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Das letzte Mal, dass Chakotay das [[Sternenflottenhauptquartier]] besucht, ist der 3. März [[2368]]. Er legt an diesem Tag sein [[Offizierspatent]] nieder und beendet somit seine [[Karriere]] bei der [[Sternenflotte]]. ({{VOY|In Fleisch und Blut}})
== Beim Maquis ==
Chakotay verlässt die Sternenflotte und schließt sich dem [[Maquis]] an, weil er den Platz seines Vaters einnehmen will, der kurz zuvor im Kampf gegen die [[Cardassianer]] bei der Verteidigung von [[Dorvan V]] [[Tod|stirbt]]. Durch seine Führungsstärke steigt er dort rasch auf und erhält bald das [[Kommando]] über die [[SS Val Jean|SS ''Val Jean'']], einen [[Maquis-Raider]], und [[Liste von Crewmitgliedern der Val Jean|deren Besatzung]]. Zusammen mit seiner [[Crew]] wird er dann [[2371]] von dem [[Fürsorger]] in den [[Delta-Quadrant]]en verschleppt. ({{VOY|Der Fürsorger, Teil I|Tattoo}})
