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Als Junge kümmert er sich um seinen [[~/Person/VOY/5x19/1|Großvater]], der unter [[Halluzination]]en leidet, welche durch einen [[DNA|Gen]]defekt ausgelöst sind. Der Gendefekt kann bei Chakotay noch vor seiner [[Geburt]] unterdrückt werden, später jedoch wird er von Wesen aktiviert, die versuchen, mit der [[USS Voyager|USS ''Voyager'']] in [[Erstkontakt|Kontakt]] zu treten. ({{VOY|Der Fight}})
Er regt sich als [[Kind]] oft darüber auf, dass sein Stamm sich nicht wie andere Stämme an das [[24. Jahrhundert]] anpasst. Sein Vater, der die alten Traditionen seines [[Volk]]es pflegt, ist darüber sehr enttäuscht. Eines Tages begleitet er seinen Vater auf einer Expedition zum [[Kautschukbaumvolk]]. Darüber ist er nicht erfreut, da er von seinem Zuhause und seinen Freunden getrennt wurde. ({{VOY|Tattoo}})
Seitdem er sechs Jahre alt ist, interessiert sich Chakotay für [[Paläontologie]]. ({{VOY|Ein kleiner Schritt}})
Nachdem Captain Janeway vom Doktor einer intensiven Untersuchung, wegen Halluzinationen untersucht wird, übernimmt er das Kommando auf der Brücke. Als die [[Bothaner]] sie kontaktieren, verhandelt er mit dem Botha. Diese stellen sich als Falle heraus. Chakotay leitet die Gegenmaßnahmen gegen drei angreifende Schiffe der Botha. Der Kampf verläuft schlecht, jedoch kommt der Captain auf die Brücke. Daraufhin tritt der Fremde näher an den Monitor heran. Jeder auf der Brücke sieht einen anderen, ihm nahe stehenden Menschen auf dem Schirm und viele Besatzungsmitglieder werden paralysiert. Chakotay fährt daraufhin mit dem Turbolift zum Maschinenraum, wird jedoch ebenfalls paralysiert. ({{VOY|Rätselhafte Visionen}})
Chakotay leitet ein Außenteam, dass auf einem Planeten Polyferranitablagerungen untersucht. Diese werden zur Wartung der Warpgondeln benötigt. Jedoch erweisen sich die Vorkommen als unbrauchbar, da sie mit [[Acelyt]]en verunreinigt sind. Daraufhin lässt Chakotay die Ausrüstung zusammenpacken. Allerdings entdeckt Tuvok in diesem Moment etwas ungewöhnliches. Chakotay erkennt in der Zeichnung, die Tuvok gefunden hat, etwas wieder, dass er bei einer Expedition mit seinem Vater auf der Erde gesehen hat. Er berichtet daraufhin Janeway von der Expedition und dem Mythos von den "[[Geister des Himmels|Geistern des Himmels]]". Da von diesem Planeten eine Warpspur in ein anderes Sonnensystem führt, folgt man dieser. Dort entdeckt man auch Ferranit. Chakotay soll mit einem Außenteam runterbeamen und das Ferranit abbauen. Da ein Beamen nicht möglich ist, fliegt man mit einem Shuttle runter. Während des Fluges sieht Chakotay im Fenster eine Reflektion, die wie ein Vogel aussieht. Nachdem sie auf dem Planeten gelandet sind, suchen sie das Ferranitvorkommen. Nachdem sie es entdeckt haben, wird Neelix von einem [[Vogel]] angegriffen und schwer am Auge verletzt. Daher lässt Chakotay ihn direkt auf die Krankenstation beamen. Mit dem Außenteam entdeckt er inzwischen eine scheinbar verlassene Siedlung. Dort suchen sie nach den Bewohnern. Diese finden sie zunächst nicht und da ein Sturm losbricht, fliehen sie zurück zum Shuttle. Chakotay wird jedoch von einem umstürzenden Baum begraben und bleibt liegen. Als er wieder zu sich kommt, bemerkt er das Fehlen seines Kommunikators und scannt die Umgebung. Er entdeckt eine Höhle und betritt sie. Dort trifft er auf mehrere Fremde. Einer der Fremden, fragt ihn woher er seine [[Tätowierung]] habe. Chakotay erklärt ihnen, dass er es zu Ehren seiner Vorfahren trägt. Er ist ein Nachfahre der Erben. Der Andere berichtet von den Reisen seines Volkes zur Erde. Chakotay berichtet, dass sie ihre Handlungsweisen seit ihrem letzten Besuch verändert haben. Er kann den Fremden überzeugen, den [[Zyklon]], welcher zwischenzeitlich die Voyager umschlossen hat, aufzulösen. Dann unterhält er sich mit dem Fremden, über seinen Vater. ({{VOY|Tattoo}})
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