft gegen den Makrovirus.]]
Der Doktor bekommt von Starling einen [[Mobiler Emitter|mobilen Emitter]] aus dem 29. Jahrhundert und mit diesem Gerät kann der Doktor sich außerhalb der Krankenstation und des Holodecks bewegen. Starling fordert vom Doktor informationen Informationen über Janeway, doch der Doktor schweigt. Darauf greift Starling in die Programmirung Programmierung des Doktors ein und beginnt diesen zu foltern, um an die Informationen zu gelangen. Später gelingt es dem Doktor Starling zu entkommen und trifft sich mit Paris, Tuvok und [[Rain Robinson]]. Als kurz darauf Torres und Chakotay von Anarchisten gefangen genommen werden, begeben sich Tuvok und der Doktor nach [[Arizona]], um diese zu befreien. Der Doktor dringt in das Gebäude ein und wird beschossen, da ihn aber Kugeln nichts anhaben können gelingt er die Anarchisten zu überwältigen und Chakotay und Torres zu befreien. Janeway gelingt es inzwischen Starling und das Zeitschiff zu vernichten und kann so die Katastrophe im 29. Jahrhundert verhindern. Plötzlich erscheint Captain Braxton wieder mit seinem Zeitschiff und bringt die ''Voyager'' zurück ins Jahr 2373 in den Delta-Quadrant. ({{VOY|Vor dem Ende der Zukunft, Teil II}})
Die ''Voyager'' erhält von einen schwer beschädigten [[Ilari-Raumschiff]] einen Notruf und beamt drei Überlebende an Bord der Krankenstation. Doch der Doktor kann für einen der Überlebenden nichts tun und dieser stirbt. Doch bevor dieser stirbt transferiert dieser seinen Geist in den Körper von Kes. Später gelingt es Kes von dem Geist des Diktators [[Tieran]] zu befreien. ({{VOY|Der Kriegsherr}})
[[Datei:Janeway und der Doktor betrachten einen Dinosaurier.jpg|thumb|left|Der Doktor und Janeway untersuchen die Vorfahren der Voth auf dem Holodeck.]]
Wenige Wochen später erschafft sich der Doktor eine holographische Familie. In dem Holoprogramm [[Familienprogramm Beta-Rho]] har hat er eine Frau [[Charlene]] und zwei Kinder [[Jeffrey]] und [[Belle]]. In dem Programm heißt der Doktor [[Kenneth]]. Der Doktor erschafft sich die perfekte Familie in der er von seiner Familie verehrt wird. Als der Doktor Torres und Kes zum Abendessen bei seiner Familie einlädt, erklärt Torres, dass diese Familie zu Perfekt ist und das es so eine Familie nicht gibt. Darauf programmiert Torres das Programm um, damit die Familie realer wirkt. Doch als der Doktor seine neue Familie trifft ist dieser geschockt, er streitet sich mit seiner Frau und seinen Kindern. Vor allem mit seinen Sohn Jeffrey gerät der Doktor in schwere Streitereien, wegen seiner Musik und vor allem wegen seinen klingonischen Freunden. Doch als später Belle beim Training verletzt versucht er diese zu Behandeln, doch er kann nichts für sie tun und sie liegt im sterben. Der Doktor bricht darauf das Programm ab, da er den Schmerz über seine sterbende Tochter nicht ertragen zu kann. Doch Paris gelingt es den Doktor davon zu überzeugen das Programm fortzuführen. Der Doktor erlebt den schmerzhaften Verlust seiner Tochter und den Zusammenhalt seiner Familie, um den Schmerz zu verarbeiten. ({{VOY|Das wirkliche Leben}})
[[Datei:Der Ausgang ist gefunden.jpg|thumb|Der Doktor und die Crew gefangen in einem Habitat der Nyrianer.]]
