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Mit Hilfe eines [[Hirogen-Kommunikationsnetzwerk|Kommunikationsnetzwerkes]] einer unbekannten Spezies entdeckt Seven of Nine ein Föderationsraumschiff. Mit dem Netzwerk versucht die ''Voyager'' Kontakt zum dem Schiff, welche sich an der Grenze zum Alpha-Quadrant befindet, aufzunehmen. Aber das Signal ist zu schwach und kommt zu den Schiff nicht durch. Captain Janeway beschließt ein stärkeres Signal durch das Netzwerk zu transferieren. Janeway schickt darauf den Doktor durch das Netzwerk in den Alpha-Quadrant. Der Doktor transferiert sich auf die [[USS Prometheus (Prometheus-Klasse)|USS ''Prometheus'']] und aktiviert sich darauf dort auf der Krankenstation. doch der Doktor findet nur tote Crewmitglieder vor. Der Doktor erfährt schließlich, dass die Romulaner das Schiff übernommen haben. Der Doktor aktiviert darauf das MHN der ''Prometheus''. Dieses MHN gehört zum MHN-Modell II und der Doktor versucht mit dem MHN II die ''Prometheus'' zurück zu erobern. Doch die beiden geraten häufig in Streitereien, da das MHN II den Doktor für ein primitives Programm hält. Doch der Doktor berichtet von seinen Erfahrungen und Erlebnissen und das er sogar schon [[Sex]] gehabt hat. Das MHN II hält das jedoch nicht für möglich, doch der Doktor erklärt, dass er seinem Programm eine Kleinigkeit hinzugefügt hat, um Sex haben zu können. Beide versuchen mit [[Neurozin-Gas]] die Romulaner zu betäuben, doch dabei wird der Doktor gefangen genommen. Doch dem MHN II gelingt es das Gas zu verteilen und damit die Romulaner zu betäuben. Beide begeben sich darauf auf die Brücke und versuchen die Kontrolle über die Steuerung zu übernehmen. Plötzlich melden die Sensoren, dass sich drei [[Warbird]]s der [[D'deridex-Klasse]] der ''Prometheus'' nähert. Den beiden gelingt es nicht den Warbirds zu entkommen, als sich plötzlich auch weitere Schiffe der Sternenflotte nähern. Bei dem Kampf gelingt es schließlich einen der Warbirds zu vernichten und die anderen Warbirds ziehen sich zurück. Darauf beamt ein Trupp der Sternenflotte auf die ''Prometheus''. Der Doktor berichtet der Sternenflotte, dass die ''Voyager'' im Delta-Quadrant verschollen ist und er berichtet über die Erlebnisse der Crew. Die Sternenflotte tut nun alles, um die verschollene ''Voyager'' nach Hause zu holen. Danach wird der Doktor durch das Netzwerk auf die ''Voyager'' zurück transferiert. ({{VOY|Flaschenpost}})
Als ein verletzter Hiroge auf seinem Schiff von einem Außenteam der ''Voyager'' geborgen wird, wird dieser sofort auf die Krankenstation der ''Voyager'' gebracht. Der Doktor behandelt den verletzten, aber er warnt ihn, dass er ein Hologramm ist und nicht von den Hirogen angegriffen werden kann. Der Hiroge hat zu der Zeit ein Mitglied von Spezies 8472 gejagt, welches sich nun ebenfalls an Bord der ''Voyager'' befindet. Der Doktor untersucht das verletzte Mitglied von Spezies 8472, kann allerdings nicht viel für dieses tun. Als weitere Hirogen auftauchen, beamt Seven of Nine den Hirogen und das Mitglied von Spezies 8472 zu den anderen Hirogen. Zu der Zeit beginnt der Doktor mit Seven of Nine ein soziales Training, damit sie sich besser in die Crew intigrieren kann. Seven of Nine gefallen die Übungen zu beginn überhaupt nicht, aber sie übt weiterhin mit dem Doktor. ({{VOY|Die Beute}}) [[Datei:Der Doktor versucht Seven zu helfen.jpg|thumb|Der Doktor versucht Seven of Nine zu helfen.]] Nachdem Seven of Nine den Händler [[Kovin]] verletzt hat, behandelt der Doktor diesen. Später unterhält sich der Doktor mit Seven of Nine über ihr Verhalten, als diese sich diese plötzlich beginnt seltsam ängstlich zu verhalten. Der Doktor versucht mit einer Therapie die Erinnerungen von Seven of Nine zu erforschen, um heraus zu finden warum sich diese so ängstlich verhält. Bei diesen Erinnerungen erfährt der Doktor, dass Seven of Nine von Kovin entführt worden ist und ihr von ihm Borg-Technologie entwendet