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[[Bild:Deep_space_nine_aussen_mit_enterprise.jpg|thumb|200px|right|'''Deep Space 9''' mit andockender angedockter [[USS Enterprise (NCC-1701-D)]] am oberen Pylonen]]Die Struktur der Station ist sehr ungewöhnlich: Sie besteht aus dem zentralen Kern, der die meisten Primärsysteme und das Kommandozentrum beinhaltet, und zwei weiteren konzentrischen Ringen, die über drei Verbindungsstücke miteinander vebunden sind. Der innere Ring ist der sogenannte Habitatring, in dem sich die Quartiere der Bewohner befinden. Des weiteren Desweiteren befinden sich auf der Oberseite des Ringes sechs Landeplattformen für [[Shuttle]]s, die zum einEin- und aussteigen Aussteigen in Hangars abgesenkt werden können. Rund um den äußerer Ring sind zwölf Andockschleusen verteilt. Außerdem befinden sich hier große Frachträume. Wo An den den Stellen, an welcher der äußere Ring in die Verbindungsstücke übergeht, sind die Andockpylonen, die sich bogenförmig über und unter der Station erstrecken. An deren Ende ist eine Luftschleuse, sodass auch große Schiffe wie zum Beispiel ein [[Raumschiff]] der [[Galaxy-Klasse]] anlegen können.