Einige Zeit später empfiehlt der Doktor, dass Seven of Nine ihre erste richtige Nahrung zu sich nehmen darf. Doch bei ihrer ersten Nahrungsaufnahme, hat sie seltsame Erinnerungen an die Borg und plötzlich aktivieren sich einige Borg Implantate in ihr und Seven verliert die Kontrolle über sich. Seven flieht mit einem Shuttle von der ''Voyager''. Der Doktor entwickelt ein Mittel, welches die Produktion ihrer Nanosonden stoppt, um sie so aufhalten zu können. Es stellt sich heraus, dass ein Borgsignal, welches von Sevens ehemaligen Schiff der [[USS Raven|USS ''Raven'']] stammt. Nachdem es gelungen ist dieses Signal zu deaktivieren kehrt Seven auf die ''Voyager'' zurück. Der Doktor deaktiviert darauf ein Implantat in Sevens Körper, damit sich nicht mehr solche Signale empfangen kann. ({{VOY|Der schwarze Vogel}})
Kurze Zeit später zeigen einige Crewmitglieder seltsame KrankheitssyntomeKrankheitssymptome . Janeway leidet unter schweren [[Kopfschmerz]]en und anfangs vermutet der Doktor, dass diese durch viel Stress ausgelöst worden sind. Doch plötzlich beginnen Chakotay und Neelix an genetische Mutationen zu leiden und der Doktor versucht heraus zu finden woher diese Mutationen stammen. Der Doktor findet bei seinen Untersuchungen heraus, dass die DNS von Neelix und Chakotay manipuliert worden ist. Plötzlich wird das Programm des Doktors aus dem Computer gelöscht, doch dem Doktor gelingt es im letzten Moment aufs Holodeck zu transferieren. Der Doktor versteckt sich darauf in einem Holoprogramm, als es an Bord zu immer mehr Mutationen kommt. Der Doktor nimmt heimlich Kontakt zu Seven of Nine auf und berichtet ihr von der Manipulation der DNS und erklärt ihr einen Weg diejenigen welche dafür verantwortlich sind aufzuspüren. Seven of Nine findet heraus, dass sich Fremde an Bord befinden und Experimente mit der Crew durchführen und ihr gelingt es eine dieser Fremde zu enttarnen. Die [[Srivani]] erklären ihre Experimente fortzuführen oder sie töten ansonsten die gesamte Crew. Um die ''Voyager'' zu retten, durchfliegt Janeway die ''Voyager'' durch einen [[Pulsar|binären Pulsar]]. Da die Srivani glauben, die ''Voyager'' wird durch den Pulsar vernichtet, fliehen diese von Bord. Nachdem die Srivani verschwunden sind, kann der Doktor die genetischen Mutationen stoppen. ({{VOY|Verwerfliche Experimente}})
[[Datei:Wiederbelebung von Neelix.jpg|thumb|Seven of Nine und der Doktor versuchen Neelix wieder zu beleben.]]
[[Datei:Der Doktor behandelt Fesek.jpg|thumb|left|Der Doktor behandelt Fesek.]]
Als Harry Kim eine sexuelle Beziehung mit der [[Varro]] [[Derran Tal]] hat, fängt seine Haut plötzlich an zu luminiszierenlumineszieren. Kim begibt sich darauf zum Doktor und dieser untersucht ihn. Da sich der Doktor nicht erklären kann, woher das leuchten der Haut kommen, ist Kim gezwungen dem Doktor von seiner Beziehung mit Derran Tal zu berichten. Der Doktor behandelt darauf Kim, ist allerdings auch gezwungen diesen Vorfall den Captain zu melden. ({{VOY|Das Generationenschiff}})
Wenige Wochen später gerät die ''Voyager'' in den [[Chaosraum]] und ist darin gefangen. Zu dieser Zeit leidet Commander Chakotay und Halluzinationen und Wahnvorstellungen und der Doktor versucht ihn darauf zu behandeln. Doch in Wirklichkeit versuchen die [[Chaoswesen|Wesen, welche im Chaosraum leben]] Kontakt mit Chakotay aufzunehmen. Chakotay lässt dies schließlich zu, auch wenn er Angst hat davon Wahnsinnig zu werden. Der Doktor überwacht Chakotay während dieser Zeit. Die Chaoswesen zeigen schließlich Chakotay eine Möglichkeit den Chaosraum zu verlassen und schließlich gelingt dies der ''Voyager'' auch. ({{VOY|Der Fight}})
Nachdem es Lieutenant Reginald Barclay gelungen ist von der Erde aus Kontakt mit der ''Voyager'' aufzunehmen, feiert die Crew der ''Voyager'' dieses Ereignis im Kasino. Der Doktor hat nebenher einige Untersuchungen über Barclay betrieben und herausgefunden, dass er unter vielen Phobien leidet. Trotzdem wird Barclay zum Ehrencrewmitglied der ''Voyager'' ernannt. ({{VOY|Das Pfadfinder-Projekt}})
