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Nachdem Dr. [[Ma'Bor Jetrel]] Captain Janeway überzeugt hat, eine Probe aus der [[Metreon]][[wolke]] um [[Rinax]] zu entnehmen, lässt sie Chakotay Kurs auf den [[Mond]] setzen. ({{VOY|Dr. Jetrels Experiment}})
Als das Holodeck eine Fehlfunktion aufweist, meldet er Janeway, dass Tuvok sich bereits daraum kümmert. Bei der anschließenden Besprechung, schlägt er vor, kritische Systeme wieder aufisolineare Schaltkreise umzustellen. Nachdem Janeway diesem Vorschlag zugestimmt hat, kommt Tuvok auf das Verhalten von Crewman [[Kenneth Dalby|Dalby]] zu sprechen. Chakotay weist darauf hin, dass Dalby die Protokolle und Verfahrensweisen der Sternenflotte nicht gewohnt ist und daher diese Konflikte entstanden. Eine Vorladung vor einen Disziplinarausschuss hält er für keine adäquate Maßnahme, um Dalbys Verhalten zu bessern. Stattdessen stimmt er Janeways Vorschlag, einen Crashkurs bzw. praktisches Training in Sternenflottenarbeitsweise für die ehemaligen Maquismitglieder abzuhalten, zu. Nachdem sich [[Chell]], [[Mariah Henley]], [[Gerron]] und [[Kenneth Dalby]] eigenmächtig vom Trainingsprogramm entfernt haben, sucht er sie im Kasino auf, und erklärt ihnen sehr direkt, dass sie das Training wieder aufnehmen sollen. Dabei schlägt er Dalby nieder, und bekundet, dies weiter tun zu wollen, bis sie das Trainingsprogramm fortsetzen. ({{VOY|Erfahrungswerte}})
Auch wenn er nicht immer dieselbe Meinung wie [[Captain]] [[Kathryn Janeway|Janeway]] hat, wird er im Laufe der Zeit zum engsten Vertrauten des Captains.
