Als die Crew nach einer Holodecksimulation die Hoffnung aufgeben will, die Föderation zu erreichen, rät Janeway ihnen sich auszuruhen. Nachdem die Kadetten bei einem Training auf dem Holodeck festsitzen, sucht sie nach einem Ausweg. Gwyn fragt, ob es ihr Vater ist. Zero verneint dies. Die Verantwortliche befinde sich auf der ''Protostar'' und sie könnten nur entkommen, wenn sie das Spiel nicht mitspielen. Da endet die Simulation. Janeway betritt das Holodeck und sagt, dass sie sich freut, sie wiederzusehen. Sie fragt, wieso sie sie ansehen, wie ein Gespenst. Gwyn fragt sie, ob sie sie hier eingeschlossen und die Sicherheitsprotokolle deaktiviert habe. Janeway sagt, dass sie das nie tun würde. Zero sagt, dass sie unwissentlich von einer geheimen Subroutine geleitet wurde. Zero sieht sich die Sicherheitsaufzeichnung von Hologramm Janeway an. Sie erkennen, dass Janeway sie nur zur Föderation führen wollte, damit das lebende Konstrukt verbreitet wird. Sie hat die Kontrolle übernommen, damit das Schiff die Sternenflotte zerstören kann. Janeway kann sich nicht erinnern, das je getan zu haben. Sie denkt, das Zero Recht hat und etwas mit ihr nicht stimmt. Da ertönt ein Alarm und die Crew eilt auf die Brücke. Sie sehen vor sich die USS ''Dauntless''. Dal erkennt, dass sie die Kontrolle über das Schiff verloren haben. Janeway sagt, dass es ihr leid tut. ({{PRO|Der Geist in der Maschine}})

Um die Flotte zu retten, wollen sie den Protokern in dem Moment sprengen, wo sie den Sprung ausführen, um die Flotte zu retten. Janeway will ihr Programm auf einen isolinearen Chip übertragen, was jedoch nicht möglich ist. Sie verheimlicht dies der Crew und gibt Dal den Chip mit einer Aufgenommen Nachricht von ihr. Dann verlässt die Crew das Schiff. Sie übernimmt die Steuerung der Protostar und zerstört es, wie vorgesehen. ({{PRO|Supernova, Teil II}})