Wenige Wochen später nähert sich der ''Voyager'' eine [[Neutronenwellenfront]], da das Schiff dieser nicht entkommen kann, durchfliegt die ''Voyager'' diese. Die ''Voyager'' baut ein umgekehrtes Warpfeld auf, um der Wellenfront zu Wiederstehen. In dieser Zeit wird das Schiff ziemlichen Turbulenzen ausgesetzt und kann die Reise vorerst nicht fortsetzen. Zu der Zeit spielt die Crew ein von Paris [[Paris 042|neu erschaffenes Holodeckprogramm]], welches in der [[Irland|irische]] [[Stadt|Kleinstadt]] [[Fair Haven]] im [[19. Jahrhundert]] spielt. Der Doktor übernimmt in diesem Holoprogramm die Rolle eines [[Priester]]s, welcher zu dieser Zeit mit zu den wichtigsten Persönlichkeiten in der Stadt zählt. Während die ''Voyager'' weiter in der Wellenfront festsitzt, muss der Doktor die Crew gegen die Strahlung impfen und Synthome Symptome der Raumkrankheit behandeln. Zu der Zeit verliebt sich Captain Janeway in die Holofigur [[Michael Sullivan]]. Als dies der Doktor bemerkt bietet er Janeway seine Hilfe an, doch Janeway ist dies peinlich, da ein Hologramm keine reale Figur ist. Doch der Doktor erklärt ihr, dass es einfach nur wichtig ist, dass Janeway Sullivan liebt, ob dieser nun Real oder ein Hologramm ist. Nachdem die ''Voyager'' die Wellenfront verlassen hat, entscheidet sich Janeway diese Beziehung vorerst nicht fortzusetzen. ({{VOY|Fair Haven}})
[[Datei:Der Doktor zurück auf der Voyager.jpg|thumb|left|Der Doktor kehrt nach drei Jahren zurück auf die ''Voyager''.]]
Wenige Wochen später begleitet der Doktor Harry Kim und Seven of Nine auf eine Außenmission im neuen [[Delta Flyer II|''Delta Flyer'']]. Plötzlich wird der ''Flyer'' von dem [[Lokirrim]] angegriffen, welche keine Hologramme in ihrem Territorium dulden und mit ihren Waffen den Doktor vernichten wollen. Doch der Doktor transferiert sein Programm in die Implantate von Seven of Nine und kann sich so vor den Lokirrim verstecken. Der Doktor hat nun die Kontrolle über den Körper von Seven of Nine und erlebt zum ersten mal wie es ist seine Sinne zu nutzen und er bemerkt, dass Kim sehr nach [[Schweiß]] riecht. Kim und Seven of Nine werden von den Lokirrim verhaftet und in eine Zelle gebracht. Währenddessen genießt der Doktor das erstmal wie es ist etwas zu essen, doch Kim denkt nur an die Flucht. Kurz darauf wird Seven of Nine zum Kommandanten [[Ranek]], welcher sich über die genaue Mission des ''Flyers'' erkundet. Doch Seven of Nine zeigt Ranek die Funktionen des ''Flyers'' und repliziert einen [[New Yorker Käsekuchen]] und als diesen Seven of Nine probiert, bemerkt der Doktor in ihr wie köstlich dieser schmeckt und darauf gönnt sich der Doktor im Körper von Seven of Nine einige Portionen von dem Kuchen und probieren weitere Gerichte aus. Die beiden trinken auch zusammen Wein und Seven of Nine ist leicht angetrunken. Dadurch bekommt Seven of Nine den mobilen Emitter und der Doktor verlässt wieder ihren Körper. Doch Seven of Nine ist sehr verärgert, was der Doktor mit ihren Körper getan hat. Als die Lokirrim zu Seven of Nine zurück kommen, transferiert sich der Doktor wieder in ihren Körper. Als Ranek zu Seven of Nine kommt, will dieser sie küssen, doch der Doktor in ihrem Körper stößt Ranek entsetzt fort. Doch später nutzt Seven of Nine die Flirt versuche, um Ranek außer Gefecht zu setzen und der Doktor schickt heimlich eine Nachricht an die ''Voyager''. Seven of Nine wird darauf von Ranek gefangen genommen, als die ''Voyager'' auftaucht. Captain Janeway fordert die Freilassung der Gefangenen und bei dem Kampf wird Ranek verletzt. Inzwischen hat der Doktor den Körper von Seven of Nine verlassen und er beginnt Ranek zu behandeln. Nachdem der Doktor das Leben von Ranek gerettet hat, dürfen er, Kim und Seven of Nine zurück auf die ''Voyager''. An Bord der ''Voyager'' lädt Seven of Nine dem Doktor zu essen ein. Da der Doktor nicht essen kann, beschreibt Seven of Nine ihm die Sinne und dem Genuss. ({{VOY|Körper und Seele}})
[[Datei:Der Doktor bei den Hologrammen.jpg|thumb|Der Doktor bei Idens Hologrammen.]]
