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Chakotay leitet ein Außenteam, dass auf einem Planeten Polyferranitablagerungen untersucht. Diese werden zur Wartung der Warpgondeln benötigt. Jedoch erweisen sich die Vorkommen als unbrauchbar, da sie mit [[Acelyt]]en verunreinigt sind. Daraufhin lässt Chakotay die Ausrüstung zusammenpacken. Allerdings entdeckt Tuvok in diesem Moment etwas ungewöhnliches. Chakotay erkennt in der Zeichnung, die Tuvok gefunden hat, etwas wieder, dass er bei einer Expedition mit seinem Vater auf der Erde gesehen hat. Er berichtet daraufhin Janeway von der Expedition und dem Mythos von den "[[Geister des Himmels|Geistern des Himmels]]". Da von diesem Planeten eine Warpspur in ein anderes Sonnensystem führt, folgt man dieser. Dort entdeckt man auch Ferranit. Chakotay soll mit einem Außenteam runterbeamen und das Ferranit abbauen. Da ein Beamen nicht möglich ist, fliegt man mit einem Shuttle runter. Während des Fluges sieht Chakotay im Fenster eine Reflektion, die wie ein Vogel aussieht. Nachdem sie auf dem Planeten gelandet sind, suchen sie das Ferranitvorkommen. Nachdem sie es entdeckt haben, wird Neelix von einem [[Vogel]] angegriffen und schwer am Auge verletzt. Daher lässt Chakotay ihn direkt auf die Krankenstation beamen. Mit dem Außenteam entdeckt er inzwischen eine scheinbar verlassene Siedlung. Dort suchen sie nach den Bewohnern. Diese finden sie zunächst nicht und da ein Sturm losbricht, fliehen sie zurück zum Shuttle. Chakotay wird jedoch von einem umstürzenden Baum begraben und bleibt liegen. Als er wieder zu sich kommt, bemerkt er das Fehlen seines Kommunikators und scannt die Umgebung. Er entdeckt eine Höhle und betritt sie. Dort trifft er auf mehrere Fremde. Einer der Fremden, fragt ihn woher er seine [[Tätowierung]] habe. Chakotay erklärt ihnen, dass er es zu Ehren seiner Vorfahren trägt. Er ist ein Nachfahre der Erben. Der Andere berichtet von den Reisen seines Volkes zur Erde. Chakotay berichtet, dass sie ihre Handlungsweisen seit ihrem letzten Besuch verändert haben. Er kann den Fremden überzeugen, den [[Zyklon]], welcher zwischenzeitlich die Voyager umschlossen hat, aufzulösen. Dann unterhält er sich mit dem Fremden, über seinen Vater. ({{VOY|Tattoo}})
Nachdem die ''Voyager'' die Phalanx des zweiten Fürsorgers entdeckt hat, wird sie von dieser angegriffen. Chakotay lässt daher die Schilde aktivieren. Nachdem Tanis die Kommunikation abgebrochen hat, fragt er Kes, ob es Berichte über Ocampa gibt, die die Heimatwelt verlassen haben oder verschleppt wurden. DIes verneint sie jedoch. Er ist bei den Verhandlungen mit Tanis anwesend und verlässt mit Janeway den Raum, als dieser mit Kes allein sprechen möchte. Dieses Gespräch führt zu einem gemeinsamen Essen von Tanis mit den Führungsoffizieren. Dabei erkundigt er sich, ob sich Suspiria in ihrem Raum-Zeit-Kontinuum aufhält. Diese Frage, kann Tanis jedoch nicht beantworten. Nachdem Suspiria die Maschinenraumcrew, Tuvoks Sicherheitsteam und Janeway angegriffen und handlungsunfähig gemacht hat, destabilisiert sie die Molkeularstruktur des Schiffes. Chakotay gibt daraufhin Roten Alarm und ruft den Captain, der nicht antwortet. Ferner lässt er Energie zur strukturellen Integrität umleiten. ({{VOY|Suspiria}})
Während Chakotay mit B'Elanna auf dem Holodeck Hoverball spielt, empfängt das Schiff ein Sternenflottensignal. Als man diesem folgt, wird das Schiff von den Kazon-Nistrim angegriffen und ein Transportermodul gestohlen. Chakotay erkennt, dass Seska eine weitere Falle für sie vorbereitet hat. Daraufhin versucht er eine Schwachstelle bei Seska zu entdecken. Gemeinsam mit Torres plant er den Gegenschlag. Vor der nächsten Einsatzbesprechung der Führungsoffiziere, entwendet er jedoch ein Shuttle und versucht eigenmächtig das Transportermodul zu zerstören. Ihm gelingt es das Kazon-Schiff zu erreichen. Er beamt sich an Bord und zersört den Transporter mit seinem Handphaser. Anschließend wird er von den Kazon gefangen genommen. Er wird von Seska verhört, die die Kommandocodes der ''Voyager'' haben will. Er weigert sich jedoch die Codes herauszugeben. Nachdem er gegen drei gefangen genommene Majes der Kazon ausgetauscht werden kann, wird er von Janeway befragt. Er meint, dass es ein persönlicher Rachefeldzug war und dass es das Richtige war. Janeway weist darauf hin, dass sie die Disziplin aufrecht erhalten muss und er ihr damit die Arbeit erschwert hat. ({{VOY|Das Signal}})
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