wurde. Der Doktor berichtet Captain Janeway von Seven of Nines Erinnerungen im Bezug auf Kovin. Janeway beginnt auf Seven of Nines Erinnerungen gegen Kovin zu ermitteln. Doch Kovin beteuert seine Unschuld, doch als die Indizien gegen ihn sprechen flieht Kovin. Bei späteren Ermittlungen stellt sich heraus, dass Kovin die Wahrheit gesagt hat und das die Erinnerungen von Seven of Nine fehlerhaft sind. Als man dies Kovin mitteilen will glaubt dieser der ''Voyager'' Crew nicht. Mit seinem Schiff greift Kovin die ''Voyager '' an, doch dabei überladen sich die Waffen von Kovins Schiff und dieses explodiert. Der Doktor macht sich darauf schwere Vorwürfe, da er mit für den Tod von Kovin verantwortlich ist. Er bittet sogar Captain Janeway ihn auf seine ursprüngliche Programmierung zurück zu setzten, damit so etwas nie mals wieder geschiet, doch Janeway verweigert dem Doktor seine Bitte, da dieser so aus seinen Fehlern lernen kann. ({{VOY|Im Rückblick}}) [[Datei:Der Doktor muss mit den Hirogen arbeiten.jpg|thumb|left|Der Doktor muss für die Hirogen arbeiten.]]
Kurze Zeit später wird die ''Voyager'' von den Hirogen angegriffen und auch von diesen erobert. Die Hirogen führen Simulationen mit der Crew auf dem Holodeck durch. Die Crew glaubt Teil der Simulation zu sein während die Hirogen ihre Opfer auf dem Holodeck jagen. In den nächsten drei Wochen muss der Doktor die verletzte Crew behandeln, bevor diese wieder aufs Holodeck gebracht werden. Als Seven of Nine verletzt wird, behandelt der Doktor diese und es gelingt ihm sie so zu programmieren, dass sie sich wieder an alles Erinnern kann. Währenddessen versucht Harry Kim, welcher für die Hiorgen auf der Brücke arbeitet die Neuralen Interphases zu deaktivieren, damit sich die Crew wieder an alles erinnert. Seven of Nine kehrt mit ihren Erinnerungen aufs Holodeck zurück und dem Doktor und Harry Kim gelingt es auch Janeways Interphase zu deaktivieren damit sie sich an alles erinnern kann. Auf dem Holodeck in der eine Simulation des [[Zweiter Weltkrieg|zweiten Weltkrieges]] läuft bricht währenddessen ein Kampf aus, in dem die Crew gegen die [[Nazi]]s kämpfen. ({{VOY|Das Tötungsspiel, Teil I}})
Da die Hiorgen überall an Bord der Holoemitter installiert haben weiten sich die Kämpfe vom Holodeck über das gesamte Schiff aus. Der Doktor bekommt es mit immer mehr verletzten zu tun. Doch Hirogen schalten den Doktor ab, da sie nun wollen, dass ihre Beute verletzt zurück bleibt. Doch Janeway transferiert den Doktor auf das Holodeck und aktiviert diesen wieder. Der Doktor ist nun in einer Klingonensimulation zusammen mit Neelix, welcher glaubt ein klingonischer Krieger zu sein. Doch es gelingt Janeway vollständig die interphases zu deaktivieren und nun erinnert sich wieder jedes Crewmitglied an alles. Janeway versucht mit ihrer Crew und einigen Hologrammen die ''Voyager'' von den Hirogen zurück zu erobern. Der Doktor und Neelix müssen sich währenddessen mit den Klingonen beschäftigen, welche wieder in den Kampf ziehen wollen. Janeway gelingt es zur selben Zeit einen Waffenstillstand mit dem Kommandanten der Hirogen auszuhandeln und die Kämpfe werden vorerst abgebrochen. Doch einige Hirogen wollen weiter kämpfen und sie töten sogar ihren Kommandanten. Danach brechen wieder die Kämpfe aus. Es kommt aus dem ganzen Schiff zu kämpfen mit der Crew, welche gegen Hirogen und holographische Nazis kämpfen. Doch Neelix und der Doktor greifen mit den holographischen Klingonen die Nazis und die Hirogen an und diese werden von den Klingonen besiegt. Kim gelingt es inzwischen das Hologitter an Bord des Schiffes zu überladen und die Hologramme werden deaktiviert. Näch den Kämpfen gelingt es Janeway wieder einen Waffenstillstand auszuhandeln und sie übergibt den Hirogen die Holotechnologie. Danach verlassen die Hirogen die ''Voyager''. ({{VOY|Das Tötungsspiel, Teil II}})
[[Datei:Neelix und der Doktor bei den Klingonen.jpg|thumb|Neelix und der Doktor bei den Klingonen.]]