Während die ''Voyager'' auf der Oberfläche eines Planeten überholt wird, kümmert sich Icheb um die Krankenstation, da es dort auch einige technische Mängel gibt. Icheb holt sich dort vom Doktor einige Ratschläge über Romantische Beziehungen und wie man sich dabei verhalten soll. ({{VOY|Nightingale}})
Einige Zeit später wird der Doktor auf ein Symposium der [[Ovioner]] eingeladen und soll dort einen Vortrag über im Weltraum lebender Krankheitserreger vortragen. Doch als der Doktor dazu Urlaub beantragt lehnt Chakotay dies ab, da die ''Voyager'' einen Zweiwöchigen Umweg in Kauf nehmen müsste. Kurz darauf erhält die ''Voyager'' einen Notruf der Hirogen und ein Außenteam beamt auf eine [[Hirogen-Trainingseinrichtung|Raumstation der Hirogen]]. Doch dort finden diese nur noch tote Hirogen vor, mit Ausnahme des Hirogen [[Donik]]. Dieser wird auf die ''Voyager'' gebeamt und gerät in Panik, als er sieht, dass der Doktor ein Hologramm ist. Donik berichtet, dass die Raumstation ein Trainingslager der Hirogen ist und diese mit Hologramme trainieren. Doch die Hologramme haben die Kontrolle übernommen und alle Hirogen auf der Station getötet, darauf sind die Hologramme auf ein Schiff mit Holoemittern geflohen. Da Donik panisch auf den Doktor reagiert, deaktiviert Janeway diesen. Die ''Voyager'' beginnt darauf gemeinsam mit einen weiteren Hirogen-Schiff das Schiff der Hologramme zu verfolgen. Doch das Schiff der Hirogen gerät in eine Falle, wird zerstört und die Überlebenden werden an Bord der ''Voyager'' gebeamt. Währenddessen wird der Doktor von den Hologrammen auf ihr Schiff transferiert. Dort trifft der Doktor auf ein Hologramm, welches sich [[Iden]] nennt und dieser bittet den Doktor um Hilfe. Der Doktor hilft schließlich aufgrund seiner Erfahrung bei der Reparatur der Hologramme. Darauf berichtet Iden dem Doktor, dass er Hologramme aus der Gewalt von Organischen befreit und ihnen ein Leben in Freiheit schenkt. Iden versucht den Doktor bei seinem Volk den Hologrammen zum bleiben zu bewegen, doch der Doktor will auf die ''Voyager'' zurück. Auf der ''Voyager'' setzt sich der Doktor für die Rechte der Hologramme an Bord des anderen Schiffes ein, doch Janeway will diesen nicht helfen und sie lieber deaktivieren. Als der Doktor erkennt, dass Janeway die Hologramme lieber deaktivieren als helfen will, beamt er zurück zu den Hologrammen und hilft Iden die ''Voyager'' bei ihren Vorhaben zu stoppen. ({{VOY|Fleisch und Blut, Teil I}})
[[Datei:Der Doktor jagt Iden.jpg|thumb|left|Der Doktor jagt Iden.]]
