Das Spiel ist in 10 abwechslungsreiche Missionen unterteilt.
Ihr erster Auftrag mit dem Namen ''"===Endspiel"=== :'' führt sie Einleitung: Der Weltraum, unendliche Weiten, wir befinden uns in einer fernen Zukunft. Dies sind die Abenteuer des neuen Raumschiffs Enterprise, das viele Lichtjahre von der Erde entfernt unterwegs ist, um fremde Welten zu entdecken, unbekannte Lebensformen und neue Zivilisationen. Die Enterprise dringt dabei in Galaxien vor, die nie ein Mensch zuvor gesehen hat. Zur Sternzeit 48315,6 verschwand die U.S.S. Voyager aus dem uns bekannten Raum. Sie wurde 70.000 Lichtjahre durch die Galaxie transportiert und von der Sternenflotte abgeschnitten. Um das Schiff vor den Gefahren des unbekannten Delta-Quadranten zu schützen, sammelte Tuvok, der Sicherheitschef der Voyager, eine Elite-Einheit um sich, die das Hazard-Team genannt wurde. Nach sieben Jahren entdeckte Captain Janeway eine Abkürzung - das Finale Borg-Transwarp-Zentrum. Mit Technologie aus der gleichnahmigen [[EndspielZukunft bewaffnet griff die Voyager die Borg-Armada an und entkam in einen instabilen Transwarp-Kanal - ihr Ziel war der Alpha-Quadrant, Teil II|TVdoch die Borg-Königin hatte andere Pläne. Eine Borg-Sphäre schloss die Voyager in ein Dämpfungsfeld ein. Lieutenant Alex Munro und das Hazard-Team müssen die Borg-Episode]] Sphäre sabotieren. Das Hazard- ihre Team kann die Crew der Voyager nun retten oder bei ihrer Assimilation zusehen.'' Ihre Aufgabe ist es, die Voyager aus dem Griff der [[Borg]]sphäre zu befreien, die das Schiff im [[Transwarptunnel]] zum [[Alpha-Quadrant]] festhält. :''Der erste Auftrag mit dem Namen ''"Endspiel"'' knüpft natlos an die gleichnamige [[Endspiel, Teil II|TV-Episode]] an''
Nach erfolgreichem Abschluss der Mission erfährt der Spieler einen Zeitsprung von mehreren Jahren - das auf der ''Voyager'' gegründete ''Hazard-Team'' wurde schon lange aufgelöst und ''Munro'' lehrt an der [[Sternenflotten-Akademie]] angewandte Kampf-Taktiken auf dem [[Holodeck]]. [[Captain]] [[Jean-Luc Picard|Picard]] wohnt einer Trainingsmission von Munros Team bei und ist begeistert von dessen taktischen Fähigkeiten. So bittet Picard die Admiralität darum, das eigentlich aufgelöste ''Hazard-Team'' für die [[USS Enterprise (NCC-1701-E)|USS Enterprise]] neu zusammenstellen zu dürfen.
===Versetzung auf die Enterprise===
:''Sternzeit 57026,1 - U.S.S. Enterprise-E, im Orbit der Erde''
===Die Dallas===
:''
Sternzeit 57038,3 - Die Dallas, herrenlos unmittelbar außerhalb einer Region mit Namen Brecha-Rift im Weltraum treibend.''
Die erste Mission des 'neuen' Sondereinsatzkommandos lässt nicht lange auf sich warten, als der Kontakt zur [[Excelsior-Klasse|USS Dallas]] aus unbekannten Gründen abreißt. Nach dem die ''Dallas'' gefunden wurde erforscht das ''Hazard-Team'' das gespenstische Wrack und findet heraus, dass das Schiff von ''Exomorphen'' überfallen wurde - extrem widerstandsfähige, echsenartige Aliens, die auch im luftleeren Raum existieren können...
===K-7===
:''Sternzeit 57075,1 - U.S.S. Enterprise-E, Start von der K7-Sternenbasis, Jhadaff-System''
==Charaktere==