Da sich Tom Paris immer seltener in der Krankenstation meldet, begibt sich der Doktor aufs Holodeck und bittet Paris ihn bei seiner Arbeit auf der Krankenstation zu unterstützen. Als Paris wieder nicht zu seiner Schicht erscheint, meldet der Doktor dies Chakotay. Später taucht ein Fremder auf, welcher [[Steth]] heißt. Dieser tauscht mit Paris den Körper und Steth lässt Paris mit seinem Schiff verschwinden. In der Gestalt von Paris begibt sich Steth auf die Krankenstation. Der Doktor bemerkt ein seltsames Verhalten an Paris, doch Steth schmeichelt dem Ego des Doktors und darauf gibt der Doktor dem falschen Paris frei. Später greift Steth Janeway an und übernimmt ihren Körper. Zur selben Zeit taucht Paris im Körper von Steth auf und versucht die Sache zu erklären. Doch die falsche Janeway versucht zu fliehen, sie wird aber von Paris abgefangen. Danach gelingt es dem Doktor Paris und Janeway in ihre Körper zurück zu bringen. ({{VOY|Vis-à-vis}})
Während die ''Voyager'' weiter zum Alpha-Quadranten fliegt, empfängt das Schiff plötzlich eine seltsame Botaschaft mit dem Symbol Omega. Die Sensoren der ''Voyager'' haben das [[Omega-Molekül]] und Janeway muss die [[Omega-Direktive]] ausführen. Janeway hat den Auftrag, da dieses Molekül zu gefährlich ist, dieses zu vernichten. Da sie dies nicht allein Bewältigen kann, informiert Janeway ihre Führungsoffiziere, darunter auch den Doktor. Janeway gelingt es mit ihren Führungsoffizieren schließlich die lokalisierten Omega-Moleküle zu vernichten. ({{VOY|Die Omega Direktive}})
Wenige Wochen später kommt die [[Ramura]] [[Kellin]] an Bord der ''Voyager''. Sie behauptet, dass sie vor ein paar Wochen bereits auf der ''Voyager'' gewesen ist und mit Chakotay sogar eine Beziehung gehabt hat. Der Doktor untersucht sie darauf, kann aber nichts an ihr feststellen. Doch Kellin gelingt es ihre Behauptung zu Beweisen und sie bittet Captain Janeway um Asyl, da sie auf der Flucht vor ihrem Volk ist. Doch Kellin wird aufgespührt und ihre Erinnerungen an die Voyager werden gelöscht und der Doktor kann nichts für sie tun. Auch die Crew verliert kurz darauf sämtliche Erinnerungen über die Ramura und setzt ihre Reise fort. ({{VOY|Unvergessen}})
Einige Zeit später schließt Captain Janeway ein Handelsabkommen mit den [[Vaskaner]]n ab und tauscht mit diesen medizinische Güter gegen Dilithium. Plötzlich greifen einige [[Kyrianer]] die ''Voyager'' an und dringen an Bord ein und töten einige Crewmitglieder der ''Voyager''. Die Kyrianer werden schließlich eingekesselt und der Vaskanische Botschafter töten den Anführer der Kyrianer. Der Doktor kann mit seinem Tricorder nur noch den Tod des Kyrianers feststellen. Kurz darauf folgt ein weitere Angriff der Kyrianer auf die Voyager und diese stehlen einiges an Technologie von Bord der ''Voyager'', darunter auch ein Backup-Modul des Doktors. ({{VOY|Der Zeitzeuge}})
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== 31. Jahrhundert ==
== Persönliches ==