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Als Captain Janeway mit den Mari verhandelt, nachdem diese B'Elanna Torres verhaftet haben, hat er das Kommando auf der ''Voyager''. Er unterhält sich auch mit Paris. Dieser will Torres gewaltsam befreien, was Chakotay jedoch vorläufig ablehnt, um keine gewalttätige Auseinandersetzung mit den Mari hervorzurufen. ({{VOY|Gewalttätige Gedanken}})
Als die ''Voyager'' von fremden Schiffen angegriffen wird, ruft er Janeway auf die Brücke. Später stellt er fest, dass Geräte von dem Schiff gebeamt wurden. Nachdem sich die Angreifer zurückziehen, fordert er Schadensberichte von allen Decks an. Nachdem Neelix und Paris auf einem Planeten Teile ihrer gestohlenen Ausrüstung entdecken und den Händler an Bord bringen, befragt Chakotay diesen. Als er den Namen von [[Tau]], der ihm die Waren verkaufte, preisgibt, lässt Chakotay ihn mit diesen Waren gehen. Später leitet er die Rettungsaktion für Captain Janeway, die von Tau enttarnt wurde. Janeway gelingt es den Hauptcomputer zu markieren, sodass er hochgebeamt werden kann. Anschließend leitet er eine Rettungsaktion für Janeway ein, die erfolgreich durchgeführt wird. ({{VOY|Apropos fliegen}})
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