Mit Hilfe des Doktors kann verhindert werden, dass die ''Voyager'' die Hologramme deaktiviert. Doch dabei wird die ''Voyager'' schwer beschädigt. Da die Hologramme Hilfe bei der Reparatur benötigen, entführt Iden gegen den Willen des Doktors Torres auf sein Schiff. Torres hilft nur widerwillig, aufgrund ihrer Entführung, den Hologrammen und auch der Doktor beginnt langsam an Iden zu zweifeln. Als sich Iden später sogar als Gott der Hologramme ansieht und eine [[Religion]] über sich aufbauen will, erkennt der Doktor das Iden wahnsinnig ist. Die letzte Bestätigung bekommen der Doktor und Torres, als Iden ein unbewaffnetes Schiff der [[Nuu'Bari]] angreift und dieses wegen ein paar primitiven Hologrammen vernichtet. Schließlich erreichen die Hologramme einen Klasse Y Planeten, welchen Iden [[Ha'dara]] nennt. Zur selben Zeit erreichen auch die ''Voyager'' und die Hirogen den Planeten. Iden beamt einen Hologenerator und die Hirogen auf die Planetenoberfläche und beginnt dort mit den Hologrammen die Hirogen zu jagen. Da der Doktor nicht mitmachen will an diesem Massaker, deaktiviert er den Doktor und sperrt Torres in den Arrest. Zur gleichen Zeit bekommt Torres Hilfe von dem cardassianischen Hologramm [[Kejal]]. Diese deaktiviert die Hologramme auf der Oberfläche mit Ausnahme von Iden, da dieser den mobilen Emitter besitzt. Darauf wird der Doktor wieder aktiviert und auf den Planeten transferiert. Dort kann der Doktor Iden aufhalten die Hirogen zu töten, indem er das Programm von Iden vernichtet. Danach werden der Doktor, Torres und die Überlebenden Hirogen wieder an Bord der ''Voyager'' gebeamt. Donik und Kejal kümmern sich um die defekten Programme auf dem Schiff der Hologramme. Nach dieser Mission schämt sich der Doktor für sein Verhalten und will Janeway sogar seinen Emitter übergeben und auf seine ursprüngliche Programmierung zurückstellt werden. Doch Janeway erkennt, dass der Doktor genau so Fehlerhaft ist wie jeder andere aus Fleisch und Blut und wünscht nur einen Bericht über diese Außenmission. ({{VOY|Fleisch und Blut, Teil II}})
[[Datei:Der Doktor als Geisel.jpg|thumb|Der Doktor als Geisel von Iko.]]
Wenige Wochen später stellt der Doktor fest, dass Torres schwanger ist. Da das Baby eine leichte Krümmung der [[Wirbelsäule]] hat, behandelt der Doktor diese, damit sich das Baby normal entwickelt. Als Torres eine holografisches Bild sieht, ist diese entsetzt das ihr Kind auch klingonische Wülste wie sie hat. Torres will die DNS des Kindes verändern lassen, damit dieses menschlich aussieht. Doch Paris und auch der Doktor sind dagegen. Schließlich bittet Torres Captain Janeway den Doktor es zu befehlen, dass der Doktor die DNS ihres Kindes verändert, aber auch Janeway ist dagegen. Schließlich programmiert Torres den Doktor so um das dieser doch die DNS des Kindes verändern will. Als Paris aber erkennt, dass das Programm des Doktors verändert worden ist, lässt er diesen sofort deaktivieren bis der Fehler an ihm behoben ist. Paris gelingt es Torres zu überzeugen ihr Kind so zu lassen wie es ist. Später behebt Torres die Programmierung beim Doktor und entschuldigt sich bei diesen dafür. Torres wünscht sich vom Doktor, dass er der Pate ihres Kindes wird und der Doktor empfindet dies als große Ehre. ({{VOY|Abstammung}})
[[Datei:Der Doktor behandelt T'Greth.jpg|thumb|left|Der Doktor behandelt T'Greth.]]
