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[[Datei:Scotty Pollux IV.jpg|thumb|Scott nach dem Angriff von Apoll.]]
Einige Zeit später erreicht die ''Enterprise'' den Planeten [[Deneva]] auf dem wahrscheinlich Massenwahnsinn ausgebrochen ist. Kirk beamt mit einem Außenteam auf die Planetenoberfläche, um die Lage in der Kolonie zu prüfen. Scott gehört auch zum mit zu dem Außenteam, das welches auf de den Planeten [[Deneva]] beamt. Dort werden er und die anderen von den Bewohnern des Planeten angegriffen, welche unter der Wirkung eines [[Neuralparasit (2267)|Neuralparasiten]] stehen. Doch das Außenteam kann die Kolonisten außer Gefecht setzen. Kurz darauf wird Spock ebenfalls von einem der Parasiten angegriffen und infiziert. Später Spock will Spock wieder wenig später auf den Planeten beamendie Oberfläche zurück kehren, um eines dieser Parasiten zu fangen. Scott und Lieutenant [[Leslie]] versuchen Spock aufzuhalten und werden von ihm angegriffen. Doch Scott gelingt es Spock aufzuhalten und meldet dies sofort Kirk . Als Spock sein Verhalten erklärt, erlaubt am EndeKirk ihn auf die Oberfläche zu beamen, dass Spock sich auf den Planeten beamt um einen dieser Parasiten zu fangeneinzufangen. Anhand dieses Gefangenen Mit Hilfe des eingefangenen Parasiten findet die Besatzung einen WegCrew heraus, dass UV Licht diese Kreaturen zu vernichtenParasiten können. Die ''Enterprise'' bringt einige Satelliten in den Orbit von Deneva, welche Ultraviolettes Licht über den gesamten Planeten strahlen. Dadurch werden die Parasiten vernichtet und Spock und die Bewohner werden von ihren Qualen erlöst. ({{TOS|Spock außer Kontrolle}})
Bei einer Mission auf dem Planeten [[Pyris VII]], werden Scott und Sulu von den dort lebenden Wesen [[Korob]] und [[Sylvia (Pyris VII)|Sylvia]] gefangen genommen. Mit Hilfe des [[Transmutator]]s werden beide in seelenlose Marionetten [[Marionette]]n verwandelt. Die beiden helfen dann später, ohne das sie davon wissen, bei der Gefangennahme von Kirk und seinem Außenteam. Kirk vernichtet kurz darauf den Transmutator und Scott und Sulu bekommen ihren freien Willen zurück. ({{TOS|Das Spukschloss im Weltall}})
[[Datei:Scotty auf der Constellation.jpg|thumb|left|Scott an Bord der Constellation.]]
Wenig später übernimmt Scott übernimmt das Kommando über die ''Enterprise'', nachdem Captain Kirk, Spock und McCoy, sowie [[Nancy Hedford]], eine Gesandte der [[Föderation]], mit einem [[Shuttle]] zum Planeten [[Epsilon Canaris III]] fliegen. Nachdem das Shuttle vom Kurs verschwunden ist, macht sich Scott mit der ''Enterprise'' auf die Suche nach dem Shuttle. Scott findet schließlich das Außenteam auf einem unerforschten [[Planetoid]]en in der [[Gamma Canaris|Gamma-Canaris]]-Region. ({{TOS|Metamorphose}})
Auch als Kirk und sein Außenteam sich auf den Planeten [[Capella IV]] beamen, übernimmt Scott das Kommando über die ''Enterprise''. Die [[Klingone]]n versuchen mit einem gefälschten Notruf die ''Enterprise'' vom Planeten wegzulocken. Scott geht diesem Notruf nach, bis er merkt das dies nur ein Trick gewesen ist. Als die Klingonen einen erneuten Notruf senden, ignoriert Scott ihn und fliegt mit der ''Enterprise'' zurück in den Orbit von Capella IV. Auf dem Weg dorthin wird die ''Enterprise'' von einem klingonischen Schiff bedroht. Aber die Klingonen fliehen bevor ein Kampf mit der ''Enterprise'' beginnt. Scott beamt sich darauf mit einen Sicherheitstrupp auf die Oberfläche, um das Außenteam zu unterstützen. ({{TOS|Im Namen des jungen Tiru}})
[[Datei:Scotty und Jojo Krako.jpg|thumb|Scott und Jojo Krako.]]
Einige Wochen später übergibt Kirk Scott wieder das Kommando über die ''Enterprise'', als dieser seinen Freund [[Tyree (Person)|Tyree]] besucht. Scott bekommt den Auftrag die ''Enterprise'' vor den Klingonen zu schützen.Auf der Oberfläche wird Spock schwer verletzt und wird auf die Enterprise zurück gebracht. Aufgrund seiner schweren Verletzungen begibt sich Spock in eine Art Trance um sich selbst zu heilen. Um aus seine Trance wieder vollständig zu erwachen bitte Spock die Krankenschwester Chapel ihn zu schlagen. Darauf beginnt Chapel Spock zu schlagen. In dem Moment kommt Scott hinzu und er versucht sie davon abzuhalten Spock zu schlagen, da er nicht versteht was hier vorgeht. Doch Doktor [[M'Benga]] greift schließlich ein und schlägt Spock aus seiner Trance. Darauf klärt er Scott über den ganzen Sachverhalt auf. Später bekommt Scott den Auftrag er soll 100 Steinschoßgewehre an Tyrees Volk liefern, um ein Gleichgewicht der Kräfte auf der Oberfläche zu halten. ({{TOS|Der erste Krieg}})
Scott beamt kurz darauf Kirk und ein Außenteam auf den Planetoiden [[Gamma II]], als diese plötzlich vor seinen Augen verschwinden. Es stellt sich heraus, dass das Außenteam nicht auf der Oberfläche angekommen, sondern nach [[Triskelion]] entführt worden ist. Als Spock mit der ''Enterprise'' den Orbit von Gamma II verlassen will, ist Scott genau so wie McCoy dagegen, denn die beiden vermuten, dass sich das Außenteam sich noch auf Gamma II befindet. Es stellt sich aber heraus, dass Spock recht gehabt hat, die ''Enterprise'' findet später das Außenteam auf den Planet Triskelion. ({{TOS|Meister der Sklaven}})
;Scott:Diplomat! Der beste Diplomat, den ich kenne, ist ein Phaser mit dem ich mich wehren kann.
|quelle={{TOS|Krieg der Computer}}}}
{{Dialogzitat|
;Scott zum Außenteam:Jetzt kommt aber langsam rauf, sonst wirds Essen kalt!
|quelle={{TOS|Metamorphose}}}}
}}
{{Dialogzitat|
;Scott:Ich kenne ein altes schottisches Sprichwort, Mr. Sulu: Wenn du mich einmal reinlegst, musst du dich schämen. Wenn du mich zweimal reinlegst, muss ich mich schämen.