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Kurz darauf befindet sich Kes Körper in temporalen Ungleichgewicht und sie springt Rückwärts durch die Zeit. Kes hat Erinnerungen an eine alternative Zukunft auf der ''Voyager''. Doch dem Doktor gelingt es Kes wieder in Temporales Gleichgewicht zu bringen und ihre Zeitsprünge zu stoppen. ({{VOY|Temporale Sprünge}})
[[Datei:Janeway und der Doktor betrachten einen Dinosaurier.jpg|thumb|left|Der Doktor und Janeway untersuchen die Vorfahren der Voth auf dem Holodeck.]]
Wenige Wochen später erschafft sich der Doktor eine holographische Familie. In dem Holoprogramm [[Familienprogramm Beta-Rho]] har er eine Frau [[Charlene]] und zwei Kinder [[Jeffrey]] und [[Belle]]. In dem Programm heißt der Doktor [[Kenneth]]. Der Doktor erschafft sich die perfekte Familie in der er von seiner Familie verehrt wird. Als der Doktor Torres und Kes zum Abendessen bei seiner Familie einlädt, erklärt Torres, dass diese Familie zu Perfekt ist und das es so eine Familie nicht gibt. Darauf programmiert Torres das Programm um, damit die Familie realer wirkt. Doch als der Doktor seine neue Familie trifft ist dieser geschockt, er streitet sich mit seiner Frau und seinen Kindern. Vor allem mit seinen Sohn Jeffrey gerät der Doktor in schwere Streitereien, wegen seiner Musik und vor allem wegen seinen klingonischen Freunden. Doch als später Belle beim Training verletzt versucht er diese zu Behandeln, doch er kann nichts für sie tun und sie liegt im sterben. Der Doktor bricht darauf das Programm ab, da er den Schmerz über seine sterbende Tochter nicht ertragen zu kann. Doch Paris gelingt es den Doktor davon zu überzeugen das Programm fortzuführen. Der Doktor erlebt den schmerzhaften Verlust seiner Tochter und den Zusammenhalt seiner Familie, um den Schmerz zu verarbeiten. ({{VOY|Das wirkliche Leben}})
Einige Zeit später tauchen 2 fremde Wesen an Bord der ''Voyager'' auf und einer von ihnen entführt Chakotay. Der andere wird von Tuvok betäubt. Der Doktor untersucht den Fremden und findet viele gemeinsame Merkmale zwischen den Menschen und dieser fremden Spezies heraus. Auf dem Holodeck versuchen der Doktor und Janeway gemeinsamkeiten zwischen beide zu finden und sie entdecken, dass dieser Fremde von den [[Dinosaurier]]n auf der Erde abstammt. Später versuchen Professor [[Forra Gegen]] vor der [[Regent]]in [[Odala]] zu Beweisen, dass die [[Voth]] von der Erde abstammen. Doch die Regentin hält an dem [[Doktrin]] der Voth fest und zwingt Gegen dazu seine Theorie zu wiederrufen, später kehrt Chakotay auf die ''Voyager'' zurück. ({{VOY|Herkunft aus der Ferne}})
Als ein Fremder plötzlich auf der ''Voyager'' auftaucht, wird dieser auf die Krankenstation gebracht und der Doktor untersucht den Fremden, welcher keine Ahnung hat, wie er auf die Voyager gelangt ist. Zur gleichen Zeit wie der Fremde aufgetaucht ist, verschwindet Kes. Mit der Zeit verschwinden immer mehr Crewmitglieder und immer mehr Fremde tauchen auf. Die Fremden beginnen die Voyager zu übernehmen und bevor Chakotay als letztes von Bord verschwindet, lädet dieser das Programm des Doktors in den Mobilen Emitter, damit die Fremden sein Programm nicht löschen. Chakotay und der Doktor gelangen auf ein [[Biosphärenschiff]] der [[Nyrianer]] und sind dort mit der übrigen Besatzung gefangene der Nyrianer. Die Crew sitzt in einer Art Holodeck der Nyrianer fest, doch damit diese den Ausgang finden, wird der Doktor umprogrammiert, damit er den Ausgang finden kann. Während der Programmierung unterhalten sich Torres und Paris über ihre Beziehung und der Doktor mischt sich ständig ein. Als es Torres zu viel wird, stellt sie den Doktor kurzzeitig auf Stumm. Später gelingt mit Hilfe des Doktor der Crew aus ihrem holograpfischen Gefängnis zu entkommen und die Kontrolle über das Biosphärenschiff zu erlangen. Kurz darauf gelingt es Janeway mit Hilfe des [[Translokator]]s die Kontrolle über die ''Voyager'' zu übernehmen. ({{VOY|Translokalisation}})
Als Tuvok und Paris den Holoroman [[Rebellion Alpha]] zu Ende schreiben will, bietet der Doktor weitere Vorschläge für den Holoroman an. Doch als dieser mit seinen Vorschlägen zu Aufdringlich wird transferiert Tuvok den Doktor zurück zur Krankenstation. ({{VOY|Rebellion Alpha}})
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