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Als er vorübergehend das Kommando über das Schiff hat, empfängt man den Notruf einer Minenkolonie der [[Garaner]]. Man reagiert darauf und der Doktor entwickelt eine Behandlungsmethode. Nach der Rückkehr des Doktors, lobt er die Vorgehensweise des Doktors als beispielhaft. Jedoch befallen die Makroviren das Schiff und können auch durch eine Quarantäne nicht eingedämmt werden. Auch Chakotay wird von den Makroviren im Kasino gestochen und betäubt. Er kann jedoch mit dem Rest der Mannschaft von Captain Janeway gerettet werden. Anschließend meldet er Janeway die Schäden am Schiff, ehe er sich zum [[Ski]]fahren auf das Holodeck begibt. ({{VOY|Makrokosmos}})
Nachdem die ''Voyager'' die [[Nekrit-Ausdehnung]] erreicht, arbeitet er auf der Brücke. Er lokalisiert die Versorgungsstation, sodass Paris die ''Voyager'' dorthin fliegen kann. Während Paris und Chakotay sich auf der Station befinden, werden sie von einem Händler angesprochen, welcher den beiden Drogen verkaufen will. Doch die beiden lehnen ab und gehen weiter. Zur selben Zeit versucht Neelix eine Karte von der Nekrit-Ausdehnung zu bekommen und wird dabei in illegale Geschäfte verwickelt. Der Drogenhändler kommt dabei ums Leben. Da der Händler mit einem Föderationsphaser ermordet worden ist und da Paris und Chakotay Kontakt mit diesem Händler gehabt haben, werden die beiden von Bahrat verhaftet. Darauf stellt sich Neelix Bahrat und damit dieser nicht verhaftet wird, hilft Neelix [[Bahrat]] einen großen Schmugglerring zu enttarnen. Paris und Chakotay werden darauf wieder frei gelassen, aber Neelix wird wegen seines Fehlverhaltens von Janeway bestraft. ({{VOY|Das Wagnis}})
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