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Bald darauf entdeckt er mit Tuvok ein Wurmloch, dass scheinbar in den Alpha-Quadranten führt und ruft Janeway auf die Brücke. Dieses Wurmloch ist jedoch nur eine Illusion, die von der [[Telepathische Werferpflanze|telepathischen Werferpflanze]] erzeugt wird. Deren Telepathie unterbindet seine anfänglichen Zweifel und lässt ihn an eine Rückkehr in den Alpha-Quadranten glauben. Die Einwände von Seven of Nine ignoriert er daher. Später ruft er sie auf die Brücke, um ihr die ersten Bilder von der Erde zu zeigen. Da sich Seven of Nine nicht überzeugen lässt, bringt Chakotay sie mit zwei Sicherheitsoffizieren zu ihrem Alkoven. Dort sperrt Seven ihn jedoch mit einem Kraftfeld aus und blockiert Kims Kommandos. Nachdem das Schiff die Lebensform erreicht, fällt er mit dem Rest der Besatzung, mit Ausnahme von Seven of Nine und Naomi Wildman, in eine Bewusstlosigkeit. Nachdem Seven of Nine, der Doktor mithilfe des [[Nokaro]] [[Qatai]] das Schiff aus dem bioplasmischen Organismus befreit haben, kommt er wieder zu sich. ({{VOY|Euphorie}})
Wenig später greift ein Borg-Schiff die ''Voyager'' an und kann zerstört werden. Man versucht die Trümmer zu bergen, und sucht dabei nach einer [[Transwarpspule]]. Jedoch ist die Gefundene irreparabel beschädigt. Als man eine schwer beschädigte Sphäre entdeckt, fasst Janeway den Entschluss diese anzugreifen und eine Transwarpspule zu stehlen. Chakotay entwirft daraufhin einen Angriffsplan. Bei dessen Realisierung hat er das Kommando auf der Brücke und überwacht das Außenteam. Der Diebstahl gelingt, jedoch bleibt Seven of Nine scheinbar freiwillig auf dem Schiff zurück. ({{VOY|Das ungewisse Dunkel, Teil I}})
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