Als die ''Voyager'' einen Notruf von einem [[nygeanisches Gefangenenschiff]] erhält, wird die Besatzung an Bord der ''Voyager'' gebeamt. Doch bei den Überlebenden handelt es sich um Gefangene und ihre Wärter. Die meisten werden gleich unter Arrest genommen, doch einem Gefangenen namens [[Iko]] gelingt es auf der Krankenstation Seven of Nine als Geisel zu nehmen. Tuvok und ein Sicherheitsteam versuchen Iko aufzuhalten und Seven of Nine kann entkommen. Darauf nimmt dieser den Doktor als Geisel. Doch da der Doktor ein Hologramm ist, kann Iko diesen nichts anhaben und durchdringt mit seinem Messer die Matrix des Doktors ohne das ihn etwas geschiet. Darauf schießt Tuvok auf Iko und durch den Phaser wird das Programm des Doktors leicht beschädigt. Die ''Voyager'' bringt die Gefangenen zur Heimatwelt der [[Nygeaner]] wo diese für ihre Verbrechen hingerichtet werden sollen. Der Doktor ist gegen die Todesstrafe und gerät deswegen in eine heftige Diskussion mit Seven of Nine. Später wird Iko durch einen der Wächter schwer verletzt und dieser wird vom Doktor und einigen Nanosonden von Seven of Nine behandelt. Doch durch diese Behandlung entwickelt Iko ein Gewissen und der Doktor erkennt, dass Iko durch einen genetischen Defekt zum Mörder geworden ist. Der Doktor und Seven of Nine setzten sich dafür ein, dass Iko nun nicht mehr hingerichtet wird, doch die Familie von Ikos Opfern will weiterhin seinen Tod und schließlich wird Iko hingerichtet. ({{VOY|Reue}})
[[Datei:Der Doktor und die Phantome.jpg|thumb|Der Doktor und die Phantome.]]
Wenig später nimmt die ''Voyager'' eine Gruppe von Klingonen auf, welche auf der Suche nach der [[Kuvah'Magh]] sind. Die Klingonen vernichten ihr eigenes Schiff und beamen auf die ''Voyager'', da [[Kohlar]] vermutet, dass das Kind von Torres die Kuvah'Magh ist. Doch diese Klingonen leiden an einer Krankheit welche sie als [[Nehret]] bezeichnen und unter Klingonen ansteckend ist. Der Doktor stellt fest, dass sich auch Torres mit dieser Krankheit infiziert hat. Doch mit Hilfe von Antigenen aus dem Blut des Kindes gelingt es dem Doktor ein Heilmittel gegen das Nehret zu finden und so bewahrheitet sich schließlich auch die Legende um die Kuvah'Magh. Die Klingonen siedeln kurz darauf auf einen unbewohnten Planeten. ({{VOY|Die Prophezeiung}})
Einige Zeit später wird die ''Voyager'' durch eine Anomalie in eine Region gezogen, welche als [[Die Leere (Anomalie)|die Leere]] bezeichnet wird. Trotz mehrere Versuche kann die ''Voyager'' nicht aus dieser Anomalie entkommen. Zu der Zeit begibt sich ein verletzter [[Bewohner der Leere]] auf die ''Voyager'' und der Doktor behandelt diesen. Dem Doktor gelingt es sogar mit Hilfe von Musik mit dem Fremden, welchen er [[Phantom (Bewohner der Leere)|Phantom]] nennt, zu kommunizieren. Auch weitere Mitglieder dieser Spezies erlernen auf der ''Voyager'' mit Hilfe der Musik eine Sprache und der Doktor ist sehr begeistert davon. Später gelingt es Janeway mit weiteren Schiffen, welche in dieser Anomalie gefangen sind eine Allianz zu gründen. Gemeinsam mit den anderen Schiffen und der Phantome gelingt es der ''Voyager'' und den anderen Schiffen aus der Allianz dieser Anomalie zu entkommen. ({{VOY|Die Leere}})
