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Die Station wird im Orbit von [[Bajor]] zwischen [[2346]] und [[2351]] von den [[Cardassianer]]n gebaut und fortan unter dem Namen ''[[Terok Nor]]'' geführt. Während der [[Cardassianische Besetzung von Bajor|Besetzung Bajors]] durch Truppen der [[Cardassianische Union|Cardassianischen Union]] von [[2328]] bis [[2369]] wird alles auf Bajor abgebauten Erz auf die Station gebracht. Dort wird es in einer der großen Erzverarbeitungsanlagen weiterverarbeitet bevor man es in [[Frachter|Frachtschiffen]] nach [[Cardassia Prime]] verläd.(''[[DS9]]: "[[Babel [DS9]], [[Tiefes Unrecht]]"'')

Als sich die Cardassianer anfang des Jahres Jahr [[2369]] nach 60 Jahren Besatzung zurückziehen, muss auch die Station aufgegeben werden, allderdings werden die wichtigsten Systeme entweder demontiert oder durch Zerstörung unbrsuchbar gemacht.(''[[DS9]]: "[[Der Abgesandte, Teil I]]"'')

Das erste Schiff der Sternenflotte was 2369 an Deep Space 9 andockt, ist die USS ''Enterprise-D'', als sie die neue Beatzung, Ausrüstung sowie die ersten drei Runabouts der Danube-Klasse bringt.(''[[DS9]]: "[[Der Abgesandte, Teil I]]"'')

Sowohl der Föderation, als auch den Bajoranern und den Cardassinaner wird schnell die Bedeutung dieser Entdeckung klar. Um den Besitzanspruch [[Bajor]]s auf das Wurmloch zu untermauern, wird die Station unverzüglich aus dem [[Orbit]] um Bajor in die Nähe des Wurmlochs verlegt.(''[[DS9]]: "[[Der Abgesandte, Teil I]]"'')

Anfang des Jahres [[2370]] explodiert der cardasianische [[Frachter]] [[Bok'Nor]] auf unerklärliche Weise, kurz nachdem er von der Station abgedockt hat. Eine vorher gänzlich unbekannte Gruppe aus der cardassianschen entmilitarisierten Zone, die sich selbst ''[[Maquis]]'' nennen, übernimmt die Verantwortung für diese Tat. Die Mitglieder des Maquis sind Bürger der Föderation, die sich geweigert haben ihre [[Kolonie]]n aufzugeben, die mit der Einrichtung der EMZ der [[Cardassianische Union|Cardassianischen Union]] zustehen und nun mit allen Mittel versuchen die Cardassianer zu verteiben . ([[DS9]]: "''[[Der Maquis, Teil I]]").

Obwohl Deep Space 9 selbst nicht in der EMZ liegt, sondern im benachbarten bajoranischen System, ist die Station dennoch Schauplatz für einige der spektakulärsten Aktionen des Maquis. Dazu gehört die Geiselnahme von Gul Dukat im Jahr 2370, als er sich dort mit Commander Sisko trifft um die Lage in der Demilitarisierten Zone zu besprechen, oder der Diebstahl der USS ''Defiant''. Eine andere spektakuläre Aktion findet zwei Jahre später statt, als es dem Maquis gelingt eine Schiffladung mit Industrie[[replikator]]en der Föderation zu stehlen, die als Hilfslieferung in Folge des [[Klingonisch-Cardassianischer Krieg|Klingonisch-Cardassianischen Krieges]] für die Cardassianische Union bestimmt waren. Im Verlaufe dieser Ereignisse stellt sich außerdem heraus, dass der [[Sicherheitschef]] der Sternenflotte auf Deep Space 9, [[Michael Eddington]] mit dem Maquis sympathisiert und später sich ihm anschließt . ([[DS9]]: "''[[Der Maquis, Teil I]],[[Defiant]], [[In eigener Sache]]''").

Nachdem man sich der Bedrohung durch aus dem Gamma-Quadranten bewusst wird, beschließt die [[Sternenflotte]] das experimentelle Kriegsschiff [[USS Defiant|USS ''Defiant'']] nach Deep Space 9 zu verlegen, um einerseits die Sation besser verteidigen zu können andererseits für Erkundungsflüge in den Gamma-Quadranten . ([[DS9]]: "''[[Die Suche, Teil I]]" und "[[Die Suche, Teil II|Teil II]]"'').

