Einige Wochen später gerät die ''Enterprise'' in einen [[Ionensturm]] und wird dabei schwer beschädigt. Kirk ist dabei gezwungen die [[Ionenkapsel]] abzusprengen. Kirk meldet Lieutenant Commander [[Benjamin Finney]], dass er die Kapsel verlassen soll und in dem glauben, dass Finney sich nicht mehr in der Kapsel befindet, sprengt er diese dann ab. Allerdings hat es Finney doch nicht rechtzeitig geschafft und er wird für Tod erklärt. Die ''Enterprise'' begibt sich darauf zur [[Sternenbasis 11]], um dort die Schäden zu reparieren. [[Commodore]] [[Stone (Commodore)|Stone]] untersucht die Todesursache von Finney und stellt anhand des [[Logbuch]]es fest, dass Kirk seine Aussage gefälscht hat und Kirk für den Tod von Finney verantwortlich ist. Stone möchte die Ehre der Sternenflotte schützen und bietet Kirk die Möglichkeit auf einen Außenposten zu arbeiten, wenn er zugibt das er aus [[Erschöpfung]] falsch gehandelt hat. Doch Kirk will dies nicht zugeben und er ist noch immer der Meinung alles richtig gemacht zu haben und falls er doch einen Fehler begangenen hat, will er sich auch dafür verantworten. Darauf beruft Stone ein [[Kriegsgericht]] und Kirk muss sich als erster Captain der Sternenflotte davor verantworten. Der berühmte [[Anwalt]] [[Samuel T. Cogley]] verteidigt Kirk in diesem Prozess. Kirk muss seine Aussage gegenüber der Aufzeichnung des Logbuchs verteidigen, doch die Lobuchaufzeichnungen belegen, dass Kirk gelogen hat. Kirk steht kurz davor Schuldig gesprochen zu werden und [[Ehre|unehrenhaft]] aus der Sternenflotte entlassen zu werden. Wenig später findet Spock heraus, dass der Computer manipuliert worden ist und er legt dem Gericht neue Beweise vor. Um zu beweisen, dass der Computer manipuliert worden ist, wird der Prozess an Bord der ''Enterprise'' verlegt. Dort gelingt es Cogley und Spock zu beweisen, dass der Computer und das Logbuch manipuliert worden sind und zwar von Finney. Finney will sich so an Kirk rächen, da Kirk einst einen Vorfall gemeldet hat und Finney dadurch nicht befördert worden ist. Kirk gelingt es das Versteck von Finney ausfindig zu machen und dieser greift Kirk an. Kirk gelingt es jedoch Finney zu überwältigen. Anhand der Beweise wird Kirk freigesprochen. ({{TOS|Kirk unter Anklage}})

Wenig später erhält die ''Enterprise'' eine Nachricht von Pike, dem ehemaligen Kommandanten der ''Enterprise'', welcher sich zu dieser Zeit auf Sternenbasis 11 befindet. Als Kirk mit Spock auf die Sternenbasis beamt, bezweifelt Commodore [[José Mendez]] das diese Nachricht von Pike stammt, da Pike aufgrund seiner schweren Behinderung nicht in der Lage ist eine Botschaft an die ''Enterprise'' zu senden. Doch laut den Aussagen von Spock hat die ''Enterprise'' die Nachricht von Pike erhalten. Später entführt Spock seinen ehemaligen Captain und mit einer gefälschten Botschaft übernimmt Spock dass Kommando über die ''Enterprise'' und setzt einen Kurs auf den verbotenen Planeten Talos IV. Talos IV ist inzwischen ein gesperrter Planet und jeder Kontakt mit den Talosianer wird mit der [[Todesstrafe]] bestraft. Als die ''Enterprise'' unerwartet mit Pike den Orbit verlässt, flogen Kirk und Mendez der ''Enterprise'' mit dem Shuttle [[Picasso|''Picasso'']]. Spock lässt die Verfolgung des Shuttles zu bis die Energievoräte des Shuttles zur Neige gehen. Als Kirk mit Mendez die ''Enterprise'' erreichen, wird Spock verhaftet und kommt vor ein Kriegsgericht. Doch trotz allen kann Kirk nicht verhindern, dass die ''Enterprise'' weiter nach Talos IV, da Spock die [[Navigation]] manipuliert hat und niemand kann den [[Kurs]] des Schiffes nach Talos IV ändern. Während des Prozess zeigt Spock eine Aufzeichnung, welche erklärt warum er Pike entführt hat. Allerdings stammt diese Aufzeichnung ebenfalls von Talos IV und da solche Übertragungen verboten sind, muss sich Kirk dafür verantworten, da dies auf seinem Schiff statt gefunden hat. ({{TOS|Talos IV – Tabu, Teil I}})

