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Während der [[Bajoranische Besetzung|Besetzung Bajors]] durch die Cardassianer von [[2328]] bis [[2369]] wurden in den Erzverarbeitungsanlagen auf der Station die auf Bajor abgebauten Resourcen weiterverarbeitet und mit [[Frachter|Frachtschiffen]] nach [[Cardassia Prime]] gebracht.
Im Jahr [[2369]] übernahm [[Commander]] [[Benjamin Sisko]] das Kommando über die Station, nachdem sich die Besatzungstruppen aufgrund des Drucks der [[Sternenflotte]] das bajoranische System verlassen hatte. Nach der Entdeckung des [[Bajoranisches Wurmloch|bajoranischen Wurmlochs]] wurde die Station in dessen Nähe verlegt. Durch die gegebene Abkürzung in den [[Gamma-Quadrant]]en gewann die Station am Rande der [[Föderation]] schnell an Bedeutung. Deep Space 9 wurde unter der Leitung von [[Chief Petty Officer|Chief]] [[Miles O'Brien]] zu einer Festung ausgebaut, nachdem die Bedrohung durch das [[Dominion]] aus dem Gamma-Quadranten erkannt wurde.
Die Verteidigungssysteme von Deep Space 9 wurde unter der Leitung des Ingenieurs [[Chief Petty Officer|Chief]] [[Miles O'Brien]] augerüstet und die Station zu einer Festung ausgebaut, nachdem die Bedrohung durch das [[Dominion]] aus dem Gamma-Quadranten erkannt wurde. Ende des Jahres [[2373]] wird startet das Dominon eine Invasion des bajoranischen Systems und erobert die Station aufgrund seiner strategischen Position am Wurmloch. Dies markiert den Beginn des [[Dominion-Krieg]]es.
Mitte des Jahres [[2374]] startet die Sternenflotte die "[[Operation Rückkehr]]". Im Zuge dieser Operation erobern die 2. und 5. Flotte der Sternenflotte mit der Unterstützung durch klingonische Verbände die Station und das bajoranische System zurück.