Ein Jahr später beschließt Sisko außerdem die Verteidigungssysteme unter der Leitung des [[Ingenieur]]s [[Chief Petty Officer|Chief]] [[Miles O'Brien]] aufzurüsten und die Station zu einer Festung auszubauen. Erstmals beweisen müssen sich die neuen Verteidigungsanlagen aber im [[zweiter Föderal-Klingonischer Krieg|Konflikt]] mit den [[Klingone]]n, als diese anfang 2372 Deep Space 9 angreifen . ([[DS9]]: "''[[Der Weg des Kriegers, Teil I]]" und "[[Der Weg des Kriegers, Teil II|Teil II]]"'').

Als sich die [[Cardassianische Union]] Mitte des Jahre [[2373]] dem Dominion anschließt und Kriegsschiffe auf der anderen Seite des Wurmlochs zusammengezogen werden, rechnet die Föderation mit einem baldigen Angriff auf Deep Space 9. Zur Überraschung aller Nachdem die FLotte durch das Wurmloch gekommen ist, fliegen die Schiffe aber überraschender Weise weiter nach Cardassia Prime. In den folgeden Monaten muss man auf DS9 machtlos zusehen wie Woche für Woche immer mehr Konvois mit Ausrüstung und Kriegsschiffen des Dominion in den [[Alpha-Quadrant]]en kommen.

Als das Dominion Ende des Jahres [[2373]] beginn mit verschiedenen Regierunen über Nichtangriffpakte zu verhandeln, sieht [[Captain]] [[Benjamin Sisko|Sisko]] bedarf zu handeln und lässt mit zustimung des Sternenflottenkomandos den Eingang zu Wurmloch mit [[selbstreplizierende Mine|selbstreplizierenden Minen]] blockieren. Als Antwort darauf startet das Dominion sofort eine Invasion des bajoranischen Systems und erobert die Station aufgrund seiner strategischen Position am [[Wurmloch]]. Dies markiert den Beginn des [[Dominion-Krieg]]es . ([[DS9]]: "''[[Zu den Waffen!]]").

Mitte des Jahres 2374 startet die :''Siehe dazu auch: [[SternenflotteSchlacht um Deep Space 9]] daher die  [[Bild:GalaxyPhaser.jpg|thumb|"[[Operation Rückkehr]]"]]Wegen der Kämpfe an verschiedenen Fronten ist die [[Sternenflotte]] nich sofort in der Lage einen Gegenangriff zum machen. Für fünf Monate ist befindet sich die Station wieder under dem [[Kommandant|Kommando]] von Gul Dukat und wird wieder in Terok Nor umbenannt. Innerhalb dieser [[Zeit]] verwendet man beträchtliche Ressourcen darauf, das Minenfeld zu deaktivieren. Kurz vor dem Gegenangriff der [[Föderation]] Mitte des Jahres [[2374]] hat man einen Weg gefunden das Feld zu deaktivieren. Im Zuge dieser der "[[Operation erobern Rückkehr]]" kann die [[2. Flotte|2.]] und [[5. Flotte]] der Sternenflotte mit der Unterstützung durch [[Klingone|klingonische]] Verbände die Station und das bajoranische System zurück zurückerobern. Allerdings gelingt es Dukat noch das Minenfeld zu deaktivieren und es zu zerstören, Captain Sisko kann aber die Wurmlochwesen überzeugen die Dominion-Flotte, die daraufhin durch das Wurmloch kommt, zu vernichten. ([[DS9]]: "''[[Sieg oder Niederlage]]").

Ende des Jahres [[2375 ]] wird auf DS9 das Waffenstillstandsabkommen mit dem Dominion unterzeichnet, mit dem der Krieg endgültig beendet ist . ([[DS9]]: "''[[Das, was du zurückläßt, Teil I]]''" und "''[[Das, was du zurückläßt, Teil II|Teil II]]''").