Trotz des Verbots der Sternenflotte werden weitere Aufnahmen von Talos IV zur ''Enterprise'' gesendet und der Prozess wird mit diesen Aufnahmen fortgesetzt. In den Aufnahmen ist zu sehen, dass die Talosianer Gedanken manipulieren können und jede Illusion zeigen können. Aufgrund dieser großen Macht, werden die Talosianer von der Sternenflotte als Bedrohung gesehen. Allerdings können die Talosianer einem auch die Illusion von [[Gesundheit]] und [[Schönheit]] weiter geben und somit können sie Pike ein normales Leben ermöglichen. Kirk erkennt nun die Möglichkeit welche Pike nun hat und das selbst der Prozess gegen Spock durch die Talosianer beeinflusst worden ist, da Mendez ebenfalls eine Illusion der Talosianer gewesen ist. Aufgrund der Bedeutung von Pike und den Ereignissen auf Talos IV wird Spock von der Sternenflotte frei gesprochen. Spock bringt darauf Pike nach Talos IV, damit dieser dort ein normales glückliches Leben führen kann. ({{TOS|Talos IV – Tabu, Teil II}})

Nachdem die ''Enterprise'' auf einen Notruf des Horchpostens auf [[Cestus III]] reagiert hat, verfolgt man ein [[~/Raumschiff/TOS/1x19/1|Schiff]] der [[Gorn]] in das Territorium der [[Metron]]en. Diese bringen Kirk und den gegnerischen [[~/Person/TOS/1x19/1|Gorn-Kommandanten]] auf einen Planeten, auf dem sie gegeneinander kämpfen sollen. Letztlich gewinnt Kirk gegen den physisch überlegenen Gorn aufgrund seines Erfindungsreichtums, lässt ihn aber am Leben. Dieses Verhalten beeindruckt die Metronen schließlich so sehr, dass sie beide Schiffe daraufhin zwar freilassen, aber aus ihrem Gebiet schleudern. ({{TOS|Ganz neue Dimensionen}})

Zusammen mit dem nichtsahnenden Außenteam gelangt sie schließlich auf die ''Enterprise''. Zwar versucht Lester, sich wie Kirk zu verhalten, doch die [[Führungsoffizier]]e bemerken bereits nach kurzer Zeit, dass es sich nicht um den wahren Kirk handeln kann. Verzweifelt versucht Lester daraufhin, Doktor Coleman dazu zu bringen, den wahren Captain Kirk, der nun in ihrem früheren Körper existiert, zu ermorden, sodass man sie nie mehr in ihren alten Körper zurücktauschen kann. Ihr Plan schlägt jedoch fehl und der Tausch kann rückgängig gemacht werden, sodass beide wieder in ihre ursprünglichen Körper zurückkehren. Dannach nimmt die ''Enterprise'' einen Kurs auf das [[Stellarer Cluster|stellare Cluster]] [[NGC 602]]. ({{TOS|Gefährlicher Tausch}})

Kurz darauf wird die ''Enterprise'' einem kleinerem Umbau unterzogen, bei dem sowohl externe, als auch interne Modifikationen vorgenommen werden. ({{TAS|Das körperlose Wesen}})

==== 2270-2272 Generalüberholung ====

[[Datei:Enterprise Refit-Typ in der San Francisco Flottenwerft.jpg|thumb|Der Große Umbau]]

Nach dem Abschluss der vierten Fünf-Jahres-Mission unter Captain Kirk kehrt das Schiff für eine vollständige Generalüberholung im Rahmen einer allgemeinen Flottenaufrüstung zu der [[San-Francisco-Flottenwerft]] zurück, wo das Schiff anschließend massiv umgebaut wird. ({{Film|1}})