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Der [[Transphasentorpedo]] ist eine [[Waffe]] aus einem [[alternative Zeitlinie|alternativen 25. Jahrhundert]], in der die [[USS Voyager|USS ''Voyager'']] erst nach 23 [[Jahr]]en nach Hause zurück gekehrt ist.

Dazu wird die ''Voyager'', als erstes [[Sternenflotte]]nschiff, mit Hilfe der Baupläne aus der [[Zukunft]] neben einem [[Ablativgenerator]] mit Transphasentorpedos ausgestattet. Dies soll dazu dienen, den Borg entgegentreten zu können, die das Transwarpzentrum verteidigen. Der Plan von Admiral Janeway sieht zunächst vor, mit Hilfe dieses Transwarpzentrums einen [[Transwarpkanal]] in den [[Alpha-Quadrant|Alpha-Quadranten]] zu finden und anschließend hindurch zu fliegen. Allerdings erkennt [[Captain]] Janeway die Gefahr, die von dieser [[Technologie]] der Borg ausgeht, und beschließt, stattdessen das Transwarpzentrum zu zerstören. Es wird schließlich ein gemeinsamer Plan entwickelt, der sowohl das Transwarpzentrum vernichtet als auch die ''Voyager'' nach Hause bringt. Die Borg sind auf den Einsatz dieser Zukunftstechnologie nicht vorbereitet und erleiden starke Verluste. Die Wirkung der Transphasentorpedos ist enorm. So gelingt es der USS ''Voyager'' mehrmals mit nur einem einzigen Schuss einen ganzen [[Borg-Kubus]] zu zerstören. Kurz bevor die ''Voyager'' in den rettenden Transwarpkanal in den Alpha-Quadranten eintritt, gelingt es ihr unter anderem, mehrere [[Interspatialer Verteiler|Verbindungsknoten]] eines Transwarpkanals mit Transphasentorpedos zu zerstören, wodurch der Kanal zusammenbricht und eine Kettenreaktion in Gang gesetzt wird, die am Ende das gesamte Transwarpzentrum vernichtet und den Weg für weitere Borg-Raumschiffe versperrt. Da die ''Voyager'' jedoch trotzdem noch von einer Borg-Sphäre verfolgt wird, lässt sich die Crew ins Innere der Sphäre ziehen, um sie schlussendlich in der Nähe der [[Erde]], nach dem Austritt aus dem Kanal, von Innen heraus zu zerstören. ({{VOY|Endspiel, Teil II}})