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Nachdem der Doktor zu einem [[Symposium]] der [[Ovioner]] eingeladen wird, lehnt Chakotay dessen Bitte um Urlaub ab, da das ovionische System zu weit hinter ihnen liegt und sie sonst auf ihn warten müssen. Während er seine Entscheidung noch dem Doktor erklärt, wird er auf die Brücke gerufen, weil man einen Notruf der Hirogen empfangen hat. Nachdem man die Quelle des Notrufs, eine Raumstation, erreicht, analysiert er die Sensordaten und stellt fest, dass es sich um eine Einrichtung der Hirogen handelt. Chakotay vermutet zunächst eine Falle, was Janeway jedoch nicht glaubt. Sie schickt Chakotay daher mit einem Außenteam auf die Station. Dort entdecken sie eine Vielzahl toter Hirogen, die mit Waffen aus dem Alphaquadranten getötet wurden. Sie orten jedoch auch ein Hirogen-Lebenszeichen in einer Höhle und nähern sich dieser. Jedoch werden sie von dem Überlebenden, [[Donik]], beschossen, da dieser glaubt, sie wären Hologramme, die ihn töten wollen. Nachdem es Tuvok gelingt diesen, mit dem vulkanischen Nackengriff auszuschalten, wird er auf die Krankenstation gebeamt. Das Außenteam entdeckt inzwischen den Hologenerator der Anlage und deaktiviert ihn. So entdeckt man eine Vielzahl von Leichen getöteter Hirogen. Chakotay berichtet Janeway davon und äußert die Vermutung, dass dies von der Holotechnologie stammt, die sie den Hirogen vor drei Jahren überließen. Auf der Krankenstation informiert er mit Janeway Donik über seine Situation. Anschließend kommen Janeway und der Alpha überein, die Hologramme gemeinsam zu jagen. Wegen dieser Entscheidung suchen Chakotay und Tuvok bald darauf Janeway in ihrem Bereitschaftsraum auf. Sie haben Bedenken, wegen Janeways Entscheidung an dieser Jagd teilzunehmen. Janeway überzeugt sie jedoch mit dem Argument, dass sie mitverantwortlich sind und, dass sie weitere Opfer vermeiden wollen. Durch einen Hinterhalt der Hologramme, wird das Hirogenschiff schwer beschädigt und verliert seine Lebenserhaltung. Die Überlebenden werden daher an Bord der ''Voyager'' gebeamt. Gleichzeitig greift das Raumschiff der Hologramme die ''Voyager'' an. Tuvok will die Schutzschilde reaktivieren, was ihm jedoch von Chakotay untersagt wird, da der Transport der Hirogen noch nicht abgeschlossen ist. Wenig später transferieren die Hologramme das Programm des Doktors auf ihr Schiff. Chakotay kann nur noch melden, dass das Schiff auf Warp gegangen ist. Man entwickelt anschließend einen Plan, um die Hologramme zu deaktivieren. Als man das Schiff der Hologramme erreicht, meint Chakotay, dass sie ihren Plan nur ausführen können, wenn die Schilde des Schiffs ausfallen. Da der Doktor sich jedoch auf das Schiff der Hologramme beamt, scheitert der Plan. ({{VOY|Fleisch und Blut, Teil I}})
Im darauffolgenden Kampf mit dem Raumschiff der Hologramme, bedient Chakotay die taktische Station. Es gelingt den Hologrammen jedfoch zu entkommen. Chakotay wird anschließend mit Captain Janeway von Seven of Nine über das Ausmaß der Schäden informiert. Gerade als Chakotay fragt, wie die Hologramme ihre Schilde durchdringen konnten, tritt Tuvok hinzu und beantwortet die Frage damit, dass die Hologramme ihren Deflektorstrahl entgegen ihrer Schildfrequenz modulierten. Man begibt sich anschließend auf die Jagd nach den Hologrammen. Wegen Meinungsverschiedenheiten kündigen die Hirogenjäger die Zusammenarbeit auf und machen sich allein auf die Suche. Die ''Voyager'' folgt deren Schiff und erreicht so das Schiff der Hologramme in einem Nebel. Um nicht entdeckt zu werden, reist man in dem Sog, den die Hirogenschiffe hinter sich herziehen. Nachdem man das Schiff der Hologramme aufgespürt hat, kann man die Hirogenschiffe kampfunfähig schießen. Jedoch beamen die Hologramme die Hirogen auf den Planeten, um sie dort zu jagen. Janeway befiehlt daher Chakotay ein Shuttle zu nehmen und die Hologramme zu deaktivieren. ({{VOY|Fleisch und Blut, Teil II}})
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