Ein paar Wochen später stößt die ''Voyager'' auf eine Subraummine und das Schiff wird verstrahlt. Der Doktor muss die Crew behandeln, doch Janeway beschließt die ''Voyager'' zu evakuieren. Janeway aktiviert den Doktor als Notfall-Kommando-Hologramm, welcher die Strahlung beseitigen soll. Doch plötzlich wird die ''Voyager'' von fremden Schiffen angegriffen und der Doktor versteckt die ''Voyager'' in einem Nebel. Die übrige Besatzung wird von den fremden Schiffen entführt und auf den Planeten [[Quarra]] gebracht. Dort wird das Gedächtnis der Crew verändert und diese glauben glücklich auf Quarra zu leben und zu arbeiten. Inzwischen kehrt der ''Delta Flyer'' von einer Außenmission zurück und findet die verlassene ''Voyager'' in dem Nebel vor. Dem Doktor ist es inzwischen gelungen die Strahlung zu beseitigen und einige der Schäden von dem Angriff zu beheben. Unter dem Kommando von Chakotay repariert der Doktor weitere Systeme der ''Voyager''. Als die ''Voyager'' Quarra erreicht, fliegen Chakotay und Neelix mit der [[Baxial|''Baxial'']] zu dem Planeten, um dort nach den vermissten Crewmitgliedern zu suchen. Doch währenddessen streiten sich Kim und der Doktor wer nun das Kommando über die ''Voyager'' hat. Auf der Oberfläche gelingt es Chakotay Torres aufzuspühren und diese wird zusammen mit Neelix an Bord der ''Voyager'' zu beamen. Plötzlich tauchen Sicherheitskräfte auf und verfolgen Chakotay, während die ''Voyager'' im Orbit angegriffen wird. ({{VOY|Arbeiterschaft, Teil I}})
=== 2378 ===
Barclay arbeitet 2376 beim Pfadfinder-Projekt und ihm gelingt es dabei auch eine Botschaft zur ''Voyager'' in den Delta-Quadranten zu schicken. Nach diesen Ereignissen versucht der Doktor alles über Barclay heraus zu finden. ({{VOY|Das Pfadfinder-Projekt}})
Ende 2376 reist der Doktor mit Hilfe des Datenstroms der Sternenflotte zurück in den Alpha-Quadranten, um dort seinen Schöpfer Doktor Zimmerman zu behandeln. Doch Doktor Zimmerman will sich nicht vom Doktor behandeln lassen. Der Doktor klagt darauf sein Leid bei Barclay, doch dieser kann auch nichts tun um den Streit zwischen den beiden zu schlichten. Später wendet Barclay eine List an, um den Doktor und Zimmerman dazu zu bringen zusammen zu arbeiten. Er programmiert den Doktor so um, dass er aussieht das sein Programm defekt ist. Zimmerman ist gezwungen so den Doktor zu helfen und beide kommen ins Gespräch. Darauf beginnt Zimmerman den Doktor zu vertrauen und wird von diesem behandelt. Darauf kehrt der Doktor zurück in den Delta-Quadranten. ({{VOY|Rettungsanker}})
Da der Doktor Barclay als einen guten Freund betrachtet, ist dieser sehr erfreut als Barclay 2377 ein Hologramm von sich auf die ''Voyager'' schickt. Doch dieses Hologramm wurde von den Ferengi umprogrammiert und der Doktor hat ziemliche Probleme mit dem Hologramm von Barclay. Später wird das Hologramm von Barclay deaktiviert, als dieses versucht hat Seven of Nine zu entführen. ({{VOY|Eingeschleust}})
=== Liebesbeziehungen ===
Der Doktor veranstaltet zum Leidwesen der Crew viele Holophoto-Präsentationen, in der er seine Bilder ausstellt. Während sich Captain Janeway und einige Offiziere eine dieser Präsentationen ansehen müssen, bittet sie Chakotay den [[Gelber Alarm|gelben Alarm]] auszulösen, damit sie und ihre Offiziere frühzeitig diese Präsentation verlassen können. Jedoch aktiviert Chakotay den Alarm ziemlich spät, damit Janeway und die anderen ebenfalls wie er in den Genuss kommen sich die komplette Präsentation anzusehen. ({{VOY|Inhumane Praktiken}})
Außerdem verwendet der Doktor seine Holokammara Holokamera um anatomische Aufnahmen von der Crew zu machen, welche ihm bei seinen Untersuchungen helfen. ({{VOY|Verborgene Bilder}})
Als der Doktor mit seiner Kamera den Maschinenraum fotografieren will, nervt dieser Torres damit so sehr, dass Torres seine Kamera nimmt und zerstört. Später entschuldigt sich Torres beim Doktor und repliziert ihm eine neue Kamera. ({{VOY|Verheerende Gewalt}})
