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Weil Harry Kim, als Kommandant der Nachtschicht, einen Notruf empfängt, weckt er Chakotay. Als er sich für die nächtliche Ruhestörung entschuldigen will, beruhigt ihn Chakotay damit, dass er richtig gehandelt habe. Sogleich überträgt er Kim das Kommando über das Außenteam und überwacht selbst die Operation von der Brücke aus. Nachdem sich bei der Untersuchung der Lebensform herausstellt, dass diese eine Massenvernichtungswaffe ist, beraten die Führungsoffiziere, wie weiter zu verfahren ist. Während der Doktor nur die Explosivschaltkreise der Lebensform deaktivieren will, teilt Chakotay die Bedenken der anderen Führungsoffiziere, dass sie nicht wissen, wie die Sonde auf diesen Eingriff reagieren wird. Angesichts der Vernichtungsgefahr für das Schiff, plädieren er und Torres dafür, die Sonde zu deaktivieren. Dieser Versuch scheitert jedoch, da die KI der Waffe erkennt, dass sie eine taktische Langstreckenwaffe ist und ihre Mission vollenden will. Als diese die ''Voyager'' zwingt sie bei ihrem Plan zu unterstützen, beruft er ein Treffen der Führungsoffiziere ein. Gemeinsam mit Janeway und Neelix verhandelt er mit Onquanii über eine Bergung der Waffe, was jedoch scheitert. Anschließend arbeitet er mit Paris, Neelix und Seven of Nine einen Plan aus, um die KI zu sabotieren. Nachdem dieser scheitert, können sie die KI überzeugen, dass ihre Befehle widerrufen wurden. Da die anderen Massenvernichtungswaffen ihrem Ziel zu nah waren, reagierten sie nicht auf diesen Befehl. Daraufhin lässt sich die Waffe in den Weltraum beamen und sprengt sich mit den anderen Waffen. ({{VOY|Geheimnisvolle Intelligenz}})
Ende des Jahres empfängt Seven of Nine überraschend einen Notruf vom Föderationsraumschiff [[USS Equinox|USS ''Equinox'']]. Die ''Equinox'' ist wie die ''Voyager'' ebenfalls im Delta-Quadranten verschollen und wird von einer unbekannten Spezies angegriffen. Über diese Entdeckung informiert sie unverzüglich Captain Janeway und Commander Chakotay. Nachdem man die ''Equinox ''erreicht hat, stellt man fest, dass diese angegriffen wird. Nachdem man die Schilde um das Schiff ausgedehnt und so vorerst gerettet hat, begibt sich Chakotay mit einem Außenteam an Bord. Im Maschinenraum findet er die verletzte Ingenieurin [[Marla Gilmore]] und befreit sie aus den Trümmern. Als man wenig später mit den Reparaturen an der ''Equinox'' beginnt, bittet ihn Gilmore sie einem Reparaturteam auf der ''Voyager'' zuzuteilen, da sie schlechte Erinnerungen auf ihrem Schiff bekommt. Chakotay stimmt dem zu. Die Fremden setzen unterdessen ihre Angriffe fort und Chakotay überwacht die Anpassung der Schilde von der Brücke aus. Bei einer kurz darauf stattfindenden Besprechung der Führungsoffiziere beider Schiffe, schlägt er vor die Besatzung der ''Equinox'' auf die ''Voyager'' zu transferieren, um nur ein Schiff verteidigen zu müssen. Jedoch lehnt Captain Ransom diesen Vorschlag ab, weshalb Janeway ihm befiehlt sein Schiff aufzugeben. Chakotay bespricht daraufhin mit Gilmore und Kim die Bergung der Vorräte der ''Equinox''. Gilmore drängt dabei darauf, die Primärsysteme zu ignorieren, da sie zu schwer beschädigt seien, und stattdessen die Vorräte zu bergen. Chakotay interessiert sich dennoch für die modifizierten Plasmainjektoren. Jedoch meint die Ingenieurin, dass diese eine Fehlentwicklung waren. Ihre Besprechung endet, als sie zunächst von Naomi Wildman und wenig später von Captain Ransom unterbrochen werden, der Gilmore auf die Brücke der ''Equinox'' ruft. Anschließend lässt Chakotay Kim ein Bergungsteam zusammenstellen. Nachdem der Doktor entdeckt, dass die Crew der ''Equinox'' Experimente an fremden Wesen durchgeführt und einige Wesen dabei getötet hat, bringt er Gilmore mit einem Sicherheitsoffizier in das astrometrische Labor und fordert sie auf, Ihnen zu helfen. Sie tut dies zunächst auch und liefert Informationen. Jedoch beteiligt sie sich an Ransoms Ausbruch aus dem Arrest, schlägt auf der ''Equinox'' Seven of Nine nieder und macht das Schiff wieder warpflugfähig, sodass es entkommen kann. Anschließend brechen die Schilde zusammen und die Wesen greifen die ''Voyager'' an. ({{VOY|Equinox, Teil I}})
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Chakotay verteidigt mit den anderen Offizieren die Brücke, wird dabei aber von einem der Wesen verletzt. Nach einer Behandlung beim Doktor nimmt er seinen Dienst wieder auf. Als Janeway Kontakt mit der nukleogenen Lebensform aufnehmen will, will er die Waffen einstecken. Jedoch befiehlt Janeway die Phaser zu ziehen. Anschließend spricht er mit Janeway in ihrem Raum und stellt klar, dass die Sicherheit des Schiffs nicht wegen einer Blutrache gefährdet werden darf. Gemeinsam mit Tuvok überwältigt er auf der Planetenoberfläche ein Außenteam der ''Equinox''. ({{VOY|Equinox, Teil II}})
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